アーミッシュは異なるデミー、つまり遺伝的に閉鎖された共同体の集合体である。 ほとんどすべてのアーミッシュは、18世紀の約500人の創設者の子孫であるため、近親交配によって生じる遺伝的疾患が、より孤立した地区に存在する（創設者効果の一例である）。 小人症（エリス・ヴァン・クレヴェルト症候群）、アンジェルマン症候群、各種代謝異常、血液型の異常分布などがそれである。 これらの中には、かなり珍しい、あるいは特異な障害もあり、アーミッシュの子供の死亡率を高めるほど深刻なものである。 アーミッシュの大多数は、これらを「Gottes Wille」（神の意志）として受け入れており、結婚前の予防的遺伝子検査や、遺伝子疾患を発見するための胎児への遺伝子検査は拒否している。 しかし、アーミッシュは遺伝性疾患の研究には積極的に参加する。 7229>
アーミッシュはいくつかの遺伝性疾患のリスクが高いが、オハイオ州立大学総合がんセンター・アーサー G. ジェームズがん病院・リチャード J. ソロベ研究所（OSUCCC-James）の研究者は、彼らの清潔な生活の傾向が健康につながることを発見している。 アーミッシュの全体的ながん罹患率は、オハイオ州の年齢調整率の60％、全米の56％である。 アーミッシュの成人におけるタバコ関連のガンは37パーセント、タバコ以外のガンはオハイオ州の成人の72パーセントです。 アーミッシュは、タバコやアルコールをほとんど使用せず、性的パートナーも限られているというライフスタイルと、がんに対する感受性を低下させる可能性のある遺伝子によって、多くの種類のがんから保護されています。 この研究は、OSUCCC-Jamesの人類遺伝学部長であるJudith Westman博士が実施した。 この研究結果は、雑誌「Cancer Causes & Control」の最新号に報告された。 多くのアーミッシュが太陽光や紫外線にさらされる屋外で働くことを生業としているにもかかわらず、皮膚がんの発生率さえもアーミッシュの方が低いのです。 彼らは通常、つばの広い帽子をかぶり、肌を保護する長袖を着るなど、太陽の下で働くためのカバーや服装をしている。 ある共同体に共通する血統は、別の共同体にはないことが多く、無関係な共同体の配偶者を選ぶことによって、遺伝的障害を避けることができるのである。 例えば、ランカスター郡アーミッシュの創設者一族は、オンタリオ州パース郡のアーミッシュコミュニティの創設者とは無関係である。
Old Order Amishは通常、民間の健康保険に加入していない。 ペンシルベニア州ランカスター郡のアーミッシュの約3分の2は、破局的医療費を援助するための非公式な自己保険プランであるチャーチ・エイドに加入しています。 1990年代半ばから、アメリカのいくつかの病院が、アーミッシュを支援するための特別なアウトリーチ・プログラムを立ち上げた。 ペンシルベニア州中央部にあるサスケハナ・ヘルス・システムでは、ジェームズ・ヒューバート氏がこのプログラムを最初に制定した。 このプログラムは、米国内のメディアの注目を集め、周辺のいくつかの病院にも広がりました。 ペンシルベニア州ストラスバーグのクリニック・フォー・スペシャルチルドレンは、遺伝的な問題の治療を使命としており、以前は致命的だったメープルシロップ尿症などの問題に対して有効な治療法を開発してきた。 オハイオ州ミドルフィールドにあるDDCクリニック・フォー・スペシャル・ニーズ・チルドレンは、2002年5月から、遺伝性疾患や代謝性疾患を持つ特別なニーズを持つ子どもたちの治療を行っています。 インディアナ州のアーミッシュの喘息の有病率は5.2%と低く、サウスダコタ州のハッター派の学童の21.3%に比べ、同様にアレルギー感作の有病率は7.2%と33.3%となりました。 両グループのライフスタイルは、農業のやり方を除いて似ており、ハッター派は工業化された農法を用いているのに対し、アーミッシュはそうではない。 2016年の研究では、子どもたちの自然免疫細胞と、家のほこりのアレルギー誘発性に重要な違いが見つかり、アーミッシュの環境は自然免疫反応を形成することで喘息から守ってきたという結論に至った
禁じられていたり不道徳と考えられているわけではないが、ほとんどのアーミッシュはいかなる形の避妊も実践していない。 また、「人工授精、遺伝学、優生学、幹細胞研究」は「アーミッシュの価値観や信念と矛盾する」と考えています。
People’s Helpersは、アーミッシュが組織する精神医療従事者のネットワークで、精神疾患を抱える家族を助け、専門のカウンセラーを推薦しています。 ランカスター郡のアーミッシュの自殺率は、1980年には10万人あたり5.5人で、一般人口の約半分であった。
また、アーミッシュの自殺率は、1980年には10万人あたり5.5人で、一般人口の約半分であった。