Wynton Marsalis er den mest berømte musiker inden for moderne jazz, og han havde en stor indflydelse næsten fra starten. I begyndelsen af 80’erne var det en stor nyhed, at en ung og talentfuld sort musiker ville vælge at leve af at spille akustisk jazz frem for fusion, funk eller R&B. Marsalis’ ankomst på scenen startede “Young Lions”-bevægelsen og resulterede i, at store pladeselskaber pludselig skrev kontrakter med og promoverede unge musikere. Der havde været en stor mangel på unge trompetister siden 1970, men Marsalis’ pludselige fremtrædende rolle inspirerede en helt ny generation af messingblæsere. Musikken fra Miles Davis’ kvintet fra midten af 60’erne var blevet noget overskygget, da den var ny, men Marsalis’ kvintet fokuserede på at udvide gruppens arv, og snart tog andre “Young Lion”-enheder udgangspunkt i Davis’ sene akustiske arbejde. Faktisk har Marsalis’ mest inspirerende arbejde været med unge mennesker, hvoraf han har introduceret mange til jazzen; nogle få unge musikere, såsom Roy Hargrove, er blevet direkte hjulpet af Marsalis. Han fandt gradvist sin egen stemme ved at udforske tidligere stilarter inden for jazzen (f.eks. Louis Armstrongs spil), ved at beherske wah-wah-dæmpningen og ved at studere Duke Ellington. Fra det tidspunkt havde Marsalis sin egen lyd, selv når han spillede en Miles Davis-standard, og han har indtaget sin plads som en af jazzens store musikere.
Søn af pianisten Ellis Marsalis, yngre bror til Branford og ældre bror til Delfeayo og Jason (Marsalis-klanen som helhed kan med rette kaldes “The First Family of Jazz”), fik Wynton (der blev opkaldt efter pianisten Wynton Kelly) sin første trompet som seksårig af Ellis’ arbejdsgiver, Al Hirt. Han studerede både klassisk og jazz og spillede i lokale marching bands, funkgrupper og klassiske orkestre. Marsalis spillede første trompet i New Orleans Civic Orchestra, mens han gik i gymnasiet. Han gik på Juilliard, da han var 18 år, og i 1980 lavede han sine første indspilninger med Art Blakey Big Band og sluttede sig til Jazz Messengers.
I 1981 var den unge trompetist jazzverdenens samtaleemne. Han turnerede med Herbie Hancock (hvilket resulterede i en dobbelt-LP), fortsatte samarbejdet med Blakey, skrev kontrakt med Columbia og indspillede sit første album som leder. I 1982 dannede Marsalis ikke blot sin egen kvintet (med bror Branford, Kenny Kirkland, Charnett Moffett og Jeff “Tain” Watts), men indspillede også sit første klassiske album; han blev straks rangeret som en af de bedste klassiske trompetister gennem tiderne. Hans kvintet med Branford varede indtil slutningen af 1985, selv om der opstod en splittelse mellem brødrene (heldigvis var den kun midlertidig), da Branford endelig forlod bandet for at tage på turné med Stings popgruppe. På det tidspunkt var Wynton en superstjerne, der vandt et utal af priser og afstemninger.
Marsalis’ næste gruppe bestod af pianisten Marcus Roberts, bassisten Robert Hurst og trommeslageren Watts. Med tiden voksede gruppen til at blive en septet med fire horn med basunisten Wycliffe Gordon, altisten Wes Anderson, Todd Williams på tenor, bassisten Reginald Veal, trommeslageren Herlin Riley og (i begyndelsen af 90’erne) pianisten Eric Reed. Marsalis udviklede virkelig sit forfatterskab i denne periode (påvirket af Duke Ellington), og septetten viste sig at være en perfekt mulighed for hans arrangementsteknik. Selv om Marsalis havde opløst bandet i 1995, optrådte mange af musikerne stadig i hans særlige projekter eller med Lincoln Center Jazz Orchestra.
I 1997 blev Marsalis’ maraton Blood on the Fields (som blev udgivet som et sæt med tre cd’er) det første jazzbaserede værk, der vandt en Pulitzerpris. Standard Time, Vol. 5: The Midnight Blues fulgte et år senere. Med så mange jazzgiganter, der er gået bort, er Marsalis’ betydning (som trompetist, leder, forfatter og talsmand for jazzen) fortsat vokset. Standard Time, Vol. 4: Marsalis Plays Monk fulgte i 1999 samtidig med det populære PBS-specialprogram. Og som om otte rigtige indspilninger i 1999 ikke var nok, udgav Columbia og Marsalis et utroligt overkommeligt sæt på syv diske med titlen Live at the Village Vanguard. I midten af 2000 udkom Marciac Suite og Goin’ Down Home. To år senere fejrede Marsalis blues på All Rise. Dernæst kom hans første album for Blue Note, The Magic Hour, et album med originalt materiale, der blev udgivet i begyndelsen af 2004. Senere samme år udgav pladeselskabet Unforgivable Blackness: The Rise and Fall of Jack Johnson, Marsalis’ soundtrack til Ken Burns’ dokumentarfilm. Marsalis’ andet studiearbejde for Blue Note, det politisk og socialt bevidste From the Plantation to the Penitentiary, fulgte i 2007.
I 2008 slog Marsalis sig sammen med countryikonet Willie Nelson på livealbummet Two Men with the Blues, hvor duoen optrådte under to aftener i Lincoln Center. Året efter udgav Marsalis konceptalbummet He and She, hvor han udforskede temaet om forholdet mellem mænd og kvinder. I 2011 vendte han tilbage med livealbummet Here We Go Again: Celebrating the Genius of Ray Charles, hvor han endnu en gang var sammen med Nelson og sangerinden Norah Jones. Samme år var Marsalis, som tidligere havde været gæst på guitaristen Eric Claptons album Clapton fra 2010, igen sammen med rock/blues-mesteren på koncertalbummet Play the Blues: Live from Jazz at Lincoln Center. I 2011 bidrog Marsalis også med musikken til Burns’ dokumentarfilm Prohibition.
I de næste par år havde Marsalis travlt med at optræde og optrådte regelmæssigt på tv som kulturkorrespondent for CBS Sunday Morning. Han sluttede sig også til Jazz at Lincoln Center Orchestra (JLCO) i forbindelse med Live in Cuba, en udgivelse på to cd’er fra 2015 med ensemblets allerførste optrædener i Cuba. I 2016 udgav Marsalis The Abyssinian Mass, en indspilning af hans komposition fra 2008 til minde om 200-året for Harlem’s Abyssinian Baptist Church. The Abyssinian Mass er et omfattende værk, der viste forbindelserne mellem verdslig og hellig musik og præsenterede JLCO sammen med Damien Sneed og Chorale le Chateau. I begyndelsen af 2017 udkom The Music of John Lewis, en koncert fra 2013 i Lincoln Center, der fejrer Modern Jazz Quartet-grundlæggerens musik, med deltagelse af samarbejdspartneren Jon Batiste. Koncertkompilationen, United We Swing: Best of the Jazz at Lincoln Center Galas, udkom i 2018 og præsenterede Marsalis’ septet sammen med gæstekoryfæer som Ray Charles, Bob Dylan, Eric Clapton og flere andre. Big Band Holidays II og soundtrackalbummet Bolden kom i 2019, og på sidstnævnte leverede Marsalis musikken til filmen, der er baseret på den tidlige jazzkornetist Buddy Boldens liv. I 2020 udgav Marsalis det mørke og satiriske epos Ever Fonky Lowdown med Jazz at Lincoln Center Orchestra, vokalisterne Camille Thurman og Doug Wamble samt fortælling af Wendell Pierce.