El hotel fue fundado en 1876 como maison meublée en el emplazamiento del demolido Theater am Kärntnertor por el restaurador y proveedor de k.u.k. a la corte Eduard Sacher (1843-1892). Su padre, el pastelero Franz Sacher (1816-1907), se había hecho famoso por su Sachertorte, que supuestamente creó para una recepción ofrecida por el canciller del Estado austriaco Klemens von Metternich en 1832. Eduard Sacher hizo un aprendizaje en la pastelería Demel y en 1873 abrió su primer restaurante en la Kärntner Straße.
En 1880, se casó con Anna Sacher, de soltera Fuchs (1859-1930), que se convirtió en directora tras su muerte. Rápidamente se ganó una reputación tanto por sus habilidades comerciales como por su excentricidad, ya que nunca se la veía sin sus Bulldogs franceses y un puro. Bajo su dirección, el Hotel Sacher se convirtió en uno de los mejores hoteles del mundo, donde se reunían la aristocracia y los diplomáticos. Sin embargo, después de la Primera Guerra Mundial, Anna Sacher mantuvo la reputación de clase alta del hotel y negó el servicio a los huéspedes de ascendencia no aristocrática mientras concedía generosos créditos a los aristócratas empobrecidos. Su gestión llevó al negocio a problemas financieros y, finalmente, a la bancarrota y a un cambio de propietario en la década de 1930.
En 1934, la familia Gürtler se hizo cargo del negocio hotelero bajo el nombre de empresa «Eduard Sacher GmbH & Co OHG», y el edificio fue ampliamente renovado. Tras el final de la Segunda Guerra Mundial, la Austria ocupada por los aliados, al igual que Alemania, fue dividida en cuatro zonas por las potencias vencedoras. Viena, al igual que Berlín, también fue subdividida en cuatro zonas. Durante la ocupación, los británicos utilizaron el apenas dañado Hotel Sacher como cuartel general y aparece en la película de Carol Reed El tercer hombre, ya que el guionista Graham Greene era un habitual del bar del hotel mientras investigaba en Viena. El 4 de agosto de 1947, dos maletas bomba explotaron en el sótano del hotel. El grupo terrorista Irgun reivindicó la autoría del atentado.
Desde 1989, la familia Gürtler es también propietaria del antiguo hotel Österreichischer Hof de Salzburgo, que reabrió como Hotel Sacher Salzburg. El Hotel Sacher de Viena añadió una planta más con una amplia zona de spa en su tejado en 2005/06, lo que causó un gran revuelo entre los conservacionistas históricos. La Sachertorte se sigue sirviendo en el restaurante del hotel después de que se pusiera fin a décadas de litigio con la pastelería Demel.