Amišové představují soubor různých dem neboli geneticky uzavřených komunit. Protože téměř všichni Amišové pocházejí z přibližně 500 zakladatelů z 18. století, existují v izolovanějších okrscích genetické poruchy, které se objevují v důsledku příbuzenského křížení (příklad efektu zakladatele). Mezi tyto poruchy patří trpasličí vzrůst (Ellisův-van Creveldův syndrom), Angelmanův syndrom a různé metabolické poruchy, stejně jako neobvyklé rozložení krevních skupin. Některé z těchto poruch jsou poměrně vzácné nebo jedinečné a jsou natolik závažné, že zvyšují úmrtnost amišských dětí. Většina amišů je přijímá jako „Gottes Wille“ (Boží vůli); odmítají používání preventivních genetických testů před sňatkem a genetické testování nenarozených dětí za účelem odhalení genetických poruch. Amišové jsou však ochotni podílet se na studiích genetických chorob. Jejich rozsáhlá rodinná anamnéza je užitečná pro vědce zkoumající nemoci, jako je Alzheimerova choroba, Parkinsonova choroba a makulární degenerace.
Amišové jsou sice vystaveni zvýšenému riziku některých genetických poruch, ale vědci z The Ohio State University Comprehensive Cancer Center-Arthur G. James Cancer Hospital and Richard J. Solove Research Institute (OSUCCC-James) zjistili, že jejich sklon k čistému životu může vést k lepšímu zdraví. Celková míra výskytu rakoviny u Amišů je 60 % věkově přizpůsobené míry výskytu v Ohiu a 56 % celostátní míry. Rakovina související s tabákem je u dospělých Amišů na 37 procentech a rakovina nesouvisející s tabákem na 72 procentech míry pro dospělé v Ohiu. Amišové jsou chráněni před mnoha typy rakoviny jak díky svému životnímu stylu – velmi málo užívají tabák a alkohol a mají omezený počet sexuálních partnerů – tak díky genům, které mohou snižovat jejich náchylnost k rakovině. Studii provedla Dr. Judith Westmanová, ředitelka oddělení lidské genetiky na OSUCCC-James. Výsledky byly zveřejněny v nedávném vydání časopisu Cancer Causes & Control. Dokonce i výskyt rakoviny kůže je u Amišů nižší, přestože se mnoho Amišů živí prací venku, kde jsou vystaveni slunečnímu záření a UV paprskům. Při práci na slunci jsou obvykle zahaleni a oblečeni tak, že nosí klobouky se širokou krempou a dlouhé rukávy, které chrání jejich pokožku.
Amišové jsou si vědomi výhod exogamie. Společná pokrevní linie v jedné komunitě často chybí v jiné a genetickým poruchám se lze vyhnout výběrem manželů z nepříbuzných komunit. Například zakladatelské rodiny amišů z Lancaster County nejsou příbuzné se zakladateli amišské komunity z Perth County v Ontariu. Kvůli menšímu genofondu mají některé skupiny zvýšený výskyt určitých dědičných onemocnění.
Amišové Starého řádu obvykle nemají soukromé komerční zdravotní pojištění. Přibližně dvě třetiny amišů v pensylvánském okrese Lancaster se účastní programu Church Aid, neformálního samopojišťovacího plánu pro pomoc členům v případě katastrofických zdravotních výdajů. Několik amerických nemocnic vytvořilo od poloviny 90. let 20. století speciální pomocné programy na pomoc amišům. První z těchto programů zavedl James Huebert v Susquehanna Health System ve střední Pensylvánii. Tento program si ve Spojených státech vysloužil pozornost celostátních médií a rozšířil se do několika okolních nemocnic. Léčba genetických problémů je posláním Kliniky pro zvláštní děti ve Štrasburku v Pensylvánii, která vyvinula účinnou léčbu takových problémů, jako je nemoc z javorového sirupu, dříve smrtelné onemocnění. Klinika je přijímána většinou Amišů, čímž končí nutnost rodičů opouštět komunitu, aby se jim dostalo náležité péče pro jejich děti, což by mohlo vést k vyhýbání.
DDC Clinic for Special Needs Children, která se nachází v Middlefieldu v Ohiu, léčí od května 2002 děti se speciálními potřebami s dědičnými nebo metabolickými poruchami. Klinika DDC poskytuje léčebné, výzkumné a vzdělávací služby amišským i neamišským dětem a jejich rodinám.
Prevalence astmatu u amišů v Indianě byla nízká – 5,2 % ve srovnání s 21,3 % u hutteritských školáků v Jižní Dakotě; stejně tak prevalence alergické senzibilizace byla 7,2 % oproti 33,3 %. Životní styl obou skupin je podobný s výjimkou zemědělských praktik, kdy hutterité používají průmyslové zemědělství, zatímco amišové nikoli. Ve studii z roku 2016 byly zjištěny významné rozdíly ve vrozených imunitních buňkách dětí a v alergii vyvolávajícím charakteru prachu v jejich domovech, což vedlo k závěru, že prostředí amišů chránilo před astmatem tím, že formovalo vrozenou imunitní odpověď.
Ačkoli to není zakázáno nebo považováno za nemorální, většina amišů nepraktikuje žádnou formu antikoncepce. Jsou proti potratům a také považují „umělé oplodnění, genetiku, eugeniku a výzkum kmenových buněk“ za „neslučitelné s amišskými hodnotami a přesvědčením“.
People’s Helpers je Amiši organizovaná síť pečovatelů o duševní zdraví, kteří pomáhají rodinám potýkajícím se s duševní nemocí a doporučují profesionální poradce. Počet sebevražd u amišů v Lancasterském okrese byl v roce 1980 5,5 na 100 000 obyvatel, což je přibližně polovina oproti běžné populaci.