Los amish representan un conjunto de diferentes demes o comunidades genéticamente cerradas. Dado que casi todos los amish descienden de unos 500 fundadores del siglo XVIII, en los distritos más aislados existen trastornos genéticos debidos a la endogamia (un ejemplo del efecto fundador). Estos trastornos incluyen el enanismo (síndrome de Ellis-van Creveld), el síndrome de Angelman y varios trastornos metabólicos, así como una distribución inusual de los tipos de sangre. Algunos de estos trastornos son bastante raros, o únicos, y son lo suficientemente graves como para aumentar la tasa de mortalidad entre los niños amish. La mayoría de los amish los aceptan como «Gottes Wille» (voluntad de Dios); rechazan el uso de pruebas genéticas preventivas antes del matrimonio y las pruebas genéticas de los niños no nacidos para descubrir trastornos genéticos. Sin embargo, los amish están dispuestos a participar en estudios sobre enfermedades genéticas. Sus extensos historiales familiares son útiles para los investigadores que estudian enfermedades como el Alzheimer, el Parkinson y la degeneración macular.
Aunque los amish tienen un mayor riesgo de padecer algunos trastornos genéticos, los investigadores del Centro Integral del Cáncer de la Universidad del Estado de Ohio-Hospital del Cáncer Arthur G. James e Instituto de Investigación Richard J. Solove (OSUCCC-James) han descubierto que su tendencia a llevar una vida limpia puede conducir a una mejor salud. Las tasas generales de cáncer en los amish son el 60% de la tasa ajustada por edad para Ohio y el 56% de la tasa nacional. Los cánceres relacionados con el tabaco en los adultos amish son el 37% y los no relacionados con el tabaco son el 72% de la tasa de los adultos de Ohio. Los amish están protegidos contra muchos tipos de cáncer, tanto por su estilo de vida -hay muy poco consumo de tabaco o alcohol y pocas parejas sexuales- como por los genes que pueden reducir su susceptibilidad al cáncer. La Dra. Judith Westman, directora de genética humana de la OSUCCC-James, dirigió el estudio. Los resultados se publican en un número reciente de la revista Cancer Causes & Control. Incluso las tasas de cáncer de piel son más bajas entre los amish, a pesar de que muchos de ellos se ganan la vida trabajando al aire libre, donde están expuestos a la luz solar y a los rayos UV. Suelen cubrirse y vestirse para trabajar al sol con sombreros de ala ancha y mangas largas que les protegen la piel.
Los amish son conscientes de las ventajas de la exogamia. Una línea de sangre común en una comunidad a menudo estará ausente en otra, y los trastornos genéticos se pueden evitar eligiendo cónyuges de comunidades no relacionadas. Por ejemplo, las familias fundadoras de los amish del condado de Lancaster no están relacionadas con los fundadores de la comunidad amish del condado de Perth, Ontario. Debido a una reserva genética más pequeña, algunos grupos tienen una mayor incidencia de ciertas condiciones hereditarias.
Los Amish de la Vieja Orden no suelen tener un seguro médico comercial privado. Alrededor de dos tercios de los amish del condado de Lancaster, en Pensilvania, participan en Church Aid, un plan informal de autoseguro para ayudar a sus miembros con gastos médicos catastróficos. A partir de mediados de los años 90, algunos hospitales estadounidenses crearon programas especiales para ayudar a los amish. El primero de estos programas fue instituido en el Susquehanna Health System, en el centro de Pensilvania, por James Huebert. Este programa ha merecido la atención de los medios de comunicación nacionales en Estados Unidos, y se ha extendido a varios hospitales de los alrededores. Tratar los problemas genéticos es la misión de la Clínica para Niños Especiales de Strasburg (Pensilvania), que ha desarrollado tratamientos eficaces para problemas como la enfermedad de la orina en forma de jarabe de arce, una enfermedad anteriormente mortal. La clínica es aceptada por la mayoría de los amish, lo que pone fin a la necesidad de que los padres abandonen la comunidad para recibir la atención adecuada para sus hijos, una acción que podría dar lugar al rechazo.
La Clínica DDC para Niños con Necesidades Especiales, situada en Middlefield (Ohio), lleva tratando a niños con necesidades especiales con trastornos hereditarios o metabólicos desde mayo de 2002. La clínica DDC ofrece tratamiento, investigación y servicios educativos a niños amish y no amish y a sus familias.
La prevalencia del asma en los amish de Indiana era baja, del 5,2%, en comparación con el 21,3% de los escolares huteritas de Dakota del Sur; asimismo, la prevalencia de la sensibilización alérgica era del 7,2% frente al 33,3%. Los estilos de vida de ambos grupos son similares, excepto en las prácticas agrícolas, donde los huteritas utilizan la agricultura industrializada mientras que los amish no. En un estudio de 2016, se encontraron diferencias importantes en las células inmunitarias innatas de los niños y en la naturaleza inductora de alergias del polvo de sus hogares, lo que llevó a la conclusión de que el entorno amish había protegido contra el asma al moldear la respuesta inmunitaria innata.
Aunque no está prohibido ni se considera inmoral, la mayoría de los amish no practican ninguna forma de control de la natalidad. Están en contra del aborto y también consideran que «la inseminación artificial, la genética, la eugenesia y la investigación con células madre» son «incompatibles con los valores y las creencias amish».
People’s Helpers es una red organizada por los amish de cuidadores de la salud mental que ayudan a las familias que se enfrentan a enfermedades mentales y recomiendan consejeros profesionales. La tasa de suicidio de los amish del condado de Lancaster era de 5,5 por cada 100.000 en 1980, aproximadamente la mitad que la de la población general.