Il carbonio alfa è il punto centrale di tutti gli amminoacidi. Il segmento mostrato qui è unito ad altri due da legami peptidici. (Stick + vista H polare, colorazione EnzDes.)
Il carbonio alfa è il punto centrale nella spina dorsale di ogni amminoacido.
Il carbonio alfa (carbonio α o Cα) è quello che collega il gruppo amminico al gruppo carbossilico dell’acido, dando agli aminoacidi il loro nome.
Il carbonio alfa serve anche come punto di attacco per le catene laterali di 19 dei 20 aminoacidi usati nella costruzione delle proteine.
La glicina è l’unico aminoacido senza catena laterale. Nella glicina, un atomo di idrogeno prende il posto dove una catena laterale è attaccata al carbonio alfa negli altri amminoacidi.
Il carbonio alfa ha anche un idrogeno attaccato di fronte alla catena laterale. (O, nel caso della glicina, ha un idrogeno opposto all’idrogeno che sostituisce la catena laterale.)
Il carbonio alfa è sempre l’atomo 2.
Le differenze da segmento a segmento sono spesso riportate come la distanza tra i carboni alfa.
In Foldit, una banda disegnata verso o dalla spina dorsale si collega in effetti al carbonio alfa. Le funzioni di banding, come band.AddBetweenSegments usano il carbonio alfa (atomo 2) come atomo di default a meno che non sia specificato un altro atomo.
Un cutpoint Foldit rompe temporaneamente il legame peptidico tra due segmenti. Una “cut band” collega i carboni alfa dei due segmenti fino a quando il cutpoint non viene chiuso.
Vedi la spina dorsale della proteina per maggiori informazioni sui componenti della spina dorsale mostrati qui.