治療の主な焦点は、現在の生活への継続的な悪影響を軽減する方法で、患者がトラウマとなる出来事を理解し再認識するのを助けることである。 そのためには，トラウマの回避を減らすことが重要であり，そのためには，トラウマによって生じたメタ感情や信念を検討し評価することが必要である。
第1段階は，PTSD，思考，感情に関する教育からなる。 セラピストは、クライアントの問題に対する共通の理解を確立し、PTSDの発症と維持に関する認知理論を概説することによって、クライアントとのラポールを築き、協力を得ようとするものである。 セラピストは、なぜその出来事が起こったのか、そして、その出来事が自分自身や他人、世界についての信念に与えた影響についてのクライアントの理解の現在のベースラインを確立するために、インパクトステートメントを書くようにクライアントに要求します。 この段階では、自動的な思考を特定し、人の思考と感情の関係についての認識を深めることに焦点を当てます。 特に、トラウマ体験からの回復を妨げる不適応な信念（「立ち往生点」）を識別するようにクライアントに教えることに重点が置かれる。
次の段階では、トラウマの正式な処理を行う。 セラピストは、クライアントに最悪のトラウマ体験の詳細な説明を書くように求め、クライアントはそれをセッションでセラピストに読み聞かせる。 これは、回避のパターンを断ち切り、感情的な処理を可能にすることを意図しており、最終的な目標は、クライアントが認知の歪みを明らかにし、修正することである。 これは、臨床家の解釈を疑うことなく受け入れるのではなく、クライエント自身がトラウマに関する新しい認知に到達することが回復には重要であるという考えに基づいています。 また、CPTは、CPT-C（CPT-Cognitive）として知られているように、文章を使わずに実施することもできます。 この代替法は、セラピストとクライエントの間のソクラテス式対話にほぼ完全に依存している。
治療の最終段階は、クライエントが前の段階で学んだスキルを強化し、そのスキルを使って、自分のトラウマ的出来事に関する信念をさらに特定、評価、修正できるようにすることを目的としていることに焦点を当てる。 その意図は、クライエントが治療後の生活で適応的な対処戦略を用いる自信と能力を持って治療を終えることができるようにすることです。 この段階では、トラウマ的な体験が最も頻繁にダメージを与える5つの概念的領域、すなわち、安全、信頼、権力／支配、自尊心、親密性に焦点を当てます。 クライエントは、トラウマ体験がどのように過度の一般化された信念をもたらしたか、また、その信念が現在の機能や生活の質にどのような影響を及ぼしているかを認識する練習をする
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