Spionajul în Japonia datează încă de pe vremea prințului Shōtoku (572-622). Potrivit lui Shōninki, prima utilizare deschisă a ninjutsu în timpul unei campanii militare a avut loc în Războiul Genpei, când Minamoto no Kuro Yoshitsune a ales războinici care să servească drept shinobi în timpul unei bătălii. Acest manuscris continuă spunând că, în timpul erei Kenmu, Kusunoki Masashige a folosit frecvent ninjutsu. Conform notelor de subsol din acest manuscris, Războiul Genpei a durat între 1180 și 1185, iar Restaurarea Kenmu a avut loc între 1333 și 1336. Ninjutsu a fost dezvoltat de samuraii din perioada Nanboku-cho și perfecționat în continuare de grupuri de samurai, în special din Kōka și din provincia Iga din Japonia, în perioadele ulterioare.
De-a lungul istoriei, shinobi au fost asasini, cercetași și spioni care au fost angajați mai ales de către lorzii teritoriali cunoscuți sub numele de daimyō. În ciuda faptului că erau capabili să asasineze pe furiș, rolul principal era acela de spioni și iscoade. Shinobi se remarcă în principal prin folosirea furtișagului, și a înșelăciunii. Ei foloseau acest lucru pentru a evita confruntarea directă dacă era posibil, ceea ce le permitea să scape de grupuri mari de opoziție.
Multe școli diferite (ryū) au predat versiunile lor unice de ninjutsu. Un exemplu este Togakure-ryū, care pretinde că a fost dezvoltată după ce un războinic samurai învins, numit Daisuke Togakure, a fugit în regiunea Iga. Ulterior, el a intrat în contact cu călugărul războinic Kain Doshi, care l-a învățat un nou mod de a vedea viața și mijloacele de supraviețuire (ninjutsu):18-21
Ninjutsu a fost dezvoltat ca o colecție de tehnici fundamentale de supraviețuire în statul războinic al Japoniei feudale. Ninja își foloseau arta pentru a-și asigura supraviețuirea într-o perioadă de tulburări politice violente. Ninjutsu includea metode de colectare a informațiilor și tehnici de nedetectare, evitare și direcționare greșită. Ninjutsu presupunea antrenamente de alergare liberă, deghizare, evadare, ascundere, tir cu arcul și medicină. Abilitățile legate de spionaj și asasinat erau extrem de utile pentru facțiunile beligerante din Japonia feudală. La un moment dat, abilitățile de spionaj au devenit cunoscute în mod colectiv sub numele de ninjutsu, iar oamenii care s-au specializat în aceste sarcini au fost numiți shinobi no mono.
.