Spionage i Japan går så langt tilbage som til prins Shōtoku (572-622). Ifølge Shōninki var den første åbne brug af ninjutsu under en militær kampagne i Genpei-krigen, da Minamoto no Kuro Yoshitsune valgte krigere til at tjene som shinobi under et slag. Dette manuskript fortsætter med at fortælle, at Kusunoki Masashige i Kenmu-æraen ofte brugte ninjutsu. Ifølge fodnoter i dette manuskript varede Genpei-krigen fra 1180 til 1185, og Kenmu-restaurationen fandt sted mellem 1333 og 1336. Ninjutsu blev udviklet af samuraierne i Nanboku-cho-perioden og yderligere forfinet af grupper af samuraier, hovedsagelig fra Kōka og Iga-provinsen i Japan, i senere perioder.
Igennem historien var shinobi snigmordere, spejdere og spioner, som for det meste blev hyret af territoriale herremænd, kendt som daimyō. På trods af at de var i stand til at myrde i smug, var den primære rolle som spioner og spejdere. Shinobi er hovedsageligt kendt for deres brug af snigeri og bedrag. De ville bruge dette til at undgå direkte konfrontationer, hvis det var muligt, hvilket gjorde det muligt for dem at undslippe store grupper af modstandere.
Mange forskellige skoler (ryū) har undervist i deres unikke versioner af ninjutsu. Et eksempel på disse er Togakure-ryū, som hævder at være blevet udviklet efter at en besejret samuraikriger ved navn Daisuke Togakure flygtede til regionen Iga. Han kom senere i kontakt med krigermunken Kain Doshi, som lærte ham en ny måde at se på livet og midlerne til at overleve (ninjutsu):18-21
Ninjutsu blev udviklet som en samling grundlæggende overlevelsesteknikker i det krigsførende feudale Japans krigsstat. Ninjaerne brugte deres kunst til at sikre deres overlevelse i en tid med voldsomme politiske uroligheder. Ninjutsu omfattede metoder til indsamling af information og teknikker til ikke at blive opdaget, undgåelse og vildledning. Ninjutsu omfattede træning i friluftsliv, forklædning, flugt, skjul, bueskydning og medicin. Færdigheder inden for spionage og snigmord var meget nyttige for krigsførende fraktioner i det feudale Japan. På et tidspunkt blev spionagefærdighederne samlet set kendt som ninjutsu, og de personer, der specialiserede sig i disse opgaver, blev kaldt shinobi no mono.