A szállodát 1876-ban alapította Eduard Sacher (1843-1892) vendéglős és k.u.k. udvari szállító a lebontott Theater am Kärntnertor helyén maison meublée-ként. Apja, Franz Sacher cukrász (1816-1907) Sachertortájáról vált híressé, amelyet állítólag Klemens von Metternich osztrák államkancellár 1832-es fogadására készített. Eduard Sacher a Demel cukrászdában tanult, majd 1873-ban megnyitotta első éttermét a Kärntner Straße-n.
1880-ban feleségül vette Anna Sacher, született Fuchs (1859-1930) asszonyt, aki a férfi halála után ügyvezető igazgató lett. Hamar hírnevet szerzett mind kereskedelmi képességeiről, mind különcségéről, mivel soha nem mutatkozott francia bulldogja és szivarja nélkül. Vezetése alatt a Hotel Sacher a világ egyik legjobb szállodájává vált, ahol az arisztokrácia és a diplomaták találkoztak. Az első világháború után azonban Anna Sacher fenntartotta a szálloda felsőosztálybeli hírnevét, és megtagadta a nem arisztokrata származású vendégek kiszolgálását, miközben nagyvonalú hitelt nyújtott az elszegényedett arisztokratáknak. Vezetése pénzügyi problémákba sodorta az üzletet, végül az 1930-as években csődbe ment, és tulajdonosváltás következett be.
1934-ben a szállodai üzletet a Gürtler család vette át “Eduard Sacher GmbH & Co OHG” cégnév alatt, és az épületet alaposan felújították. A második világháború befejezése után a szövetségesek által megszállt Ausztriát, Németországhoz hasonlóan, a győztes hatalmak négy zónára osztották. Bécset, Berlinhez hasonlóan, szintén négy zónára osztották. A megszállás alatt a britek az alig sérült Hotel Sachert használták főhadiszállásként, és a szálloda szerepel Carol Reed A harmadik ember című filmjében is, mivel a forgatókönyvíró Graham Greene törzsvendég volt a szálloda bárjában, miközben Bécsben kutatott. 1947. augusztus 4-én két bőröndbomba robbant a szálloda pincéjében. A robbantást az Irgun terrorista csoport vállalta magára.
A Gürtler család tulajdonában van 1989 óta az egykori salzburgi Österreichischer Hof szálloda is, amely Hotel Sacher Salzburg néven nyílt meg újra. A bécsi Hotel Sacher 2005/06-ban egy újabb emeletet épített a tetőn egy tágas wellnessrészleggel, ami nagy port kavart a műemlékvédők körében. A Sachertortát még mindig a szálloda éttermében szolgálják fel, miután a Demel cukrászdával folytatott több évtizedes pereskedés véget ért.