Les Amish représentent un ensemble de différents dèmes ou communautés génétiquement fermées. Comme presque tous les Amish descendent d’environ 500 fondateurs du 18e siècle, les troubles génétiques qui apparaissent en raison de la consanguinité existent dans les districts plus isolés (un exemple de l’effet fondateur). Ces troubles comprennent le nanisme (syndrome d’Ellis-van Creveld), le syndrome d’Angelman et divers troubles métaboliques, ainsi qu’une distribution inhabituelle des groupes sanguins. Certains de ces troubles sont assez rares, ou uniques, et sont suffisamment graves pour augmenter le taux de mortalité chez les enfants Amish. La majorité des Amish les acceptent comme étant la « Gottes Wille » (la volonté de Dieu) ; ils rejettent le recours aux tests génétiques préventifs avant le mariage et aux tests génétiques sur les enfants à naître pour découvrir les troubles génétiques. Cependant, les Amish sont disposés à participer à des études sur les maladies génétiques. Leurs antécédents familiaux détaillés sont utiles aux chercheurs qui étudient des maladies telles que la maladie d’Alzheimer, la maladie de Parkinson et la dégénérescence maculaire.

Bien que les Amish courent un risque accru pour certains troubles génétiques, les chercheurs du Ohio State University Comprehensive Cancer Center-Arthur G. James Cancer Hospital and Richard J. Solove Research Institute (OSUCCC-James) ont constaté que leur tendance à mener une vie propre peut conduire à une meilleure santé. Le taux global de cancer chez les Amish représente 60 % du taux ajusté selon l’âge pour l’Ohio et 56 % du taux national. Le taux de cancers liés au tabac chez les adultes Amish est de 37 % et le taux de cancers non liés au tabac est de 72 % du taux des adultes de l’Ohio. Les Amish sont protégés contre de nombreux types de cancer à la fois par leur mode de vie – ils consomment très peu de tabac ou d’alcool et ont un nombre limité de partenaires sexuels – et par des gènes qui peuvent réduire leur susceptibilité au cancer. L’étude a été menée par le Dr Judith Westman, directrice du département de génétique humaine de l’OSUCCC-James. Les résultats ont été publiés dans un numéro récent de la revue Cancer Causes & Control. Même les taux de cancer de la peau sont plus faibles chez les Amish, malgré le fait que de nombreux Amish gagnent leur vie en travaillant à l’extérieur, où ils sont exposés à la lumière du soleil et aux rayons UV. Ils sont généralement couverts et habillés pour travailler au soleil en portant des chapeaux à larges bords et des manches longues qui protègent leur peau.

Les Amish sont conscients des avantages de l’exogamie. Une lignée commune dans une communauté sera souvent absente dans une autre, et les troubles génétiques peuvent être évités en choisissant des conjoints issus de communautés non apparentées. Par exemple, les familles fondatrices des Amish du comté de Lancaster ne sont pas apparentées aux fondateurs de la communauté amish du comté de Perth, en Ontario. En raison d’un pool génétique plus restreint, certains groupes ont des incidences accrues de certaines conditions héréditaires.

Les Amish du vieil ordre n’ont généralement pas d’assurance maladie commerciale privée. Environ deux tiers des Amish du comté de Lancaster en Pennsylvanie participent à Church Aid, un plan d’auto-assurance informel pour aider les membres à faire face à des dépenses médicales catastrophiques. Une poignée d’hôpitaux américains ont créé, à partir du milieu des années 1990, des programmes spéciaux d’assistance aux Amish. Le premier de ces programmes a été institué au Susquehanna Health System, dans le centre de la Pennsylvanie, par James Huebert. Ce programme a attiré l’attention des médias nationaux aux États-Unis et s’est étendu à plusieurs hôpitaux environnants. Le traitement des problèmes génétiques est la mission de la Clinic for Special Children de Strasburg, en Pennsylvanie, qui a mis au point des traitements efficaces pour des problèmes tels que la maladie des urines du sirop d’érable, une maladie autrefois mortelle. La clinique est adoptée par la plupart des Amish, ce qui met fin à la nécessité pour les parents de quitter la communauté pour recevoir des soins appropriés pour leurs enfants, une action qui pourrait entraîner une mise à l’écart.

DDC Clinic for Special Needs Children, située à Middlefield, Ohio, traite les enfants à besoins spéciaux atteints de troubles héréditaires ou métaboliques depuis mai 2002. La clinique DDC fournit des traitements, des recherches et des services éducatifs aux enfants amish et non amish et à leurs familles.

La prévalence de l’asthme chez les Amish de l’Indiana était faible, soit 5,2 %, contre 21,3 % chez les écoliers huttériens du Dakota du Sud ; de même, la prévalence de la sensibilisation allergique était de 7,2 % contre 33,3 %. Les modes de vie des deux groupes sont similaires, à l’exception des pratiques agricoles, où les huttérites ont recours à une agriculture industrialisée alors que les Amish ne le font pas. Dans une étude de 2016, des différences importantes dans les cellules immunitaires innées des enfants et dans la nature allergisante de la poussière dans leurs maisons ont été trouvées, ce qui a conduit à la conclusion que l’environnement Amish avait protégé contre l’asthme en façonnant la réponse immunitaire innée.

Bien que cela ne soit pas interdit ou pensé comme immoral, la plupart des Amish ne pratiquent aucune forme de contrôle des naissances. Ils sont contre l’avortement et trouvent également que « l’insémination artificielle, la génétique, l’eugénisme et la recherche sur les cellules souches » sont « incompatibles avec les valeurs et les croyances amish ».

People’s Helpers est un réseau organisé par les Amish de soignants en santé mentale qui aident les familles confrontées à la maladie mentale et recommandent des conseillers professionnels. Le taux de suicide chez les Amish du comté de Lancaster était de 5,5 pour 100 000 en 1980, soit environ la moitié de celui de la population générale.

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