Amishit edustavat erilaisten demesien tai geneettisesti suljettujen yhteisöjen joukkoa. Koska lähes kaikki amishit polveutuvat noin 500:sta 1800-luvun perustajasta, sisäsiitoksen vuoksi esiin tulevia geneettisiä häiriöitä esiintyy eristetyimmissä piireissä (esimerkki perustajavaikutuksesta). Tällaisia häiriöitä ovat muun muassa kääpiökasvuisuus (Ellis-van Creveldin oireyhtymä), Angelmanin oireyhtymä ja erilaiset aineenvaihduntahäiriöt sekä epätavallinen veriryhmäjakauma. Jotkin näistä häiriöistä ovat melko harvinaisia tai ainutlaatuisia, ja ne ovat niin vakavia, että ne lisäävät amish-lasten kuolleisuutta. Amishien enemmistö hyväksyy nämä ”Gottes Wille” (Jumalan tahto); he torjuvat ennaltaehkäisevien geenitestien käytön ennen avioliittoa ja syntymättömien lasten geenitestauksen geneettisten häiriöiden löytämiseksi. Amishit ovat kuitenkin halukkaita osallistumaan geneettisiä sairauksia koskeviin tutkimuksiin. Heidän laajoista sukuhistoriistaan on hyötyä tutkijoille, jotka tutkivat Alzheimerin taudin, Parkinsonin taudin ja makuladegeneraation kaltaisia sairauksia.
Vaikka amishien riski sairastua joihinkin perinnöllisiin häiriöihin on kohonnut, Ohion osavaltionyliopiston syövänkäsittelykeskuksen (The Ohio State University Comprehensive Cancer Center-Arthur G. James Cancer Hospital) ja Richard J. Solove -tutkimusinstituutin tutkijat ovat havainneet amishien taipumuksen puhtaisiin elämäntapoihin parantavan niiden terveyttä. Amishien yleiset syöpätapaukset ovat 60 prosenttia Ohion ikäryhmittäisestä luvusta ja 56 prosenttia kansallisesta luvusta. Tupakkaan liittyvien syöpien osuus amish-aikuisilla on 37 prosenttia ja muiden kuin tupakkaan liittyvien syöpien 72 prosenttia Ohion aikuisten osuudesta. Amishit ovat suojassa monilta syöpätyypeiltä sekä elämäntapojensa ansiosta – he käyttävät hyvin vähän tupakkaa tai alkoholia ja heillä on vain vähän seksikumppaneita – että geenien ansiosta, jotka saattavat vähentää heidän alttiuttaan sairastua syöpään. Tohtori Judith Westman, OSUCCC-Jamesin ihmisgenetiikan johtaja, suoritti tutkimuksen. Tulokset raportoitiin Cancer Causes & Control -lehden tuoreessa numerossa. Jopa ihosyöpäluvut ovat amishien keskuudessa alhaisemmat, vaikka monet amishit saavat elantonsa työskentelemällä ulkona, jossa he altistuvat auringonvalolle ja UV-säteille. He ovat tyypillisesti peittyneitä ja pukeutuvat työskennellessään auringossa käyttämällä leveälinjaisia hattuja ja pitkiä hihoja, jotka suojaavat heidän ihoaan.
Amishit ovat tietoisia eksogamiikan eduista. Yhteinen verenperimä yhdessä yhteisössä puuttuu usein toisesta, ja geneettiset häiriöt voidaan välttää valitsemalla puolisot toisistaan riippumattomista yhteisöistä. Esimerkiksi Lancasterin piirikunnan amishien perustajasuvut eivät ole sukua Perthin piirikunnan, Ontarion amish-yhteisön perustajille. Pienemmän geenipoolin vuoksi joissakin ryhmissä tiettyjen perinnöllisten sairauksien esiintyvyys on lisääntynyt.
Vanhan järjestyksen amishit eivät tyypillisesti käytä yksityistä kaupallista sairausvakuutusta. Noin kaksi kolmasosaa Pennsylvanian Lancasterin piirikunnan amisseista osallistuu Church Aidiin, epäviralliseen itsevakuutussuunnitelmaan, jolla autetaan jäseniä katastrofaalisissa sairauskuluissa. Kourallinen amerikkalaisia sairaaloita loi 1990-luvun puolivälistä lähtien erityisiä avustusohjelmia amishien auttamiseksi. Ensimmäisen näistä ohjelmista perusti James Huebert Susquehanna Health Systemissä Pennsylvanian keskiosassa. Tämä ohjelma on saanut valtakunnallista mediahuomiota Yhdysvalloissa, ja se on levinnyt useisiin ympäröiviin sairaaloihin. Geneettisten ongelmien hoitaminen on Strasburgissa Pennsylvaniassa sijaitsevan Clinic for Special Childrenin tehtävä, ja se on kehittänyt tehokkaita hoitoja esimerkiksi vaahterasiirapin virtsatautiin, joka on aiemmin kuolemaan johtanut sairaus. Useimmat amishit ovat ottaneet klinikan omakseen, joten vanhempien ei enää tarvitse lähteä yhteisöstä saadakseen asianmukaista hoitoa lapsilleen, mikä saattaisi johtaa hylkäämiseen.
DDC Clinic for Special Needs Children, joka sijaitsee Middlefieldissä, Ohiossa, on hoitanut perinnöllisistä tai aineenvaihduntahäiriöistä kärsiviä erityislapsia toukokuusta 2002 lähtien. DDC-klinikka tarjoaa hoito-, tutkimus- ja koulutuspalveluja amish- ja ei-amish-lapsille ja heidän perheilleen.
Astman esiintyvyys Indianan amishien keskuudessa oli alhainen, 5,2 %, verrattuna 21,3 %:iin Etelä-Dakotan hutteriittikoululaisilla; samoin allergisen herkistymisen esiintyvyys oli 7,2 % verrattuna 33,3 %:iin. Näiden kahden ryhmän elintavat ovat samankaltaiset lukuun ottamatta maanviljelykäytäntöjä, joissa hutterit käyttävät teollistunutta maanviljelyä, kun taas amishit eivät. Vuonna 2016 tehdyssä tutkimuksessa havaittiin merkittäviä eroja lasten synnynnäisissä immuunisoluissa ja kotien pölyn allergiaa aiheuttavassa luonteessa, mikä johti siihen johtopäätökseen, että amish-ympäristö oli suojannut astmalta muokkaamalla synnynnäistä immuunivastetta.
Vaikka sitä ei ole kielletty tai pidetä moraalittomana, suurin osa amish-heimon jäsenistä ei harrasta syntyvyyden valvontaa. He vastustavat aborttia ja pitävät myös ”keinosiemennystä, genetiikkaa, eugeniikkaa ja kantasolututkimusta” ”epäjohdonmukaisina amishien arvojen ja uskomusten kanssa”.
People’s Helpers on amishien organisoima mielenterveyskuntoutujien verkosto, joka auttaa mielenterveysongelmien kanssa kamppailevia perheitä ja suosittelee ammattitaitoisia neuvonantajia. Lancasterin piirikunnan amishien itsemurhaluvut olivat 5,5/100 000 vuonna 1980, eli noin puolet vähemmän kuin väestössä yleensä.