Az amishok különböző demekek vagy genetikailag zárt közösségek gyűjteményét képviselik. Mivel majdnem minden amish körülbelül 500 18. századi alapítótól származik, a beltenyésztés miatt előforduló genetikai rendellenességek az elszigeteltebb körzetekben léteznek (az alapítói hatás egyik példája). Ezek a rendellenességek közé tartozik a törpeség (Ellis-van Creveld-szindróma), az Angelman-szindróma és különböző anyagcserezavarok, valamint a vércsoportok szokatlan eloszlása. E rendellenességek némelyike meglehetősen ritka vagy egyedülálló, és elég súlyos ahhoz, hogy megnövelje az amish gyermekek halálozási arányát. Az amishok többsége ezeket “Gottes Wille”-ként (Isten akarataként) fogadja el; elutasítják a házasságkötés előtti megelőző genetikai vizsgálatok alkalmazását és a születendő gyermekek genetikai vizsgálatát a genetikai rendellenességek felfedezésére. Az amishok azonban hajlandóak részt venni a genetikai betegségekkel kapcsolatos vizsgálatokban. Kiterjedt családi kórtörténetük hasznos az olyan betegségeket vizsgáló kutatók számára, mint az Alzheimer-kór, a Parkinson-kór és a makuladegeneráció.
Míg az amishoknál fokozott a kockázata egyes genetikai rendellenességeknek, az Ohio State University Comprehensive Cancer Center-Arthur G. James Cancer Hospital és Richard J. Solove Research Institute (OSUCCC-James) kutatói megállapították, hogy a tiszta életmódra való hajlamuk jobb egészséghez vezethet. Az amishok általános rákos megbetegedési aránya 60 százaléka az ohiói korosztályhoz igazított aránynak és 56 százaléka az országos aránynak. A dohányzással összefüggő rákos megbetegedések aránya az amish felnőttek körében 37 százalék, a nem dohányzással összefüggő rákos megbetegedések aránya pedig 72 százaléka az ohiói felnőttek arányának. Az amishok számos ráktípussal szemben védettek mind életmódjuk révén – nagyon kevés dohányt vagy alkoholt fogyasztanak, és korlátozott számú szexuális partnerrel rendelkeznek -, mind pedig olyan gének révén, amelyek csökkenthetik a rákra való fogékonyságukat. Dr. Judith Westman, az OSUCCC-James humángenetikai igazgatója vezette a tanulmányt. Az eredményekről a Cancer Causes & Control című folyóirat nemrégiben megjelent számában számoltak be. Még a bőrrák aránya is alacsonyabb az amishok körében, annak ellenére, hogy sok amish a szabadban dolgozik, ahol ki vannak téve a napfénynek és az UV-sugaraknak. A napfényben való munkavégzéshez jellemzően takarásban és öltözetben, széles karimájú kalapot és hosszú ujjakat viselnek, amelyek védik a bőrüket.
Az amishok tudatában vannak az exogámia előnyeinek. Egy közös vérvonal az egyik közösségben gyakran hiányzik egy másikban, és a genetikai rendellenességek elkerülhetők azáltal, hogy nem rokon közösségekből származó házastársakat választanak. Például a Lancaster megyei amishok alapító családjai nem állnak rokonságban az Ontario állambeli Perth megye amish közösségének alapítóival. A kisebb génállomány miatt egyes csoportokban bizonyos öröklődő betegségek gyakoribbak.
A régi rendi amishok jellemzően nem rendelkeznek magán kereskedelmi egészségbiztosítással. A pennsylvaniai Lancaster megyében élő amishok mintegy kétharmada részt vesz az Egyházi Segélyben, egy informális önbiztosítási tervben, amely a tagok katasztrofális egészségügyi kiadásait segíti. Néhány amerikai kórház az 1990-es évek közepétől kezdve speciális programokat hozott létre az amishok megsegítésére. Az első ilyen programot a közép-pennsylvaniai Susquehanna Health Systemben indította el James Huebert. Ez a program országos médiafigyelmet kapott az Egyesült Államokban, és több környező kórházban is elterjedt. A genetikai problémák kezelése a pennsylvaniai Strasburgban működő Clinic for Special Children küldetése, amely olyan problémákra fejlesztett ki hatékony kezeléseket, mint a juharszirupos vizeletbetegség, egy korábban halálos kimenetelű betegség. A klinikát a legtöbb amish felkarolta, véget vetve annak, hogy a szülőknek el kelljen hagyniuk a közösséget, hogy megfelelő ellátásban részesüljenek gyermekeik számára, ami akár kitaszítást is eredményezhetne.
Az ohiói Middlefieldben található DDC Clinic for Special Needs Children 2002 májusa óta kezeli az örökletes vagy anyagcserezavarban szenvedő, speciális szükségletű gyermekeket. A DDC Klinika kezelési, kutatási és oktatási szolgáltatásokat nyújt amish és nem amish gyermekek és családjaik számára.
Az asztma előfordulása az indianai amishoknál alacsony, 5,2% volt, szemben a dél-dakotai hutterita iskolások 21,3%-ával; hasonlóképpen az allergiás szenzibilizáció előfordulása 7,2% volt 33,3%-kal szemben. A két csoport életmódja hasonló, kivéve a mezőgazdasági gyakorlatot, ahol a hutteriták iparszerű gazdálkodást folytatnak, míg az amishok nem. Egy 2016-os tanulmányban fontos különbségeket találtak a gyermekek veleszületett immunsejtjeiben és az otthonukban található por allergiát kiváltó jellegében, ami arra a következtetésre vezetett, hogy az amish környezet a veleszületett immunválasz alakításával védett az asztma ellen.
Noha nem tiltják vagy nem tartják erkölcstelennek, a legtöbb amish nem gyakorolja a születésszabályozás semmilyen formáját. Ellenzik az abortuszt, és “a mesterséges megtermékenyítést, a genetikát, az eugenikát és az őssejtkutatást” is “összeegyeztethetetlennek tartják az amish értékekkel és meggyőződéssel”.
A Népi Segítők egy amishok által szervezett mentális egészségügyi gondozókból álló hálózat, amely segít a mentális betegséggel küzdő családoknak, és szakmai tanácsadókat ajánl. A Lancaster megyei amishok öngyilkossági aránya 1980-ban 5,5 volt 100 000 lakosra vetítve, ami körülbelül fele az általános népességéhez képest.