Die Praktiker der ganzheitlichen oder biologischen Zahnheilkunde können in Bezug auf die von ihnen angebotenen Techniken und Dienstleistungen sehr unterschiedlich sein. Während viele konventionelle Zahnärzte anerkennen, dass verschiedene präventive Ansätze in der Zahnheilkunde von großem Nutzen sind, haben einige dieser Zahnärzte ganzheitliche Praktiken wegen mangelnder Wirksamkeit des Ansatzes und falschen Marketings in ihren Praxen kritisiert.
Ein wesentlicher Teil der Kritik an der ganzheitlichen Zahnheilkunde bezieht sich auf die unbegründete Anwendung bestimmter Leistungen und Behandlungen, von denen viele entweder untersucht und für unwirksam befunden wurden oder nicht ausreichend erforscht sind, um für die Praxis als sicher und wirksam erklärt zu werden. So werden beispielsweise häufig pflanzliche Heilmittel in Form von Mundwasser und Zahnpasta empfohlen, um bestimmten Zahnerkrankungen vorzubeugen oder sie zu behandeln. Es handelt sich dabei um vermeintlich sicherere Produkte, weil sie „natürlich“ sind. Tatsächlich hat sich gezeigt, dass pflanzliche Heilmittel die Sicherheit von invasiven oder langwierigen zahnärztlichen Verfahren beeinträchtigen und zu zusätzlichen Komplikationen führen können, wenn sie mit den aktuellen Medikamenten des Patienten in Wechselwirkung treten. Einige traditionelle pflanzliche Zahntechniken, wie die Verwendung des Miswak-Stabs, haben sich jedoch als möglicherweise wirksam erwiesen. Der Bereich der pflanzlichen Zahnpflege ist jedoch noch weitgehend unerforscht, und es sind weitere strenge wissenschaftliche Untersuchungen erforderlich, um die Wirksamkeit der verschiedenen Methoden zu bestimmen.
Einige Kritiker der ganzheitlichen Zahnheilkunde weisen auch darauf hin, dass die von diesen Ärzten verlangten Honorare im Allgemeinen um ein Vielfaches höher sind als die der herkömmlichen Zahnärzte. Einige behaupten, dass die alternative Zahnheilkunde lediglich die Ausnutzung von gesundheitlichen Nischenvorstellungen und Spielereien ist, um höhere Honorare zu rechtfertigen. Ein mögliches Beispiel hierfür ist das Cavitat, ein nicht validiertes Ultraschallgerät, das angeblich in der Lage ist, angebliche Läsionen, die als „Kavitationen“ bezeichnet werden, zu erkennen (siehe: Neuralgie-induzierende Kavitationsosteonekrose), oder die nicht evidenzbasierte Verwendung von Atemgeräten durch bestimmte „biologische Zahnärzte“ bei der Entfernung von Amalgamfüllungen, die die Quecksilbertoxizität durch die Eliminierung des eingeatmeten Materials in der Luft verringern sollen. Andere argumentieren jedoch, dass solche Praktiken nicht repräsentativ für den gesamten Bereich der ganzheitlichen Zahnmedizin sind.