Les chauves-souris hébergent plusieurs virus qui provoquent des maladies graves chez l’homme.Crédit : Stephen Belcher/Minden Pictures/FLPA
Les chauves-souris et les rongeurs sont considérés comme des réservoirs viraux à haut risque – une source de maladies qui peuvent sauter sur l’homme, et parfois conduire à des épidémies. Certains scientifiques ont même fait valoir que ces animaux présentent certaines caractéristiques qui augmentent la probabilité de propagation de l’animal à l’homme, et qu’ils devraient par conséquent être surveillés de plus près. Mais une nouvelle analyse suggère que les chauves-souris et les rongeurs sont « non exceptionnels » dans leur propension à héberger des virus qui infectent les humains.
En examinant le plus grand ensemble de données sur les virus et les hôtes à travers plusieurs ordres de mammifères et d’oiseaux, des chercheurs écossais ont constaté que le nombre de virus de chauves-souris et de rongeurs qui ont infecté des personnes est proportionnel au nombre d’espèces contenues dans ces groupes.
Il y a « une explication numérique assez rationnelle pour ce qui peut apparemment être des modèles frappants », déclare l’écologiste des maladies Daniel Streicker de l’Université de Glasgow, au Royaume-Uni, qui a codirigé l’analyse publiée dans PNAS1 le 13 avril. Les futurs efforts de surveillance visant à identifier les menaces de maladies d’origine animale devraient aller au-delà des groupes d’animaux spécifiques et se concentrer sur les régions à forte biodiversité, dit-il.
Mais tout le monde ne s’accorde pas à dire que cela est pratique compte tenu des ressources limitées. Et comme les chauves-souris abritent plusieurs virus qui provoquent des maladies graves chez l’homme, notamment la rage, le virus Ebola et le coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV), il est logique qu’elles – avec les rongeurs – soient au centre de la plupart des efforts de détection et de surveillance virales. Les chauves-souris sont également un suspect de premier ordre en tant que source du SRAS-CoV-2, le virus responsable de la pandémie actuelle.
Un jeu de chiffres
Les recherches examinant les espèces individuelles ont révélé que les chauves-souris ont proportionnellement plus de virus que les autres mammifères2, mais Streiker et Nardus Mollentze, également à l’Université de Glasgow, ont décidé de regarder si ce schéma existe dans différents groupes de mammifères et d’oiseaux.
Streiker dit que l’examen des ordres d’animaux élimine une partie de l’incertitude concernant l’espèce exacte qui est l’hôte d’un nouveau virus. Mais les chercheurs peuvent être raisonnablement sûrs de savoir quel groupe d’animaux est impliqué, sur la base de comparaisons génétiques entre le virus infectant l’homme et ceux circulant dans les hôtes animaux.
La paire a comparé les virus infectant l’homme à travers 11 ordres, y compris les chiroptères (chauves-souris), les rodentia (rongeurs) et les passeriformes (oiseaux chanteurs). En s’appuyant sur leur propre base de données et sur d’autres bases de données3, ils ont compilé des données sur 415 virus à ADN et à ARN provenant d’animaux qui se sont propagés à l’homme2,4.
Leur analyse statistique a estimé que les groupes d’animaux avec plus d’espèces ont tendance à avoir plus de virus, et par conséquent, un plus grand nombre de virus qui peuvent sauter à l’homme. Par exemple, les rongeurs étaient l’ordre de mammifères le plus riche en espèces dans l’étude ; ils avaient également le plus grand nombre de virus qui s’étaient déplacés vers les personnes, dit Streicker.
Facteurs viraux
Dans une autre analyse statistique, la paire a considéré l’importance de la biologie de l’hôte par rapport aux facteurs viraux. Le modèle a révélé que la biologie du virus, comme la façon dont il se réplique ou le fait qu’il soit transmis par des insectes, était un facteur de débordement plus important que les traits physiologiques ou écologiques du réservoir.
Par exemple, bien que l’on pense que les chauves-souris s’accommodent de nombreux virus différents en raison de leur système immunitaire, Streicker affirme que ces caractéristiques uniques n’augmentent pas le risque de débordement de ces virus. « Il n’y avait pas de groupes uniques d’hôtes animaux qui augmentaient systématiquement le risque que les virus posent aux personnes », dit-il.
« Si nous voulons être en mesure de prédire quels virus sont les plus susceptibles d’infecter les humains, les traits des virus pourraient être plus informatifs que les traits des hôtes », dit-il.
Streicker suggère que les travaux futurs devraient se concentrer sur les traits des virus qui pourraient renforcer leur propension à sauter sur les humains, et devraient examiner comment d’autres facteurs, tels que le commerce des espèces sauvages et les changements environnementaux, poussent les animaux à entrer en contact avec davantage de personnes et influencent l’émergence des virus.
Des hôtes aux humains
La constatation que la diversité des espèces correspond à la richesse virale est une raison impérieuse d’élargir la surveillance au-delà de certains groupes de mammifères, déclare l’écologiste Kevin Olival, vice-président d’EcoHealth Alliance, une organisation environnementale à but non lucratif de New York.
Mais Olival ne pense pas que l’étude mettra fin au débat sur l’existence de réservoirs spéciaux. Dans l’étude, les virus ont été examinés à travers des ordres d’hôtes animaux, plutôt que des espèces – ce qui signifie que les informations spécifiques aux espèces sur les hôtes ont été perdues, comme la taille de la population, la densité, l’abondance des espèces et la quantité de contact avec les gens. Tous ces facteurs peuvent influencer la diversité et la transmission virale, dit-il.
Il ajoute qu’il semble logique de poursuivre certains efforts de surveillance ciblés sur les chauves-souris et les rongeurs compte tenu de leurs antécédents.
La virologue Jemma Geoghegan de l’Université d’Otago, en Nouvelle-Zélande, affirme qu’avant que les chercheurs puissent utiliser les traits viraux pour prédire le prochain événement de débordement, beaucoup plus de virus doivent être échantillonnés et caractérisés pour révéler la véritable diversité des virus dans la nature. D’ici là, elle pense qu’il vaut mieux orienter les efforts de surveillance vers la surveillance génomique aux « lignes de faille » où les personnes et les animaux interagissent, comme les marchés d’animaux vivants. « De cette façon, nous pouvons reconnaître rapidement tout virus qui déborde », dit-elle.