L’hôtel a été fondé en 1876 comme maison meublée sur le site du Theater am Kärntnertor démoli par le restaurateur et fournisseur de k.u.k. à la cour Eduard Sacher (1843-1892). Son père, le confiseur Franz Sacher (1816-1907), était devenu célèbre pour sa Sachertorte, qu’il aurait créée pour une réception donnée par le chancelier d’État autrichien Klemens von Metternich en 1832. Eduard Sacher fait un apprentissage à la pâtisserie Demel et ouvre en 1873 son premier restaurant dans la Kärntner Straße.
En 1880, il épouse Anna Sacher née Fuchs (1859-1930), qui devient directrice générale après sa mort. Elle acquit rapidement une réputation tant pour ses compétences commerciales que pour son excentricité, n’étant jamais vue sans ses bouledogues français et un cigare. Sous sa direction, l’hôtel Sacher est devenu l’un des meilleurs hôtels du monde, où l’aristocratie et les diplomates se rencontraient. Cependant, après la Première Guerre mondiale, Anna Sacher a maintenu la réputation de classe supérieure de l’hôtel et a refusé le service aux clients d’origine non aristocratique tout en accordant un crédit généreux aux aristocrates appauvris. Sa gestion a conduit l’entreprise à des problèmes financiers, et finalement à la faillite et à un changement de propriétaire dans les années 1930.
En 1934, l’entreprise hôtelière a été reprise par la famille Gürtler sous le nom de société « Eduard Sacher GmbH & Co OHG », et le bâtiment a été largement rénové. Après la fin de la Seconde Guerre mondiale, l’Autriche occupée par les Alliés, comme l’Allemagne, a été divisée en quatre zones par les puissances victorieuses. Vienne, comme Berlin, a également été subdivisée en quatre zones. Pendant l’occupation, les Britanniques ont utilisé l’hôtel Sacher, à peine endommagé, comme quartier général. Il apparaît dans le film de Carol Reed, Le troisième homme, car le scénariste Graham Greene était un habitué du bar de l’hôtel lorsqu’il faisait des recherches à Vienne. Le 4 août 1947, deux valises piégées explosent dans le sous-sol de l’hôtel. Le groupe terroriste Irgoun a revendiqué l’attentat.
Depuis 1989, la famille Gürtler est également propriétaire de l’ancien hôtel Österreichischer Hof à Salzbourg, qui a rouvert ses portes sous le nom d’Hôtel Sacher Salzbourg. En 2005-2006, l’hôtel Sacher de Vienne a ajouté un étage supplémentaire avec un vaste espace spa sur son toit, ce qui a suscité l’émoi des défenseurs de l’histoire. La Sachertorte est toujours servie dans le restaurant de l’hôtel après que des décennies de litige avec la pâtisserie Demel aient pris fin.