A történelem során a shinobik bérgyilkosok, felderítők és kémek voltak, akiket főként a daimyō-ként ismert területi urak béreltek fel. Annak ellenére, hogy képesek voltak lopakodva gyilkolni, elsődleges szerepük a kémek és felderítők voltak. A shinobikat elsősorban a lopakodás és a megtévesztés használatáról ismerték. Ezt arra használták, hogy lehetőség szerint elkerüljék a közvetlen konfrontációt, ami lehetővé tette számukra, hogy elmeneküljenek a nagy ellenzéki csoportok elől.
Sok különböző iskola (ryū) tanította a ninjutsu egyedi változatait. Ilyen például a Togakure-ryū, amely azt állítja, hogy egy Daisuke Togakure nevű legyőzött szamuráj harcos Iga vidékére való menekülése után alakult ki. Később kapcsolatba került a harcos-monk Kain Doshi-val, aki megtanította őt az élet újfajta szemléletére és a túlélés (ninjutsu) eszközeire. 18-21
A ninjutsu alapvető túlélési technikák gyűjteményeként fejlődött ki a feudális Japán háborús államában. A nindzsák arra használták művészetüket, hogy biztosítsák túlélésüket az erőszakos politikai zűrzavarok idején. A ninjutsu magában foglalta az információgyűjtés módszereit és a fel nem fedezés, az elkerülés és a félrevezetés technikáit. A ninjutsu magában foglalta a szabadfutás, az álcázás, a menekülés, a rejtőzködés, az íjászat és a gyógyászat gyakorlását. A kémkedéssel és a merényletekkel kapcsolatos készségek rendkívül hasznosak voltak a feudális Japánban a háborúzó frakciók számára. Egy bizonyos ponton a kémkedési készségeket együttesen ninjutsu néven ismerték, és azokat az embereket, akik ezekre a feladatokra specializálódtak, shinobi no mono néven nevezték.