LA FONDATION DE LA NATION, 1810-1903
Même avec les premières mesures d’unification contre l’autorité espagnole, les élites coloniales se disputent entre elles. Tant avant qu’après l’octroi de l’indépendance, les élites ne s’accordaient pas sur la question de savoir si la structure nationale devait être fédéraliste ou centraliste. Ce désaccord crucial, exacerbé par les différences régionales extrêmes de la Colombie, a été le premier à séparer les élites politiques en groupes rivaux. Les opinions divergentes de ces groupes concernant la relation appropriée entre l’Église et l’État ont encore accentué le désaccord. Les groupes distincts ont suivi des leaders représentant leurs opinions et se sont identifiés aux individus autant qu’aux idéologies. Au moment de la fondation de la nouvelle nation, ces deux groupes étaient clairement divisés et dominaient la scène politique, excluant les autres de leur compétition pour le contrôle du pays. La force de leurs idéaux a porté la nation à aller et venir entre les extrêmes politiques – la liberté absolue et la répression.
Le mouvement d’indépendance
Les dirigeants des différentes localités qui avaient formé des conseils criollo ont cherché à unifier la colonie de la Nouvelle-Grenade. Cependant, dès le début de leurs tentatives, des conflits sont apparus sur la forme que devait prendre le nouveau gouvernement. Les conseils provinciaux ne voulaient pas du type de gouvernement centraliste et autoritaire préconisé par le conseil de Bogota, préférant un type de gouvernement fédéral plus conforme aux principes libéraux des Lumières et à l’exemple de la révolution nord-américaine. Il s’agit de la première scission idéologique entre les groupes de criollos de premier plan. Les fédéralistes se rallient à Camilo Torres ; les centralistes se rallient à Antonio Nariño. Pour éviter une guerre civile entre les deux factions, les conseils provinciaux ont envoyé des représentants à Bogota en 1811 afin de rédiger une constitution pour le territoire. En novembre 1811, un congrès est installé, et les provinces forment les Provinces unies de Nouvelle-Grenade. L’union fédérale était composée de provinces autonomes unies uniquement par un intérêt commun ; l’armée nationale était subordonnée à Bogota.
À partir de 1812, les provinces individuelles ont commencé à déclarer leur indépendance absolue de l’Espagne. Cette année-là, Simón Bolívar Palacio, considéré comme le libérateur de l’Amérique du Sud, tenta pour la première fois d’obtenir l’indépendance de la Nouvelle-Grenade. L’absence de soutien uni des différentes provinces le contrarie cependant. Bolívar quitte la Nouvelle-Grenade en 1815 et se rend en Jamaïque. La tension continue entre les forces fédéralistes et centralistes a conduit à un conflit qui a laissé la Nouvelle-Grenade faible et vulnérable aux tentatives de reconquête des provinces par l’Espagne.
Au moment du départ de Bolívar, la cause de l’indépendance en Nouvelle-Grenade était désespérée. Ferdinand VII avait été restauré sur le trône d’Espagne, et les forces de Napoléon s’étaient retirées d’Espagne. Une expédition de pacification dirigée par Pablo Morillo au nom du roi s’est rendue de l’actuel Venezuela à Bogota, et ceux qui ont déposé les armes et réaffirmé leur loyauté à la couronne espagnole ont été graciés. Morillo a également accordé la liberté aux esclaves qui ont aidé à la reconquête des colonies. En raison des dissensions entre la classe supérieure et les masses et d’une direction militaire inepte, Carthagène tomba aux mains des royalistes à la fin de 1815.
Au début de 1816, Morillo passa à la reconquête de la Nouvelle-Grenade et changea sa tactique, passant des pardons à la terreur ; Bogota tomba en quelques mois. Morillo réprime les antiroyalistes (y compris en exécutant des chefs comme Torres) et installe le Tribunal de purification, responsable des exilés et des prisonniers, et le Conseil des confiscations. Le Tribunal ecclésiastique, chargé des relations du gouvernement avec l’Église, impose la loi militaire aux prêtres impliqués dans la subversion. La reconquête espagnole installe un régime militaire qui gouverne par une répression violente. Le mécontentement croissant a contribué à une plus grande radicalisation du mouvement indépendantiste, s’étendant à des secteurs de la société, tels que les classes inférieures et les esclaves, qui n’avaient pas soutenu la précédente tentative d’indépendance. Ainsi, le terrain était préparé pour le retour et le triomphe ultime de Bolívar.
À la fin de 1816, Bolívar est retourné en Nouvelle-Grenade, convaincu que la guerre pour l’indépendance ne pouvait être gagnée qu’avec le soutien des masses. Lors de la précédente tentative d’indépendance, de larges segments de la population avaient été attirés du côté royaliste par des promesses telles que le partage des terres et l’abolition de l’esclavage. Cependant, lorsque les masses ont vu que les promesses n’étaient pas tenues, elles ont changé leur allégeance de l’Espagne au mouvement indépendantiste.
Deux rencontres militaires importantes ont conduit au succès du mouvement. Après avoir remporté un certain nombre de victoires dans une poussée allant de l’actuelle côte vénézuélienne à l’actuelle Colombie orientale via le Río Orinoco, Bolívar confie à Francisco de Paula Santander la mission de libérer la région de Casanare, où il défait les forces royalistes en avril 1819. Après la défaite décisive des forces royalistes lors de la bataille de Boyacá en août 1819, les forces indépendantistes entrent dans Bogota sans résistance.
Les marchands et les propriétaires terriens qui ont combattu l’Espagne détiennent désormais le contrôle politique, économique et social du nouveau pays qui englobe les actuels Venezuela, Colombie et Panana. Les premières réformes économiques qu’ils ont adoptées ont consolidé leur position en libéralisant le commerce, permettant ainsi aux marchandises en provenance de Grande-Bretagne (le principal partenaire commercial de la Nouvelle-Grenade après l’Espagne) d’entrer plus librement dans la région. En conséquence, la classe artisanale et le secteur manufacturier émergent, qui n’avaient auparavant qu’un faible pouvoir économique et politique, perdirent désormais de leur stature.
Gran Colombia
Alors que la victoire sur l’Espagne devenait de plus en plus évidente, les dirigeants des actuels Venezuela, Colombie et Panana se réunirent en congrès en février 1819 à Angostura (l’actuelle Ciudad Bolívar, au Venezuela) et acceptèrent de s’unir en une république qui serait connue sous le nom de Gran Colombia. Après que Bolívar a été ratifié comme président en août 1819, il a laissé Santander, son vice-président, à la tête de la Grande Colombie et s’est rendu dans le sud pour libérer l’Équateur, le Pérou et la Bolivie actuels. Lorsque l’actuel Équateur est libéré en 1822, il rejoint également la Grande Colombie. En 1821, le Congrès de Cúcuta rédige une constitution pour la nouvelle république. L’arrangement politique de Cúcuta était fortement centralisé et prévoyait un gouvernement basé sur la représentation populaire avec un Congrès bicaméral, un président et une Cour suprême composée de cinq magistrats. La constitution garantissait également la liberté des enfants d’esclaves, la liberté de la presse, l’inviolabilité des domiciles, des personnes et de la correspondance, la codification des impôts, des politiques protectionnistes envers l’industrie et l’agriculture, et l’abolition du système de travail mita.
Néanmoins, les rivalités politiques et les jalousies régionales ont progressivement affaibli l’autorité du nouvel État central. Les dirigeants vénézuéliens, en particulier, n’appréciaient guère d’être dirigés par Santander, originaire de l’actuelle Colombie, en l’absence de leur président et compatriote vénézuélien, Bolívar. En 1826, le général José Antonio Páez a mené une révolte vénézuélienne contre la Grande Colombie. Des éclosions et des troubles se produisent également ailleurs.
À son retour du Pérou en 1827, Bolívar parvient à peine à maintenir son autorité personnelle. En avril 1828, une convention générale est convoquée à Ocaña pour réformer la constitution de Cúcuta, mais la convention se brise en raison des positions contradictoires prises par les partisans de Santander et de Bolívar. Ceux qui soutenaient Santander croyaient en une forme de gouvernement libérale et fédéraliste. Les partisans de Bolívar soutenaient un gouvernement plus autoritaire et centralisé, et beaucoup, surtout ceux de Bogota, ont demandé à Bolívar d’assumer l’autorité nationale jusqu’à ce qu’il juge sage de convoquer un nouvel organe législatif pour remplacer le Congrès.
En août 1828, Bolívar a assumé des pouvoirs dictatoriaux et a tenté d’installer une constitution qu’il avait élaborée pour la Bolivie et le Pérou. Impopulaire auprès d’une grande partie de la population de la Nouvelle-Grenade, cette constitution prévoyait une autorité centrale accrue et un président à vie qui pouvait également nommer son propre successeur. Au cours d’une convention constitutionnelle tenue en janvier 1830, Bolívar démissionne de son poste de président et nomme José Domingo Caicedo comme successeur. La même année, les forces de division à l’œuvre au sein de la république remportent un triomphe majeur lorsque les parties vénézuélienne et équatorienne de la république font sécession.
Nouvelle-Grenade
La Nouvelle-Grenade gisait dans un état dépressif après la dissolution de la Grande Colombie. Aucune des trois principales bases économiques du pays – l’agriculture, l’élevage et l’exploitation minière – n’était saine. Le commerce d’importation était limité à un petit groupe, le secteur bancaire était inadéquat, et les artisans et petits fabricants ne pouvaient fournir que ce qui était nécessaire à la consommation locale. Malgré le désir et le besoin de changement, la Nouvelle-Grenade conserve l’esclavage, l’impôt sur les ventes et le monopole de l’État sur la production et le commerce du tabac et de l’alcool. Les problèmes auxquels le pays était confronté, le mécontentement des groupes libéraux qui considéraient la constitution comme monarchique et la volonté de pouvoir des militaires ont abouti à la chute de l’ordre constitutionnel et à l’instauration, en 1830, de la dictature de huit mois du général Rafael Urdaneta. Après la mort de Bolívar en décembre 1830, cependant, les dirigeants civils et militaires ont appelé à la restauration de l’autorité légitime. Urdaneta a été contraint de céder le pouvoir à Caicedo en tant que président légitime.
En octobre 1831, Caicedo a convoqué une commission pour rédiger une nouvelle constitution pour la Nouvelle-Grenade. Achevée en 1832, la nouvelle constitution restreint le pouvoir de la présidence et étend l’autonomie des subdivisions administratives régionales appelées départements (departamentos). Santander a assumé la présidence en 1832 et son vice-président, José Ignacio de Márquez, lui a succédé en 1837. Le personnalisme et le régionalisme sont restés des éléments clés de la politique nationale dans un pays aux petites villes, à l’État faible et à la population semi-féodale liée aux grands propriétaires terriens par des relations patron-client.
Pendant l’administration de Márquez, les divisions politiques du pays ont atteint un point de rupture. En 1840, les ambitions politiques de certains gouverneurs de département, la faiblesse constitutionnelle du président et la suppression de certains monastères catholiques romains à Pasto se combinent pour déclencher une guerre civile qui se termine par la victoire des forces gouvernementales dirigées par le général Pedro Alcántara Herrán. Ce triomphe a permis à Herrán d’accéder à la présidence lors des élections suivantes, en 1841. En 1843, son administration institue une nouvelle constitution, qui stipule une plus grande centralisation du pouvoir.
En 1845, Tomás Ciprianode Mosquera succède à Herrán. Le personnalisme en tant qu’élément important de la politique s’est atténué sous son administration. Le gouvernement Mosquera a également vu l’ascension économique et politique des marchands, des artisans et des petits propriétaires. Mosquera a libéralisé le commerce et mis la Nouvelle-Grenade sur la voie de l’exportation de produits primaires.
L’élection du général José Hilario López à la présidence en 1849 a marqué un tournant pour la Colombie, tant sur le plan économique que politique. Le capitalisme a commencé à remplacer l’ancienne structure coloniale, et les différences idéologiques entre les partis politiques établis ont éclipsé l’accent mis précédemment sur le personnalisme. En 1850, l’administration López a mis en place un programme de réforme agraire et a aboli l’esclavage. Afin de permettre aux propriétaires terriens d’accéder à davantage de terres, le programme de réforme agraire lève les restrictions sur la vente des terres resguardo ; en conséquence, les Indiens sont déplacés de la campagne vers les villes, où ils fournissent une main-d’œuvre excédentaire. En 1851, le gouvernement met fin au monopole d’État sur la culture et le commerce du tabac et déclare la séparation officielle de l’Église et de l’État. En outre, López a retiré le système éducatif des mains de l’église et a soumis les curés à des élections populaires.
Consolidation des divisions politiques
La division idéologique divisant l’élite politique a commencé en 1810 et s’est solidifiée en 1850 après la création officielle du Parti libéral (Partido Liberal–PL) et du Parti conservateur (Partido Conservador–PC), les deux partis qui ont continué à dominer la politique colombienne dans les années 1980. Les libéraux étaient anticolonialistes et voulaient transformer la Nouvelle-Grenade en une nation moderne. Les personnes qui rejoignaient le PL provenaient principalement des classes récemment créées et ascendantes et comprenaient des marchands prônant le libre-échange, des fabricants et des artisans soucieux d’accroître la demande pour leurs produits, quelques petits propriétaires terriens et des agriculteurs favorables à une libéralisation des monopoles d’État sur des cultures telles que le tabac, et des esclaves en quête de liberté. Les libéraux souhaitaient également une diminution du pouvoir exécutif, la séparation de l’Église et de l’État, la liberté de la presse, de l’éducation, de la religion et des affaires, et l’élimination de la peine de mort.
Les conservateurs voulaient préserver l’héritage colonial espagnol du catholicisme romain et de l’autoritarisme. Ils étaient favorables à la prolongation des structures et des institutions coloniales, au maintien de l’alliance entre l’Église et l’État, au maintien de l’esclavage et à la défense de la forme autoritaire du gouvernement qui éliminerait ce qu’ils considéraient comme des excès de liberté. Le PC regroupe les propriétaires d’esclaves, la hiérarchie catholique romaine et les grands propriétaires terriens. Les campesinos étaient divisés entre les deux partis, leur loyauté suivant celle de leurs employeurs ou mécènes – souvent le PC.
Contrairement à l’unité démontrée par le PC, le PL a développé des factions dès le début. Bien qu’ils aient la plupart des intérêts en commun, les marchands différaient des artisans et des fabricants sur la question du commerce. Les commerçants étaient favorables au libre-échange des importations et étaient appelés golgotas, tandis que les artisans et les fabricants exigeaient le protectionnisme pour soutenir l’industrie nationale et étaient connus sous le nom de draconianos.
Les fédéralistes
Bien que divisé, le PL a rapidement remporté des victoires électorales. Lors de l’élection de 1853, le général José María Obando, qui avait dirigé les forces révolutionnaires lors de la guerre civile de 1840 et qui était soutenu par les draconianos et l’armée, fut élu et inauguré comme président. Le Congrès est resté aux mains des golgothas. En mai de la même année, le Congrès a adopté la constitution de 1853, qui avait été rédigée sous López. Document libéral, elle contenait des dispositions importantes définissant la séparation de l’Église et de l’État et la liberté de culte et établissant le suffrage masculin. La nouvelle constitution prévoit également l’élection directe du président, des membres du Congrès, des magistrats et des gouverneurs, et accorde une large autonomie aux départements.
Malgré la victoire que représentait la constitution pour les libéraux, les tensions s’accentuèrent entre les forces golgota et draconiano. Lorsque les draconianos ont trouvé qu’Obando était compromis avec les golgotas, le général José María Melo a mené un coup d’État en avril 1854, s’est déclaré dictateur et a dissous le Congrès. Le règne de Melo, la seule dictature militaire du XIXe siècle, ne dura que huit mois car il s’avéra incapable de consolider les intérêts des draconianos ; il fut déposé par une alliance de golgotas et de conservateurs.
En 1857, le candidat du PC Mariano Ospina Rodríguez fut élu président. L’année suivante, son administration adopte une nouvelle constitution, qui rebaptise le pays Confédération grenadine, remplace le vice-président par trois désignés élus par le Congrès, et fixe le mandat présidentiel à quatre ans. La faction draconienne ayant disparu en tant que force politique, les golgothas prennent le contrôle du PL en opposition au conservateur Ospina. Le général Mosquera, ancien président et gouverneur du département du Cauca, est apparu comme la figure libérale la plus importante. Fervent défenseur du fédéralisme, Mosquera menaçait de faire sécession du Cauca face à la centralisation entreprise par les conservateurs. Mosquera, les golgotas et leurs partisans ont déclaré une guerre civile en 1860, ce qui a entraîné une obstruction presque complète du gouvernement.
Les troubles civils ayant empêché la tenue d’élections comme prévu en 1861, Bartolomé Calvo, un conservateur en lice pour la présidence, a assumé la fonction. En juillet 1861, Mosquera prend Bogota, dépose Calvo et prend le titre de président provisoire des États-Unis de Nouvelle-Grenade et de commandant suprême de la guerre. Un congrès de plénipotentiaires choisis par les chefs civils et militaires de chaque département se réunit dans la capitale en septembre 1861, en réponse à une convocation du gouvernement provisoire. Pendant ce temps, la guerre se poursuit jusqu’à ce que Mosquera vainque les conservateurs et soumette finalement l’opposition à Antioquia en octobre 1862.
Peu après avoir pris le pouvoir, Mosquera place l’église sous contrôle laïc et exproprie les terres de l’église. Les biens n’ont cependant pas été redistribués aux sans-terre, mais ont été vendus à des marchands et à des propriétaires terriens dans le but d’améliorer la situation fiscale nationale, qui avait été ruinée par la guerre. En conséquence, la quantité de terres détenues par les latifundios augmenta.
En février 1863, une convention gouvernementale exclusivement libérale se réunit à Rionegro et promulgua la constitution de 1863, qui devait durer jusqu’en 1886. La constitution de Rionegro rebaptise la nation « États-Unis de Colombie ». Tous les pouvoirs non attribués au gouvernement central étaient réservés aux États, y compris le droit de s’engager dans le commerce des armes et des munitions. La constitution contenait une définition complète des libertés individuelles et des garanties aussi absolues que possible, laissant à l’autorité fédérale peu de marge de manœuvre pour réglementer la société. La constitution garantissait également aux Colombiens le droit de professer n’importe quelle religion.
La constitution Rionegro n’apporta guère de paix au pays. Après sa promulgation et avant le changement constitutionnel suivant, libéraux et conservateurs se sont engagés dans une quarantaine de conflits locaux et plusieurs grandes luttes militaires. La contestation persiste, en outre, entre les libéraux modérés de l’exécutif et les libéraux radicaux du législatif ; ces derniers vont jusqu’à promulguer une mesure interdisant à l’autorité centrale de réprimer une révolte contre le gouvernement d’un État ou de s’immiscer de quelque manière que ce soit dans les affaires de cet État. En 1867, les libéraux radicaux exécutèrent également un coup d’État contre Mosquera, ce qui entraîna son emprisonnement, son procès devant le Sénat et son exil du pays.
Avec la chute de Mosquera et l’enracinement des libéraux radicaux au pouvoir, les conservateurs eurent de plus en plus de mal à accepter la constitution du Rionegro. Finalement, les conservateurs de Tolima et d’Antioquia ont pris les armes, initiant un autre conflit civil en 1876. Le gouvernement national libéral réprima la rébellion, mais avec difficulté.
Les Golgotas contrôlèrent la présidence jusqu’en 1884 et défendirent les dispositions de la constitution du Rionegro relatives au fédéralisme, aux libertés absolues, à la séparation de l’Église et de l’État, et à la non-intervention de l’État dans l’économie. Leur politique économique met l’accent sur la construction de voies de communication, notamment de chemins de fer et de routes améliorées. Ces projets n’ont pas unifié le pays et augmenté le commerce intérieur, mais ont plutôt relié l’intérieur aux centres d’exportation, en connectant les villes importantes aux ports fluviaux et maritimes. En permettant un accès plus facile aux importations, les projets ont donc favorisé la classe marchande par rapport aux industriels nationaux.
Dans le cadre de la politique golgota de libre-échange total, les exportations sont devenues un élément majeur de l’économie du pays. Trois principales exportations agricoles – le tabac, la quinine et le café – se sont développées, surtout après 1850, lorsque les marchés internationaux étaient plus favorables et plus accessibles. Néanmoins, ces trois cultures ont souffert de périodes cycliques de forte et de faible demande. Dans les années 1880, il était clair que le tabac et la quinine ne seraient pas des exportations fiables à long terme en raison de la forte concurrence internationale. Le café a également été confronté à la concurrence mais a néanmoins réussi à dominer l’économie après les années 1870. Les marchands de café utilisaient leurs bénéfices en tant qu’intermédiaires pour investir dans les industries nationales, produisant des biens tels que des textiles pour la consommation domestique, en particulier dans la région de Medellín. L’émergence du café en tant que culture d’exportation importante et l’investissement des profits du commerce du café dans l’industrie domestique ont été des étapes importantes dans le développement économique du pays.
Les nationalistes
Il est devenu évident pour de nombreux libéraux et conservateurs que le manque d’autorité gouvernementale stipulé dans la constitution du Rionegro permettait au pays de suivre un cours chaotique et que la situation devait être corrigée. Le mouvement de régénération a cherché à opérer un changement fondamental dans l’orientation de la Colombie. L’un des principaux leaders du mouvement était Rafael Núñez, qui a été élu président en 1879 et a occupé ce poste jusqu’en 1882. Les libéraux et les conservateurs désenchantés par les gouvernements golgota se sont unis pour former le Parti national, une coalition qui, en février 1884, a porté Núñez à la présidence pour un second mandat. Les nationalistes autorisent Núñez à prendre les mesures urgentes nécessaires pour améliorer les conditions économiques. En tant que chef du mouvement Régénération, il tente de réformer la constitution avec l’accord de tous les groupes. Les golgothas, cependant, craignent qu’un changement constitutionnel ne favorise les conservateurs et les libéraux dissidents à leurs dépens. En 1884, les golgothas de Santander ont déclenché une rébellion armée qui s’est étendue à tout le pays. Les forces nationalistes réprimèrent la révolution en août 1885, date à laquelle Núñez déclara également que la constitution du Rionegro avait expiré.
Le résultat le plus important du conflit fut l’adoption de la Constitution de 1886 par un conseil national composé de deux délégués de chaque État. Les dirigeants nationalistes estimaient que l’ultralibéralisme tel qu’il était pratiqué sous la constitution du Rionegro ne convenait pas aux besoins du pays et qu’un équilibre était nécessaire entre les libertés individuelles et l’ordre national. Sur la base de cette philosophie, la Constitution de 1886 a inversé la tendance fédéraliste et a placé le pays sous un contrôle centraliste fort. La Constitution a rebaptisé le pays « République de Colombie » et, avec des amendements, elle est restée en vigueur jusqu’à la fin des années 1980. La Constitution prévoit un système de gouvernement national plutôt que confédéral dans lequel le président a plus de pouvoir que les gouverneurs, qui dirigent des départements ou deux types de territoires nationaux appelés intendances (intendencias) et commissariats (comisarias).
En 1887, Núñez a consolidé la position de l’église dans le pays en signant le Concordat de 1887 avec le Saint-Siège. Par ce concordat, l’église retrouvait son autonomie et sa relation préférentielle antérieure avec la république. L’accord stipulait l’enseignement obligatoire du catholicisme romain dans le cadre de l’éducation des enfants et reconnaissait les mariages catholiques romains comme les seuls mariages valides dans le pays. Il reconnaissait également la dette de la Colombie envers le Saint-Siège provoquée par la confiscation sans compensation des biens de l’Église sous Mosquera dans les années 1860.
Les désordres politiques ne cessèrent pas avec l’adoption de la Constitution de 1886. Les nationalistes, qui étaient devenus une branche extrémiste du PC après l’élection de Núñez, étaient opposés aux conservateurs historiques, la faction modérée du PC qui n’était pas d’accord avec l’ampleur de l’antilibéralisme pris par le nouveau gouvernement. L’opposition bipartisane des libéraux et des conservateurs historiques a cherché à réformer les politiques économiques et politiques nationalistes par des moyens pacifiques. Les nationalistes, cependant, refusaient les droits civils et la représentation politique des libéraux, car les différences d’opinion concernant la politique commerciale et le rôle de l’État dans la société créaient un fossé entre les nationalistes et leurs opposants. Le PL s’est divisé en deux factions, la faction de la paix et la faction de la guerre, la première recherchant une réforme pacifique des politiques économiques et la seconde prônant la révolution comme seul moyen de gagner des droits politiques. La faction de la Paix contrôle le parti dans la capitale, tandis que la faction de la Guerre domine le parti dans les départements – une réponse à l’exclusion politique violente qui caractérise les zones rurales et les petites villes. La faction de la guerre a organisé des révoltes infructueuses en 1893 et 1895.
En 1898, le candidat nationaliste Manuel Antonio Sanclemente est élu président. En mauvaise santé, Sanclemente laisse une grande partie du gouvernement à son vice-président, José Manuel Marroquín. La présidence Sanclemente/Marroquín a été confrontée à des problèmes croissants en raison de la chute du prix mondial du café, qui, en raison de la réduction des recettes douanières, a mis le gouvernement en faillite. La politique fiscale d’émission de papier-monnaie non remboursable, qui avait remplacé l’étalon-or sous Núñez, ajouta au manque croissant de confiance dans le gouvernement.
En juillet 1899, à Santander, les libéraux tentèrent à nouveau une révolution, connue sous le nom de Guerre des Mille Jours. Les conservateurs historiques finissent par faire allégeance aux nationalistes, tandis que les factions Paix et Guerre du PL restent divisées, ce qui affaiblit la rébellion. Malgré une victoire initiale en décembre 1899, les forces libérales ont été dépassées en nombre à Palonegro cinq mois plus tard. Cette défaite a laissé l’armée libérale décimée et démoralisée, avec peu de chances de succès. L’armée libérale changea de stratégie, passant des tactiques conventionnelles à la guérilla, transformant ainsi la guerre en une lutte désespérée qui dura encore deux ans.
En juillet 1900, les conservateurs historiques, cherchant une solution politique à la guerre, soutinrent Marroquín dans un coup d’État contre Sanclemente. Contrairement à ce que ses partisans avaient prévu, Marroquín adopte une ligne dure contre les rebelles et refuse de négocier un règlement. En novembre 1902, l’armée libérale vaincue a négocié un accord de paix avec le gouvernement. La guerre a fait plus de 100 000 morts et a laissé le pays dévasté.
La guerre des mille jours a laissé le pays trop faible pour empêcher la sécession du Panama de la république en 1903. Les événements qui ont conduit à la sécession du Panama étaient autant internationaux que nationaux. Au début du siècle, les États-Unis ont reconnu la nécessité stratégique d’avoir accès à une route navale reliant la mer des Caraïbes et l’océan Pacifique, comme un canal dans l’isthme. Le traité Hay-Herrán de janvier 1903, qui devait servir de base à la réalisation du projet de canal des États-Unis, a été rejeté par le Congrès colombien. Parce que le tracé panaméen proposé était préféré à l’alternative nicaraguayenne, les États-Unis encouragèrent le mouvement séparatiste panaméen, aidèrent militairement le Panama dans son mouvement pour l’indépendance et reconnurent immédiatement la République indépendante du Panama.
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