Amishere repræsenterer en samling af forskellige demes eller genetisk lukkede samfund. Da næsten alle amish nedstammer fra omkring 500 grundlæggere fra det 18. århundrede, findes genetiske sygdomme, der kommer frem på grund af indavl, i mere isolerede distrikter (et eksempel på grundlæggereffekten). Disse lidelser omfatter dværgvækst (Ellis-van Creveld-syndromet), Angelman-syndromet og forskellige stofskiftesygdomme samt en usædvanlig fordeling af blodtyper. Nogle af disse lidelser er ret sjældne eller unikke og er alvorlige nok til at øge dødeligheden blandt amish-børn. De fleste amish accepterer disse sygdomme som “Gottes Wille” (Guds vilje); de afviser brug af forebyggende gentest før ægteskab og gentestning af ufødte børn for at opdage genetiske sygdomme. Amish er dog villige til at deltage i undersøgelser af genetiske sygdomme. Deres omfattende familiehistorier er nyttige for forskere, der undersøger sygdomme som Alzheimers, Parkinsons og makuladegeneration.
Mens amish har en øget risiko for visse genetiske sygdomme, har forskere ved Ohio State University Comprehensive Cancer Center-Arthur G. James Cancer Hospital and Richard J. Solove Research Institute (OSUCCC-James) fundet ud af, at deres tendens til at leve rent kan føre til et bedre helbred. Den samlede kræftfrekvens hos amish-folket er 60 procent af den aldersjusterede frekvens for Ohio og 56 procent af den nationale frekvens. Tobaksrelaterede kræftformer hos voksne amish-folk udgør 37 %, og ikke-tobaksrelaterede kræftformer udgør 72 % af andelen for voksne i Ohio. Amish-folket er beskyttet mod mange kræftformer både gennem deres livsstil – der er meget lidt tobaks- og alkoholforbrug og begrænsede seksuelle partnere – og gennem gener, der kan reducere deres modtagelighed for kræft. Dr. Judith Westman, direktør for humangenetik ved OSUCCC-James, har gennemført undersøgelsen. Resultaterne blev rapporteret i et nyligt nummer af tidsskriftet Cancer Causes & Control. Selv hudkræftprocenten er lavere for amish, til trods for at mange amish lever af at arbejde udendørs, hvor de udsættes for sollys og UV-stråler. De er typisk tildækkede og klædt på til at arbejde i solen ved at bære bredskyggede hatte og lange ærmer, som beskytter deres hud.
Amisherne er bevidste om fordelene ved exogami. En fælles blodlinje i ét samfund vil ofte være fraværende i et andet, og genetiske sygdomme kan undgås ved at vælge ægtefæller fra ikke-relaterede samfund. F.eks. er grundlæggerfamilierne af amish-familierne i Lancaster County ikke beslægtet med grundlæggerne af amish-samfundet i Perth County i Ontario. På grund af en mindre genpulje har nogle grupper en øget forekomst af visse arvelige sygdomme.
Den gamle orden amish har typisk ikke en privat kommerciel sygeforsikring. Omkring to tredjedele af amish i Lancaster County i Pennsylvania deltager i Church Aid, en uformel selvforsikringsplan til at hjælpe medlemmerne med katastrofale lægeudgifter. En håndfuld amerikanske sygehuse oprettede fra midten af 1990’erne særlige programmer for at hjælpe amish-folket. Det første af disse programmer blev iværksat på Susquehanna Health System i det centrale Pennsylvania af James Huebert. Dette program har fået national medieopmærksomhed i USA og har spredt sig til flere omkringliggende hospitaler. Behandling af genetiske problemer er missionen for Clinic for Special Children i Strasburg, Pennsylvania, som har udviklet effektive behandlinger for problemer som f.eks. ahornsirupurinsyge, en tidligere dødelig sygdom. Klinikken er omfavnet af de fleste amish, hvilket gør det ikke længere nødvendigt for forældre at forlade lokalsamfundet for at få ordentlig behandling for deres børn, hvilket kunne resultere i udstødelse.
DDC Clinic for Special Needs Children i Middlefield, Ohio, har siden maj 2002 behandlet børn med særlige behov med arvelige eller metaboliske sygdomme. DDC Clinic tilbyder behandling, forskning og uddannelsesmæssige tjenester til amish- og ikke-amish-børn og deres familier.
Forekomsten af astma hos amish-børn i Indiana var lav på 5,2 % sammenlignet med 21,3 % hos hutteritiske skolebørn i South Dakota; ligeledes var forekomsten af allergisk sensibilisering 7,2 % sammenlignet med 33,3 %. De to gruppers livsstil er ens bortset fra landbrugspraksis, hvor hutteritterne anvender industrialiseret landbrug, mens amish ikke gør det. I en undersøgelse fra 2016 blev der fundet vigtige forskelle i børnenes medfødte immunceller og i den allergifremkaldende karakter af støvet i deres hjem, hvilket førte til den konklusion, at amish-miljøet havde beskyttet mod astma ved at forme det medfødte immunrespons.
Selv om det ikke er forbudt eller opfattes som umoralsk, praktiserer de fleste amish ikke nogen form for fødselskontrol. De er imod abort og finder også, at “kunstig befrugtning, genetik, eugenik og stamcelleforskning” er “uforenelige med amishernes værdier og overbevisninger”.
People’s Helpers er et amish-organiseret netværk af psykiske hjælpere, der hjælper familier, der har med psykiske sygdomme at gøre, og som anbefaler professionelle rådgivere. Selvmordsraten for amish i Lancaster County var 5,5 pr. 100.000 i 1980, hvilket er ca. halvdelen af den generelle befolkningsrate.