L’hotel fu fondato nel 1876 come maison meublée al posto del demolito Theater am Kärntnertor dal ristoratore e fornitore di k.u.k. alla corte Eduard Sacher (1843-1892). Suo padre, il pasticcere Franz Sacher (1816-1907), era diventato famoso per la sua Sachertorte, che avrebbe creato per un ricevimento dato dal cancelliere di stato austriaco Klemens von Metternich nel 1832. Eduard Sacher fece un apprendistato presso la pasticceria Demel e nel 1873 aprì il suo primo ristorante in Kärntner Straße.
Nel 1880, sposò Anna Sacher nata Fuchs (1859-1930), che divenne direttore dopo la sua morte. Si guadagnò rapidamente una reputazione sia per le sue abilità commerciali che per la sua eccentricità, non essendo mai vista senza i suoi Bulldog francesi e un sigaro. Sotto la sua gestione, l’Hotel Sacher divenne uno dei migliori hotel del mondo, dove l’aristocrazia e i diplomatici si incontravano. Tuttavia, dopo la prima guerra mondiale, Anna Sacher mantenne la reputazione di alta classe dell’hotel e negò il servizio agli ospiti di origine non aristocratica mentre concedeva un credito generoso agli aristocratici impoveriti. La sua gestione portò il business a problemi finanziari, e alla fine alla bancarotta e a un cambio di proprietà negli anni ’30.
Nel 1934, l’attività dell’hotel fu rilevata dalla famiglia Gürtler sotto il nome della società “Eduard Sacher GmbH & Co OHG”, e l’edificio fu ampiamente ristrutturato. Dopo la fine della seconda guerra mondiale, l’Austria occupata dagli alleati, come la Germania, fu divisa in quattro zone dalle potenze vincitrici. Anche Vienna, come Berlino, fu suddivisa in quattro zone. Durante l’occupazione, gli inglesi usarono l’Hotel Sacher, a malapena danneggiato, come loro quartier generale e appare nel film di Carol Reed Il terzo uomo, poiché lo sceneggiatore Graham Greene era un cliente abituale del bar dell’hotel mentre faceva ricerche a Vienna. Il 4 agosto 1947, due valigie bomba esplosero nel seminterrato dell’hotel. Il gruppo terroristico Irgun rivendicò la responsabilità dell’attentato.
Dal 1989, la famiglia Gürtler possiede anche l’ex hotel Österreichischer Hof a Salisburgo, che ha riaperto come Hotel Sacher Salzburg. L’Hotel Sacher di Vienna ha aggiunto un altro piano con una spaziosa area termale sul tetto nel 2005/06, il che ha fatto scalpore tra i conservatori storici. La Sachertorte è ancora servita nel ristorante dell’hotel dopo che decenni di contenzioso con la pasticceria Demel sono stati messi fine.