Die Amischen sind eine Ansammlung von verschiedenen Demes oder genetisch geschlossenen Gemeinschaften. Da fast alle Amischen von etwa 500 Gründervätern aus dem 18. Jahrhundert abstammen, gibt es in isolierteren Bezirken genetische Störungen, die durch Inzucht entstehen (ein Beispiel für den Gründereffekt). Zu diesen Störungen gehören Zwergwuchs (Ellis-van-Creveld-Syndrom), Angelman-Syndrom und verschiedene Stoffwechselstörungen sowie eine ungewöhnliche Verteilung der Blutgruppen. Einige dieser Störungen sind recht selten oder einzigartig und schwerwiegend genug, um die Sterblichkeitsrate unter Amisch-Kindern zu erhöhen. Die Mehrheit der Amischen akzeptiert diese als „Gottes Wille“; sie lehnen vorbeugende Gentests vor der Heirat und Gentests bei ungeborenen Kindern zur Feststellung genetischer Störungen ab. Die Amischen sind jedoch bereit, sich an Studien über genetische Krankheiten zu beteiligen. Ihre umfangreiche Familiengeschichte ist für Forscher nützlich, die Krankheiten wie Alzheimer, Parkinson und Makuladegeneration untersuchen.
Während die Amischen ein erhöhtes Risiko für einige genetische Störungen haben, haben Forscher des Ohio State University Comprehensive Cancer Center-Arthur G. James Cancer Hospital and Richard J. Solove Research Institute (OSUCCC-James) herausgefunden, dass ihre Neigung zu einem sauberen Lebensstil zu einer besseren Gesundheit führen kann. Die allgemeine Krebsrate bei den Amischen beträgt 60 Prozent der altersbereinigten Rate für Ohio und 56 Prozent der nationalen Rate. Tabakbedingte Krebserkrankungen liegen bei den erwachsenen Amischen bei 37 Prozent und nicht-tabakbedingte Krebserkrankungen bei 72 Prozent der Rate für Erwachsene in Ohio. Die Amischen sind vor vielen Krebsarten geschützt, sowohl durch ihren Lebensstil – sie konsumieren kaum Tabak oder Alkohol und haben nur wenige Sexualpartner – als auch durch ihre Gene, die ihre Anfälligkeit für Krebs verringern können. Dr. Judith Westman, Direktorin für Humangenetik an der OSUCCC-James, führte die Studie durch. Die Ergebnisse wurden in einer aktuellen Ausgabe der Zeitschrift Cancer Causes & Control veröffentlicht. Auch die Hautkrebsraten sind bei den Amischen niedriger, obwohl viele Amische ihren Lebensunterhalt mit der Arbeit im Freien verdienen, wo sie dem Sonnenlicht und den UV-Strahlen ausgesetzt sind. Sie sind in der Regel bedeckt und tragen bei der Arbeit in der Sonne breitkrempige Hüte und lange Ärmel, die ihre Haut schützen.
Die Amish sind sich der Vorteile der Exogamie bewusst. Eine gemeinsame Blutlinie in einer Gemeinschaft ist in einer anderen oft nicht vorhanden, und genetische Störungen können durch die Wahl von Ehepartnern aus nicht verwandten Gemeinschaften vermieden werden. So sind beispielsweise die Gründerfamilien der Lancaster County Amish nicht mit den Gründern der Perth County, Ontario Amish Community verwandt. Aufgrund eines kleineren Genpools treten bei einigen Gruppen bestimmte Erbkrankheiten häufiger auf.
Die Old Order Amish haben normalerweise keine private Krankenversicherung. Etwa zwei Drittel der Amischen in Pennsylvania’s Lancaster County nehmen an der Church Aid teil, einem informellen Selbstversicherungsplan, der Mitgliedern bei katastrophalen medizinischen Ausgaben hilft. Eine Handvoll amerikanischer Krankenhäuser hat seit Mitte der 1990er Jahre spezielle Programme zur Unterstützung der Amischen ins Leben gerufen. Das erste dieser Programme wurde im Susquehanna Health System in Zentral-Pennsylvania von James Huebert ins Leben gerufen. Dieses Programm hat in den Vereinigten Staaten landesweites Medienecho hervorgerufen und wurde auf mehrere umliegende Krankenhäuser ausgedehnt. Die Behandlung genetischer Probleme ist die Aufgabe der Clinic for Special Children in Strasburg, Pennsylvania, die wirksame Behandlungen für Probleme wie die Ahornsirup-Urin-Krankheit, eine früher tödliche Krankheit, entwickelt hat. Die Klinik wird von den meisten Amischen gut angenommen, so dass die Eltern nicht mehr die Gemeinschaft verlassen müssen, um eine angemessene Behandlung für ihre Kinder zu erhalten, was zu Meidung führen könnte.
DDC Clinic for Special Needs Children in Middlefield, Ohio, behandelt seit Mai 2002 Kinder mit besonderen Bedürfnissen, die an Erb- oder Stoffwechselstörungen leiden. Die DDC-Klinik bietet Amish- und Nicht-Amish-Kindern und ihren Familien Behandlungs-, Forschungs- und Bildungsdienste an.
Die Prävalenz von Asthma bei den Amish in Indiana war mit 5,2 % niedrig, verglichen mit 21,3 % bei den Hutterer-Schulkindern in South Dakota; ebenso lag die Prävalenz von allergischer Sensibilisierung bei 7,2 % gegenüber 33,3 %. Die Lebensweise der beiden Gruppen ist ähnlich, mit Ausnahme der landwirtschaftlichen Praktiken, bei denen die Hutterer industrialisierte Landwirtschaft betreiben, während die Amischen dies nicht tun. In einer Studie aus dem Jahr 2016 wurden erhebliche Unterschiede in den angeborenen Immunzellen der Kinder und in der allergieauslösenden Natur des Staubs in ihren Häusern festgestellt, was zu der Schlussfolgerung führte, dass die amische Umgebung vor Asthma geschützt hat, indem sie die angeborene Immunantwort geformt hat.
Obwohl es nicht verboten ist oder als unmoralisch angesehen wird, praktizieren die meisten Amischen keine Form der Geburtenkontrolle. Sie sind gegen Abtreibung und halten auch „künstliche Befruchtung, Genetik, Eugenik und Stammzellenforschung“ für „unvereinbar mit den Werten und Überzeugungen der Amischen“.
People’s Helpers ist ein von den Amischen organisiertes Netz von Betreuern für geistige Gesundheit, die Familien bei psychischen Erkrankungen helfen und professionelle Berater empfehlen. Die Selbstmordrate bei den Amischen in Lancaster County lag 1980 bei 5,5 pro 100.000, also etwa halb so hoch wie in der Allgemeinbevölkerung.