Spionage in Japan gaat terug tot prins Shōtoku (572-622). Volgens Shōninki was het eerste openlijke gebruik van ninjutsu tijdens een militaire campagne in de Genpei Oorlog, toen Minamoto no Kuro Yoshitsune krijgers koos om als shinobi te dienen tijdens een veldslag. Dit manuscript zegt verder dat tijdens het Kenmu tijdperk, Kusunoki Masashige vaak ninjutsu gebruikte. Volgens voetnoten in dit manuscript duurde de Genpei Oorlog van 1180 tot 1185, en vond de Kenmu Restauratie plaats tussen 1333 en 1336. Ninjutsu werd ontwikkeld door de samurai van de Nanboku-cho periode, en verder verfijnd door groepen samurai voornamelijk uit Kōka en de Iga Provincie van Japan in latere perioden.
Doorheen de geschiedenis waren de shinobi moordenaars, verkenners en spionnen die meestal werden ingehuurd door territoriale heren, bekend als daimyō. Ondanks het feit dat zij heimelijk konden moorden, speelden zij in de eerste plaats een rol als spion en verkenner. Shinobi staan vooral bekend om hun gebruik van heimelijkheid en misleiding. Ze gebruikten dit om zo mogelijk een directe confrontatie te vermijden, waardoor ze konden ontsnappen aan grote groepen tegenstand.
Veel verschillende scholen (ryū) hebben hun unieke versies van ninjutsu onderwezen. Een voorbeeld hiervan is de Togakure-ryū, die beweert te zijn ontwikkeld nadat een verslagen samurai-krijger genaamd Daisuke Togakure ontsnapte naar de regio van Iga. Later kwam hij in contact met de krijger-monnik Kain Doshi, die hem een nieuwe manier leerde om tegen het leven aan te kijken en de middelen om te overleven (ninjutsu).:18-21
Ninjutsu werd ontwikkeld als een verzameling fundamentele overlevingstechnieken in de oorlogvoerende staat van het feodale Japan. De ninja’s gebruikten hun kunst om hun overleving te verzekeren in een tijd van gewelddadige politieke onrust. Ninjutsu omvatte methoden voor het verzamelen van informatie en technieken voor niet-ontdekking, ontwijking en misleiding. Ninjutsu omvatte training in freerunning, vermomming, ontsnapping, camouflage, boogschieten en geneeskunde. Vaardigheden met betrekking tot spionage en moord waren zeer nuttig voor strijdende partijen in het feodale Japan. Op een gegeven moment werden de spionage-vaardigheden gezamenlijk bekend als ninjutsu, en de mensen die zich in deze taken specialiseerden werden shinobi no mono genoemd.