El objetivo principal del tratamiento es ayudar al cliente a comprender y reconceptualizar su acontecimiento traumático de forma que se reduzcan sus efectos negativos continuos en su vida actual. La disminución de la evitación del trauma es crucial para ello, ya que es necesario que el cliente examine y evalúe sus meta-emociones y creencias generadas por el trauma.
La primera fase consiste en la educación sobre el TEPT, los pensamientos y las emociones. El terapeuta trata de desarrollar un rapport con el cliente y ganar su cooperación estableciendo un entendimiento común de los problemas del cliente y esbozando la teoría cognitiva del desarrollo y mantenimiento del TEPT. El terapeuta pide al cliente que escriba una declaración de impacto para establecer una línea de base actual de la comprensión del cliente de por qué ocurrió el evento y el impacto que ha tenido en sus creencias sobre sí mismo, los demás y el mundo. Esta fase se centra en identificar los pensamientos automáticos y en aumentar la conciencia de la relación entre los pensamientos y los sentimientos de una persona. Se hace especial hincapié en enseñar al cliente a identificar las creencias inadaptadas («puntos de bloqueo») que interfieren en la recuperación de las experiencias traumáticas.
La siguiente fase implica el procesamiento formal del trauma. El terapeuta pide al cliente que escriba un relato detallado de su peor experiencia traumática, que luego lee al terapeuta en la sesión. Con ello se pretende romper el patrón de evitación y permitir el procesamiento emocional, con el objetivo final de que el cliente aclare y modifique sus distorsiones cognitivas. Los clínicos suelen utilizar el cuestionamiento socrático para incitar suavemente al cliente, basándose en la idea de que la propia llegada del cliente a nuevas cogniciones sobre su trauma, en contraposición a la aceptación incuestionable de las interpretaciones del clínico, es fundamental para la recuperación. Alternativamente, la TPC puede llevarse a cabo sin el uso de relatos escritos (en una variante conocida como TPC-Cognitiva, o TPC-C), que algunos clínicos han encontrado igualmente efectiva y quizás más eficiente. Este método alternativo se basa casi por completo en el diálogo socrático entre el terapeuta y el cliente.
La fase final del tratamiento se centra en ayudar al cliente a reforzar las habilidades que ha aprendido en la fase anterior, con la intención de que pueda utilizar esas habilidades para seguir identificando, evaluando y modificando sus creencias relativas a sus acontecimientos traumáticos. La intención es permitir que los clientes salgan del tratamiento con la confianza y la capacidad de utilizar estrategias de afrontamiento adaptativas en su vida posterior al tratamiento. Esta fase se centra en cinco áreas conceptuales en las que las experiencias traumáticas suelen causar daños: seguridad, confianza, poder/control, estima e intimidad. Los clientes practican el reconocimiento de cómo sus experiencias traumáticas dieron lugar a creencias excesivamente generalizadas, así como el impacto de estas creencias en el funcionamiento actual y la calidad de vida.