Papežské reformy.
Po smrti Pia IV. neměli stoupenci přísných náboženských pravidel v čele s kardinálem (později sv.) Karlem Borromeem, synovcem Pia IV., problém učinit jej papežem (7. ledna 1566). Pius, který si zachoval svůj asketický způsob života, se okamžitě pustil do reformního díla. Rychle byly vydány dekrety a nařízení; papežský dvůr se stal vzorem střízlivosti; prostitutky byly vyhnány z města nebo uzavřeny v určité čtvrti; byly stanoveny tresty za znesvěcování neděle, rouhání a vábení zvířat; klerikové s beneficiemi museli trávit určitou dobu ve svých správních obvodech; členové klášterů byli nuceni žít v přísném ústraní podle svých slibů; byla nařízena výuka katechismu, krátké příručky, která nastiňovala zásady katolicismu. V roce 1566 vyšel nový katechismus, po němž následoval vylepšený breviář (denní modlitby pro duchovní a jeptišky) a vylepšený misál (kniha obsahující modlitby a odpovědi ke slavení mše). Bylo omezeno používání odpustků – tj. odpuštění časných trestů za hřích – a dispenzí od slibů a reformován celý systém pokání.
Pius byl zapřísáhlým nepřítelem nepotismu. Je sice pravda, že jednoho synovce jmenoval kardinálem, ale ten nesměl mít žádný vliv a zbytek rodiny si držel od těla. Konstitucí Admonet Nos (29. března 1567) zakázal reinvestici lén – pozemkových majetků držených ve feudální držbě, které měly připadnout Svatému stolci – a zavázal kardinály přísahou, že ji budou dodržovat. V březnu 1569 Pius nařídil vypovězení Židů z církevních států, i když z obchodních důvodů jim bylo dovoleno zůstat za ponižujících podmínek v Římě a Anconě. V únoru 1571 byl zrušen Humiliati, zkorumpovaný mnišský řád v Miláně, kvůli pokusu o atentát na arcibiskupa, kardinála Borromea.
Pravidla, jimiž se řídila inkvizice, byla zostřena; stará obvinění, která byla dlouho pozastavena, byla obnovena; hodnost neposkytovala ochranu, ale spíše vystavovala jejího držitele zuřivějším útokům. Nikdo nebyl stíhán neúprosněji než intelektuálové, mezi nimiž našlo přijetí mnoho protestantských učení. Knížata a státy zrušily svou ochranu kacířů a ucházely se o přízeň Svatého stolce vydáváním význačných provinilců. Filip II. španělský se v roce 1566 vzdal Bartoloměje de Carranza, španělského teologa a bývalého zpovědníka anglické královny Marie, a Cosimo de Medici se v roce 1567 vzdal Pietra Carnesecchiho, florentského kacíře, který byl podezřelý ještě za papežství Pavla IV. a o dva roky později za odměnu získal titul toskánského velkovévody. V březnu 1571 byla zřízena zvláštní kongregace Index, seznam knih odsouzených jako nebezpečné pro víru a mravy, odlišná od inkvizice, a stovky tiskařů uprchly do Švýcarska a Německa. Pius litoval, že byl někdy příliš shovívavý. Povzbuzoval španělského krále Filipa II. k použití nejkrutější tyranie, aby udržel své nizozemské poddané v katolické víře, a posílal vojáky do Francie, aby pomohli Kateřině Medicejské potlačit hugenoty; protestoval proti toleranci, kterou projevoval císař Svaté říše římské Rudolf II.
.