Le carbone alpha est le point central de tous les acides aminés. Le segment représenté ici est relié à deux autres par des liaisons peptidiques. (Vue bâton + H polaire, coloration EnzDes.)
Le carbone alpha est le point central du squelette de chaque acide aminé.
Le carbone alpha (carbone α ou Cα) est ce qui relie le groupe amino au groupe carboxyle de l’acide, donnant aux acides aminés leur nom.
Le carbone alpha sert également de point d’attache pour les chaînes latérales de 19 des 20 acides aminés utilisés dans la construction des protéines.
La glycine est le seul acide aminé sans chaîne latérale. Dans la glycine, un atome d’hydrogène prend la place où une chaîne latérale est attachée au carbone alpha dans les autres acides aminés.
Le carbone alpha a également un hydrogène attaché à l’opposé de la chaîne latérale. (Ou, dans le cas de la glycine, il a un hydrogène opposé à l’hydrogène qui remplace la chaîne latérale.)
Le carbone alpha est toujours l’atome 2.
Les différences entre segments sont souvent rapportées comme la distance entre les carbones alpha.
Dans Foldit, une bande dessinée vers ou depuis le squelette se connecte en fait au carbone alpha. Les fonctions de bande, telles que band.AddBetweenSegments utilisent le carbone alpha (atome 2) comme atome par défaut, à moins qu’un autre atome ne soit spécifié.
Un point de coupe Foldit rompt temporairement la liaison peptidique entre deux segments. Une « bande de coupe » relie les carbones alpha des deux segments jusqu’à ce que le point de coupe soit fermé.
Voir le squelette de la protéine pour en savoir plus sur les composants du squelette présentés ici.