Atheris squamigera alcanza una longitud total media (cuerpo + cola) de 46 a 60 cm, con una longitud total máxima que a veces supera los 78 cm. Las hembras suelen ser más grandes que los machos.
La cabeza es ancha y plana, distinta del cuello. La boca tiene una abertura muy grande. La cabeza está densamente cubierta de escamas imbricadas. La escama rostral no es visible desde arriba. Una escama muy pequeña justo encima de la rostral está flanqueada por escamas muy grandes a ambos lados. Las fosas nasales son laterales. El ojo y el nasal están separados por 2 escamas. En la parte superior de la cabeza hay de 7 a 9 escamas interorbitales. Hay de 10 a 18 escamas circunorbitales. Hay 2 (raramente 1 o más de 2) filas de escamas que separan los ojos de los labiales. Hay de 9 a 12 supralabiales y de 9 a 12 sublabiales. De estas últimas, las 2 o 3 anteriores tocan los escudos del mentón, de los que sólo hay un pequeño par. Las escamas gulares son quilladas.
En la parte media del cuerpo hay de 15 a 23 filas de escamas dorsales, 11 a 17 posteriormente. Hay de 152 a 175 escamas ventrales y de 45 a 67 subcaudales no divididas. Es posible que haya una variación en los caracteres morfométricos relacionada con el hábitat:
| Bosques del sur | Pastizales del norte | |
| Filas de escamas dorsales del cuerpo medio | 17 | 21 |
| Escalas ventrales | 171 | 168 |
| Escalas subcaudales | 52 | 58 |
La coloración es la misma en algunas poblaciones pero variable en otras. El color dorsal varía de verde salvia o verde claro a verde, verde oscuro, azulado, oliva o marrón oliva oscuro. Pueden encontrarse raros ejemplares de color amarillo, rojizo o gris pizarra. Las escamas tienen quillas de color claro y a veces puntas amarillas que forman una serie de 30 o más bandas transversales claras o chevrones. En la cola, hay de 10 a 19 chevrones: no siempre están claramente definidos, pero suelen estar presentes. El borde ventral del dorso presenta manchas claras por parejas. Un color negro intersticial es visible sólo cuando se estira la piel. El vientre es de color amarillo o de oliva apagado a pálido; puede ser de color uniforme, o muy moteado con manchas negruzcas. La garganta es a veces amarilla. La cola tiene una punta conspicua de color blanco marfil, de 7 a 12 mm de longitud, que se extiende hacia atrás por encima de las 10 subcaudales.
Los neonatos tienen una coloración oliva oscura con barras onduladas, oliva más pálido o oliva amarillento con finos márgenes de oliva oscuro, barras a intervalos de 5 mm (0,20 pulgadas), y un vientre que es oliva verdoso más pálido. El patrón de coloración del adulto se desarrolla en 3 o 4 meses.