O carbono alfa é o ponto central de todos os aminoácidos. O segmento aqui mostrado está unido a dois outros por ligações de peptídeo. (Stick + vista polar H, coloração EnzDes.)
O carbono alfa é o ponto central na espinha dorsal de todos os aminoácidos.
O carbono alfa (α-carbono ou Cα) é o que liga o grupo de aminoácidos ao grupo carboxilo ácido, dando aos aminoácidos o seu nome.
O carbono alfa também serve como ponto de ligação para as cadeias laterais de 19 dos 20 aminoácidos utilizados na construção de proteínas.
A glicina é o único aminoácido sem cadeias laterais. Na glicina, um átomo de hidrogênio toma o ponto onde um sidechain está ligado ao carbono alfa nos outros aminoácidos.
O carbono alfa também tem um hidrogênio preso ao carbono alfa em frente à sidechain. (Ou, no caso da glicina, tem um hidrogênio oposto ao hidrogênio que substitui o sidechain.)
O carbono alfa é sempre átomo 2.
Diferenças de segmento a segmento são frequentemente relatadas como a distância entre os carbonos alfa.
Em Foldit, uma faixa desenhada para ou da espinha dorsal em efeito se conecta ao carbono alfa. As funções de banda, tais como band.AddBetweenSegments usam o carbono alfa (átomo 2) como o átomo padrão, a menos que outro átomo seja especificado.
Um ponto de corte Foldit quebra temporariamente a ligação do peptídeo entre dois segmentos. Uma “banda de corte” liga os carbonos alfa dos dois segmentos até que o ponto de corte seja fechado.
Veja a espinha dorsal da proteína para mais sobre os componentes da espinha dorsal mostrados aqui.