Alfahiili on kaikkien aminohappojen keskipiste. Tässä esitetty segmentti on yhdistetty kahteen muuhun peptidisidoksilla. (Tikku + polaarinen H-näkymä, EnzDes-väritys.)
Alfahiili on kaikkien aminohappojen selkärangan keskeinen kohta.
Alfahiili (α-hiili tai Cα) yhdistää aminoryhmän hapon karboksyyliryhmään ja antaa aminohapoille niiden nimen.
Alfahiili toimii myös sivuketjujen kiinnityskohtana 19:ssä 20:stä proteiinien rakentamisessa käytetystä aminohaposta.
Glysiini on ainoa aminohappo, jolla ei ole sivuketjua. Glysiinissä vetyatomi ottaa paikan, jossa muissa aminohapoissa sivuketju kiinnittyy alfahiileen.
Sivuketjua vastapäätä alfahiileen on myös kiinnittynyt vety. (Tai glysiinin tapauksessa sillä on vety vastapäätä vetyä, joka korvaa sivuketjun.)
Alfahiili on aina atomi 2.
Segmenttien väliset erot ilmoitetaan usein alfahiilien välisenä etäisyytenä.
Folditissa selkärankaan tai selkärangasta piirretty kaistale yhdistyy käytännössä alfahiileen. Banding-funktiot, kuten band.AddBetweenSegments, käyttävät oletusatomina alfahiiltä (atomi 2), ellei toista atomia ole määritetty.
Folditin leikkauspiste katkaisee väliaikaisesti peptidisidoksen kahden segmentin välillä. ”Leikkauskaista” yhdistää kahden segmentin alfahiilet, kunnes leikkauspiste suljetaan.
Katso lisää tässä esitetyistä selkärangan komponenteista kohdasta Proteiinin selkäranka.