Amisze reprezentują zbiór różnych dem lub genetycznie zamkniętych społeczności. Ponieważ prawie wszyscy Amisze wywodzą się od około 500 XVIII-wiecznych założycieli, zaburzenia genetyczne, które ujawniają się w wyniku chowu wsobnego, występują w bardziej odizolowanych dzielnicach (przykład efektu założyciela). Zaburzenia te obejmują karłowatość (zespół Ellisa-van Crevelda), zespół Angelmana i różne zaburzenia metaboliczne, a także nietypowy rozkład grup krwi. Niektóre z tych zaburzeń są dość rzadkie lub unikalne i są na tyle poważne, że zwiększają śmiertelność wśród dzieci amiszów. Większość Amiszów akceptuje je jako „Gottes Wille” (wolę Bożą); odrzucają oni stosowanie prewencyjnych badań genetycznych przed zawarciem małżeństwa oraz badań genetycznych nienarodzonych dzieci w celu wykrycia zaburzeń genetycznych. Jednakże, Amisze chętnie biorą udział w badaniach nad chorobami genetycznymi. Ich obszerne historie rodzinne są przydatne dla naukowców badających choroby takie jak Alzheimer, Parkinson, i zwyrodnienie plamki żółtej.
Choć Amisze są w grupie zwiększonego ryzyka dla niektórych zaburzeń genetycznych, naukowcy z Ohio State University Comprehensive Cancer Center-Arthur G. James Cancer Hospital i Richard J. Solove Research Institute (OSUCCC-James) stwierdzili, że ich tendencja do czystego życia może prowadzić do lepszego zdrowia. Ogólny wskaźnik zachorowań na raka u Amiszów wynosi 60 procent wskaźnika skorygowanego o wiek dla Ohio i 56 procent wskaźnika krajowego. Nowotwory związane z tytoniem u dorosłych Amiszów stanowią 37%, a nowotwory niezwiązane z tytoniem 72% wskaźnika dla dorosłych w Ohio. Amisze są chronieni przed wieloma rodzajami raka zarówno poprzez swój styl życia – bardzo mało używają tytoniu i alkoholu oraz mają ograniczoną liczbę partnerów seksualnych – jak i poprzez geny, które mogą zmniejszyć ich podatność na raka. Badania przeprowadziła dr Judith Westman, dyrektor genetyki człowieka w OSUCCC-James. Wyniki zostały przedstawione w ostatnim wydaniu czasopisma Cancer Causes & Control. Nawet wskaźniki raka skóry są niższe wśród Amiszów, pomimo faktu, że wielu Amiszów zarabia na życie pracując na zewnątrz, gdzie są narażeni na działanie promieni słonecznych i UV. Są oni zazwyczaj zakryci i ubrani do pracy w słońcu poprzez noszenie kapeluszy z szerokim rondem i długich rękawów, które chronią ich skórę.
Amisze są świadomi zalet egzogamii. Wspólna linia krwi w jednej społeczności często nie występuje w innej, a zaburzenia genetyczne mogą być unikane poprzez wybór małżonków z niespokrewnionych społeczności. Na przykład, rodziny założycielskie Amiszów z Lancaster County nie są spokrewnione z założycielami społeczności Amiszów z Perth County, Ontario. Z powodu mniejszej puli genów, niektóre grupy mają zwiększoną częstotliwość występowania pewnych dziedzicznych schorzeń.
Amisze Starego Zakonu zazwyczaj nie posiadają prywatnego komercyjnego ubezpieczenia zdrowotnego. Około dwie trzecie Amiszów w Pennsylvania’s Lancaster County uczestniczy w Church Aid, nieformalnym planie samo-ubezpieczenia dla pomocy członkom z katastrofalnymi wydatkami medycznymi. Kilka amerykańskich szpitali, począwszy od połowy lat 90-tych, stworzyło specjalne programy pomocy dla Amiszów. Pierwszy z tych programów został wprowadzony w Susquehanna Health System w środkowej Pensylwanii przez Jamesa Hueberta. Program ten zwrócił uwagę mediów krajowych w Stanach Zjednoczonych i rozprzestrzenił się na kilka okolicznych szpitali. Leczenie problemów genetycznych jest misją Kliniki dla Dzieci Specjalnych w Strasburgu, w Pensylwanii, która opracowała skuteczne metody leczenia takich problemów jak choroba moczu wywołana syropem klonowym, wcześniej śmiertelna choroba. Klinika została przyjęta przez większość Amiszów, kończąc potrzebę rodziców do opuszczenia społeczności, aby otrzymać właściwą opiekę dla swoich dzieci, działanie, które może spowodować shunning.
DDC Clinic for Special Needs Children, zlokalizowana w Middlefield, Ohio, leczy dzieci specjalnej troski z dziedzicznymi lub metabolicznymi zaburzeniami od maja 2002 roku. Klinika DDC zapewnia leczenie, badania i usługi edukacyjne dla dzieci Amiszów i nie-Amiszów oraz ich rodzin.
Powszechność astmy u Amiszów z Indiany była niska na poziomie 5.2% w porównaniu do 21.3% u uczniów Hutterite z Południowej Dakoty; podobnie częstość występowania uczuleń alergicznych wynosiła 7.2% w porównaniu do 33.3%. Styl życia tych dwóch grup jest podobny z wyjątkiem praktyk rolniczych, gdzie Hutterici stosują uprzemysłowione rolnictwo, podczas gdy Amisze nie. W badaniu z 2016 roku stwierdzono istotne różnice we wrodzonych komórkach odpornościowych dzieci oraz w wywołującej alergię naturze kurzu w ich domach, co doprowadziło do wniosku, że środowisko Amiszów chroniło przed astmą poprzez kształtowanie wrodzonej odpowiedzi immunologicznej.
Chociaż nie jest to zabronione ani uważane za niemoralne, większość Amiszów nie praktykuje żadnej formy kontroli urodzeń. Są oni przeciwni aborcji i również uważają „sztuczne zapłodnienie, genetykę, eugenikę i badania nad komórkami macierzystymi” za „niezgodne z wartościami i przekonaniami Amiszów”.
People’s Helpers jest zorganizowaną przez Amiszów siecią opiekunów zdrowia psychicznego, którzy pomagają rodzinom zmagającym się z chorobami psychicznymi i polecają profesjonalnych doradców. Wskaźnik samobójstw wśród Amiszów w Lancaster County wynosił 5.5 na 100,000 w 1980 roku, około połowę mniej niż w populacji ogólnej.
.