Spionage i Japan går så långt tillbaka som till prins Shōtoku (572-622). Enligt Shōninki var den första öppna användningen av ninjutsu under ett militärt fälttåg under Genpei-kriget, då Minamoto no Kuro Yoshitsune valde ut krigare som skulle tjänstgöra som shinobi under ett slag. Manuskriptet fortsätter med att säga att under Kenmu-eran använde Kusunoki Masashige ofta ninjutsu. Enligt fotnoter i detta manuskript varade Genpei-kriget mellan 1180 och 1185, och Kenmu-restaurationen inträffade mellan 1333 och 1336. Ninjutsu utvecklades av samurajerna under Nanboku-cho-perioden och förfinades ytterligare av grupper av samurajer främst från Kōka och Iga-provinsen i Japan under senare perioder.
Under historiens gång var shinobi lönnmördare, spanare och spioner som anlitades främst av territoriella herrar som kallas daimyō. Trots att de kunde mörda i smyg var den primära rollen som spioner och spanare. Shinobi är främst kända för sitt användande av smygande och bedrägeri. De använde detta för att om möjligt undvika direkta konfrontationer, vilket gjorde det möjligt för dem att undkomma stora grupper av motståndare.
Många olika skolor (ryū) har lärt ut sina unika versioner av ninjutsu. Ett exempel på dessa är Togakure-ryū, som påstår sig ha utvecklats efter att en besegrad samurajkrigare vid namn Daisuke Togakure flydde till regionen Iga. Han kom senare i kontakt med krigarmunken Kain Doshi, som lärde honom ett nytt sätt att se på livet och medel för överlevnad (ninjutsu). 18-21
Ninjutsu utvecklades som en samling grundläggande överlevnadstekniker i det krigförande feodala Japan. Ninjorna använde sin konst för att säkra sin överlevnad i en tid av våldsam politisk turbulens. Ninjutsu omfattade metoder för att samla in information och tekniker för att inte upptäckas, undvika och vilseleda. Ninjutsu innefattade träning i fri flykt, förklädnad, flykt, döljande, bågskytte och medicin. Färdigheter som rörde spionage och lönnmord var mycket användbara för de stridande fraktionerna i det feodala Japan. Vid någon tidpunkt blev spionagekunskaperna kollektivt kända som ninjutsu, och de personer som specialiserade sig på dessa uppgifter kallades shinobi no mono.