Behandlingens primære fokus er at hjælpe klienten med at forstå og rekonceptualisere deres traumatiske hændelse på en måde, der reducerer de vedvarende negative virkninger på deres nuværende liv. At mindske undgåelse af traumet er afgørende for dette, da det er nødvendigt for klienten at undersøge og vurdere sine meta-emotioner og overbevisninger, der er genereret af traumet.
Den første fase består af undervisning om PTSD, tanker og følelser. Terapeuten søger at udvikle en relation til og opnå samarbejde med klienten ved at etablere en fælles forståelse af klientens problemer og skitsere den kognitive teori om udvikling og vedligeholdelse af PTSD. Terapeuten beder klienten om at skrive en konsekvensbeskrivelse for at etablere en aktuel baseline for klientens forståelse af, hvorfor hændelsen fandt sted, og hvilken indvirkning den har haft på klientens overbevisninger om sig selv, andre og verden. Denne fase fokuserer på at identificere automatiske tanker og øge bevidstheden om forholdet mellem en persons tanker og følelser. Et særligt fokus er på at lære klienten at identificere maladaptive overbevisninger (“fastlåste punkter”), der forstyrrer helbredelsen efter traumatiske oplevelser.
Den næste fase omfatter formel bearbejdning af traumet. Terapeuten beder klienten om at skrive en detaljeret redegørelse for sin værste traumatiske oplevelse, som klienten derefter læser op for terapeuten i sessionen. Dette har til formål at bryde undgåelsesmønsteret og gøre det muligt at foretage en følelsesmæssig bearbejdning, hvor det endelige mål er, at klienten skal afklare og ændre sine kognitive forvrængninger. Klinikere bruger ofte sokratiske spørgsmål til forsigtigt at spørge klienten, baseret på tanken om, at klientens egen ankomst til nye kognitioner om sit traume, i modsætning til ukritisk accept af klinikerens fortolkninger, er afgørende for helbredelse. Alternativt kan CPT udføres uden brug af skriftlige beretninger (i en variant kendt som CPT-Cognitive, eller CPT-C), som nogle klinikere har fundet lige så effektiv og måske mere effektiv. Denne alternative metode er næsten udelukkende baseret på sokratisk dialog mellem terapeut og klient.
Den sidste fase af behandlingen fokuserer på at hjælpe klienten med at styrke de færdigheder, de har lært i den foregående fase, med den hensigt, at de kan bruge disse færdigheder til yderligere at identificere, vurdere og ændre deres overbevisninger vedrørende deres traumatiske begivenheder. Hensigten er at give klienterne mulighed for at forlade behandlingen med tillid til og evne til at anvende adaptive copingstrategier i deres liv efter behandlingen. Denne fase fokuserer på fem konceptuelle områder, som traumatiske oplevelser oftest forårsager skade på: sikkerhed, tillid, magt/kontrol, agtelse og intimitet. Klienterne øver sig i at erkende, hvordan deres traumatiske oplevelser resulterede i overgeneraliserede overbevisninger, samt hvilken indvirkning disse overbevisninger har på den nuværende funktion og livskvalitet.