Amish representerar en samling olika demes eller genetiskt slutna samhällen. Eftersom nästan alla amish härstammar från cirka 500 grundare från 1700-talet finns genetiska sjukdomar som kommer fram på grund av inavel i mer isolerade distrikt (ett exempel på grundareffekten). Dessa sjukdomar omfattar dvärgväxt (Ellis-van Crevelds syndrom), Angelmans syndrom och olika ämnesomsättningsstörningar samt en ovanlig fördelning av blodgrupper. Vissa av dessa sjukdomar är ganska sällsynta, eller unika, och är tillräckligt allvarliga för att öka dödligheten bland amishbarn. Majoriteten av amisherna accepterar dessa sjukdomar som ”Gottes Wille” (Guds vilja). De avvisar förebyggande genetiska tester före äktenskap och genetiska tester av ofödda barn för att upptäcka genetiska sjukdomar. Amish är dock villiga att delta i studier av genetiska sjukdomar. Deras omfattande familjehistorier är användbara för forskare som undersöker sjukdomar som Alzheimers, Parkinsons och makuladegeneration.
Samish har visserligen en ökad risk för vissa genetiska sjukdomar, men forskare vid Ohio State University Comprehensive Cancer Center-Arthur G. James Cancer Hospital and Richard J. Solove Research Institute (OSUCCC-James) har funnit att deras tendens till ett rent liv kan leda till bättre hälsa. Den totala cancerfrekvensen bland amishfolket är 60 procent av den åldersjusterade frekvensen i Ohio och 56 procent av den nationella frekvensen. Tobaksrelaterad cancer hos vuxna amishbor är 37 procent och icke tobaksrelaterad cancer är 72 procent av andelen för vuxna i Ohio. Amish är skyddade mot många typer av cancer både genom sin livsstil – de använder mycket lite tobak och alkohol och har ett begränsat antal sexpartners – och genom gener som kan minska deras mottaglighet för cancer. Dr Judith Westman, chef för humangenetik vid OSUCCC-James, genomförde studien. Resultaten rapporterades i ett nyligen utgivet nummer av tidskriften Cancer Causes & Control. Även hudcancerfrekvensen är lägre bland amish, trots att många amish lever av att arbeta utomhus där de utsätts för solljus och UV-strålar. De är vanligtvis täckta och klädda för att arbeta i solen genom att bära bredbrättade hattar och långa ärmar som skyddar huden.
Amisherna är medvetna om fördelarna med exogami. En gemensam blodslinje i ett samhälle kommer ofta att saknas i ett annat, och genetiska sjukdomar kan undvikas genom att välja makar från orelaterade samhällen. Till exempel är grundarfamiljerna i Lancaster County Amish inte besläktade med grundarna av Perth County, Ontario Amish-samhället. På grund av en mindre genpool har vissa grupper en ökad förekomst av vissa ärftliga sjukdomar.
The Old Order Amish har vanligtvis ingen privat kommersiell sjukförsäkring. Ungefär två tredjedelar av amish i Lancaster County i Pennsylvania deltar i Church Aid, en informell självförsäkringsplan för att hjälpa medlemmarna med katastrofala sjukvårdskostnader. En handfull amerikanska sjukhus skapade i mitten av 1990-talet särskilda uppsökande program för att hjälpa amishfolket. Det första av dessa program inrättades vid Susquehanna Health System i centrala Pennsylvania av James Huebert. Detta program har fått nationell uppmärksamhet i media i USA och har spridit sig till flera omkringliggande sjukhus. Behandling av genetiska problem är uppdraget för Clinic for Special Children i Strasburg, Pennsylvania, som har utvecklat effektiva behandlingar för sådana problem som lönnsirap urinsjuka, en tidigare dödlig sjukdom. Kliniken är välkommen hos de flesta amish, vilket gör att föräldrarna inte längre behöver lämna samhället för att få ordentlig vård för sina barn, vilket skulle kunna leda till utstötning.
DDC Clinic for Special Needs Children, som ligger i Middlefield, Ohio, har sedan maj 2002 behandlat barn med särskilda behov med ärftliga eller metaboliska sjukdomar. DDC Clinic erbjuder behandling, forskning och utbildningstjänster till amish- och icke-amishbarn och deras familjer.
Förekomsten av astma hos amish i Indiana var låg, 5,2 %, jämfört med 21,3 % hos hutteritiska skolbarn i South Dakota; likaså var förekomsten av allergisk sensibilisering 7,2 % jämfört med 33,3 %. Livsstilen i de två grupperna är likartad utom när det gäller jordbruksmetoder, där hutteriterna använder sig av industrialiserat jordbruk medan amish inte gör det. I en studie från 2016 fann man viktiga skillnader i barnens medfödda immunceller och i den allergiframkallande karaktären hos dammet i deras hem, vilket ledde till slutsatsen att amishmiljön hade skyddat mot astma genom att forma det medfödda immunsvaret.
Och även om det inte är förbjudet eller betraktas som omoraliskt, praktiserar de flesta amish inte någon form av födelsekontroll. De är emot abort och anser också att ”artificiell insemination, genetik, eugenik och stamcellsforskning” är ”oförenliga med amishernas värderingar och tro”.
People’s Helpers är ett amish-organiserat nätverk av mentalvårdare som hjälper familjer som har att göra med psykisk sjukdom och rekommenderar professionella rådgivare. Självmordsfrekvensen för amish i Lancaster County var 5,5 per 100 000 år 1980, ungefär hälften så hög som för den allmänna befolkningen.