Hotel został założony w 1876 r. jako maison meublée w miejscu zburzonego Theater am Kärntnertor przez restauratora i nadwornego dostawcę k.u.k. Eduarda Sachera (1843-1892). Jego ojciec, cukiernik Franz Sacher (1816-1907), zasłynął ze swojego Sachertorte, które rzekomo stworzył na przyjęcie wydane przez austriackiego kanclerza stanu Klemensa von Metternicha w 1832 roku. Eduard Sacher odbył praktykę w cukierni Demel i w 1873 roku otworzył swoją pierwszą restaurację na Kärntner Straße.
W 1880 roku ożenił się z Anną Sacher z domu Fuchs (1859-1930), która została dyrektorem zarządzającym po jego śmierci. Szybko zyskała reputację zarówno dla jej umiejętności handlowych i jej ekscentryczność, nigdy nie był widziany bez jej francuskich buldogów i cygaro. Pod jej kierownictwem Hotel Sacher stał się jednym z najlepszych hoteli na świecie, w którym spotykali się arystokraci i dyplomaci. Jednak po I wojnie światowej Anna Sacher podtrzymała reputację hotelu jako hotelu dla wyższych sfer i odmówiła obsługi gości o niearystokratycznym pochodzeniu, udzielając jednocześnie hojnych kredytów zubożałym arystokratom. Jej zarządzanie doprowadziło firmę do problemów finansowych, a ostatecznie do bankructwa i zmiany właściciela w 1930s.
W 1934 roku, biznes hotelowy został przejęty przez rodzinę Gürtler pod nazwą firmy „Eduard Sacher GmbH & Co OHG”, a budynek został gruntownie odnowiony. Po zakończeniu II wojny światowej okupowana przez aliantów Austria, podobnie jak Niemcy, została podzielona przez zwycięskie mocarstwa na cztery strefy. Wiedeń, podobnie jak Berlin, również został podzielony na cztery strefy. Podczas okupacji Brytyjczycy używali ledwo co zniszczonego Hotelu Sacher jako swojej kwatery głównej i pojawia się on w filmie Carol Reed „Trzeci człowiek”, ponieważ scenarzysta Graham Greene był stałym bywalcem hotelowego baru podczas prowadzenia badań w Wiedniu. 4 sierpnia 1947 r. dwie walizkowe bomby eksplodowały w piwnicy hotelu. Grupa terrorystyczna Irgun przyznała się do zamachu bombowego.
Od 1989 roku rodzina Gürtler jest również właścicielem byłego hotelu Österreichischer Hof w Salzburgu, który został ponownie otwarty jako Hotel Sacher Salzburg. Hotel Sacher w Wiedniu dodał kolejne piętro z przestronnym spa na dachu w latach 2005/06, co wywołało poruszenie wśród konserwatorów zabytków. Sachertorte jest nadal serwowane w restauracji hotelowej, po tym jak dziesięciolecia sporów z cukiernią Demel zostały zakończone.