Hoidon pääpaino on auttaa asiakasta ymmärtämään ja hahmottamaan uudelleen traumaattinen tapahtuma tavalla, joka vähentää sen jatkuvia kielteisiä vaikutuksia hänen nykyiseen elämäänsä. Trauman välttelyn vähentäminen on tässä ratkaisevan tärkeää, sillä asiakkaan on tutkittava ja arvioitava trauman synnyttämiä metatunteitaan ja uskomuksiaan.
Ensimmäinen vaihe koostuu PTSD:tä, ajatuksia ja tunteita koskevasta koulutuksesta. Terapeutti pyrkii kehittämään suhdetta asiakkaaseen ja saamaan hänet yhteistyöhön luomalla yhteisen ymmärryksen asiakkaan ongelmista ja hahmottelemalla kognitiivista teoriaa PTSD:n kehittymisestä ja ylläpitämisestä. Terapeutti pyytää asiakasta kirjoittamaan vaikutuslausuman, jotta voidaan luoda tämänhetkinen lähtötaso asiakkaan käsitykselle siitä, miksi tapahtuma tapahtui, ja siitä, miten se on vaikuttanut hänen uskomuksiinsa itsestään, muista ja maailmasta. Tässä vaiheessa keskitytään automaattisten ajatusten tunnistamiseen ja tietoisuuden lisäämiseen henkilön ajatusten ja tunteiden välisestä suhteesta. Erityisesti keskitytään opettamaan asiakasta tunnistamaan sopeutumattomia uskomuksia (”jumiutuneita kohtia”), jotka haittaavat traumaattisista kokemuksista toipumista.
Seuraavaan vaiheeseen kuuluu trauman muodollinen käsittely. Terapeutti pyytää asiakasta kirjoittamaan yksityiskohtaisen kertomuksen pahimmasta traumaattisesta kokemuksestaan, jonka asiakas sitten lukee terapeutille istunnossa. Tämän tarkoituksena on murtaa välttelymalli ja mahdollistaa emotionaalinen prosessointi, jonka perimmäisenä tavoitteena on, että asiakas selventää ja muuttaa kognitiivisia vääristymiään. Kliinikot käyttävät usein sokraattista kysymysten esittämistä kehottaakseen asiakasta varovasti, mikä perustuu ajatukseen, että asiakkaan oma tulo uusiin kognitioihin traumastaan, toisin kuin kliinikon tulkintojen kyseenalaistamaton hyväksyminen, on toipumisen kannalta ratkaisevan tärkeää. Vaihtoehtoisesti CPT voidaan toteuttaa ilman kirjallisia kertomuksia (CPT-kognitiivisena tai CPT-C:nä tunnetussa vaihtoehdossa), jonka jotkut kliinikot ovat todenneet yhtä tehokkaaksi ja ehkä jopa tehokkaammaksi. Tämä vaihtoehtoinen menetelmä perustuu lähes kokonaan terapeutin ja asiakkaan väliseen sokraattiseen vuoropuheluun.
Hoidon viimeisessä vaiheessa keskitytään auttamaan asiakasta vahvistamaan edellisessä vaiheessa opittuja taitojaan, jotta hän voi käyttää näitä taitojaan edelleen tunnistamaan, arvioimaan ja muuttamaan traumaattisia tapahtumia koskevia uskomuksiaan. Tarkoituksena on, että asiakkaat voivat poistua hoidosta itsevarmoina ja kykenevinä käyttämään sopeutuvia selviytymisstrategioita hoidon jälkeisessä elämässään. Tässä vaiheessa keskitytään viiteen käsitteelliseen alueeseen, joita traumaattiset kokemukset useimmiten vahingoittavat: turvallisuus, luottamus, valta/valvonta, arvostus ja läheisyys. Asiakkaat harjoittelevat tunnistamaan, miten heidän traumaattiset kokemuksensa johtivat liian yleistyneisiin uskomuksiin sekä näiden uskomusten vaikutukseen nykyiseen toimintakykyyn ja elämänlaatuun.