Az alfa szén az összes aminosav központi pontja. Az itt látható szegmens két másikhoz peptidkötésekkel kapcsolódik. (Pálca + poláris H nézet, EnzDes színezés.)
Az alfa-szén minden aminosav gerincének központi pontja.
Az alfa-szén (α-szén vagy Cα) az, ami összeköti az aminocsoportot a sav karboxilcsoportjával, ez adja az aminosavak nevét.
Az alfa-szén a fehérjeépítésben használt 20 aminosavból 19-nek az oldalláncai számára is a kapcsolódási pontként szolgál.
A glicin az egyetlen olyan aminosav, amelynek nincs oldallánca. A glicinben egy hidrogénatom foglalja el azt a helyet, ahol a többi aminosavban egy oldallánc kapcsolódik az alfa-szénhez.
Az alfa-szénhez szintén egy hidrogén kapcsolódik az oldallánccal szemben. (Vagy a glicin esetében az oldalláncot helyettesítő hidrogénnel szemben van egy hidrogénje.)
Az alfa-szén mindig a 2. atom.
A szegmensek közötti különbségeket gyakran az alfa-szénatomok közötti távolságként adják meg.
A Folditban a gerincoszlophoz vagy a gerincoszlopból húzott sáv valójában az alfa-szénhez csatlakozik. A sávozási függvények, például a band.AddBetweenSegments az alfa-szénatomot (2. atom) használják alapértelmezett atomként, hacsak nem adunk meg más atomot.
A Foldit vágási pont ideiglenesen megszakítja a peptidkötést két szegmens között. Egy “vágási sáv” összeköti a két szegmens alfa-szénatomjait, amíg a vágási pontot be nem zárjuk.
A fehérje gerincét lásd a fehérje gerincének itt bemutatott összetevőiről.