A espionagem no Japão remonta ao Príncipe Shōtoku (572-622). De acordo com Shōninki, o primeiro uso aberto do ninjutsu durante uma campanha militar foi na Guerra Genpei, quando Minamoto no Kuro Yoshitsune escolheu guerreiros para servir como shinobi durante uma batalha. Este manuscrito continua a dizer que durante a era Kenmu, Kusunoki Masashige usava frequentemente o ninjutsu. De acordo com notas de rodapé neste manuscrito, a Guerra Genpei durou de 1180 a 1185, e a Restauração Kenmu ocorreu entre 1333 e 1336. O ninjutsu foi desenvolvido pelos samurais do período Nanboku-cho, e aperfeiçoado por grupos de samurais principalmente do Kōka e da Província de Iga, no Japão, em períodos posteriores.
Ao longo da história, os shinobi foram assassinos, batedores e espiões que foram contratados principalmente por senhores territoriais conhecidos como daimyō. Apesar de serem capazes de assassinar furtivamente, o papel principal era como espiões e batedores. Shinobi são notados principalmente pelo uso de furto e engano. Eles usariam isso para evitar confrontos diretos se possível, o que lhes permitiu escapar de grandes grupos de oposição.
Muitas escolas diferentes (ryū) ensinaram suas versões únicas de ninjutsu. Um exemplo disso é o Togakure-ryū, que afirma ter sido desenvolvido depois que um guerreiro samurai derrotado chamado Daisuke Togakure escapou para a região de Iga. Mais tarde ele entrou em contato com o guerreiro-monge Kain Doshi, que lhe ensinou uma nova maneira de ver a vida e os meios de sobrevivência (ninjutsu).:18-21
Ninjutsu foi desenvolvido como uma coleção de técnicas de sobrevivência fundamentais no estado de guerra do Japão feudal. Os ninjas usaram sua arte para garantir sua sobrevivência em uma época de violenta turbulência política. O ninjutsu incluiu métodos de recolha de informação e técnicas de não-detecção, de evasão e de má direcção. O ninjutsu envolvia treinamento em freerunning, disfarce, fuga, ocultação, arco e flecha, e medicina. Habilidades relacionadas à espionagem e assassinato foram altamente úteis para as facções em guerra no Japão feudal. Em algum momento, as habilidades de espionagem tornaram-se conhecidas coletivamente como ninjutsu, e as pessoas que se especializavam nessas tarefas eram chamadas de shinobi no mono.