Pauselijke hervormingen.
Na de dood van Pius IV hadden de aanhangers van strenge religieuze regels, geleid door kardinaal (later St.) Karel Borromeo, de neef van Pius IV, er geen moeite mee hem paus te maken (7 jan. 1566). Met behoud van zijn ascetische levenswijze begon Pius onmiddellijk met het hervormingswerk. Decreten en verordeningen werden snel uitgevaardigd; het pauselijk hof werd een toonbeeld van soberheid; prostituees werden uit de stad verjaagd of in een bepaalde wijk opgesloten; straffen werden vastgesteld voor zondagsontheiliging, godslastering en dierengejaag; geestelijken met een ambt werden verplicht bepaalde perioden in hun bestuursdistricten door te brengen; kloosterlingen werden verplicht in strikte afzondering te leven volgens hun geloften; er werd opdracht gegeven tot onderricht in de catechismus, het korte handboek dat de beginselen van het katholicisme uiteenzette. Een nieuwe catechismus verscheen in 1566, gevolgd door een verbeterd brevier (de dagelijkse gebeden voor geestelijken en nonnen) en een verbeterd missaal (een boek met de gebeden en antwoorden voor het vieren van de mis). Het gebruik van aflaten – d.w.z. de kwijtschelding van tijdelijke straffen wegens zonden – en dispensaties van geloften werd beperkt, en het hele systeem van boetedoening werd hervormd.
Pius was een uitgesproken vijand van nepotisme. Weliswaar benoemde hij een neef tot kardinaal, maar deze mocht geen invloed uitoefenen, en de rest van de familie werd op een afstand gehouden. Met de grondwet Admonet Nos (29 maart 1567) verbood hij de herinvestering van leengoederen – landerijen onder feodale pacht die moesten terugkeren naar de Heilige Stoel – en verplichtte de kardinalen bij eed zich daaraan te houden. In maart 1569 beval Pius de uitwijzing van de Joden uit de kerkelijke staten, hoewel zij om commerciële redenen onder vernederende omstandigheden in Rome en Ancona mochten blijven. In februari 1571 werden de Humiliati, een corrupte kloosterorde van Milaan, onderdrukt wegens een aanslag op het leven van de aartsbisschop, kardinaal Borromeo.
De regels voor de inquisitie werden aangescherpt; oude aanklachten, die al lang waren opgeschort, werden nieuw leven ingeblazen; rang bood geen bescherming, maar stelde zijn bezitter eerder bloot aan fellere aanvallen. Niemand werd meedogenlozer vervolgd dan de intellectuelen, onder wie veel van de protestantse leerstellingen ingang hadden gevonden. Vorsten en staten trokken hun bescherming tegen ketters in en probeerden de gunst van de Heilige Stoel te winnen door vooraanstaande overtreders over te leveren. Filips II van Spanje leverde in 1566 Bartolomé de Carranza uit, de Spaanse theoloog en vroegere biechtvader van koningin Mary van Engeland, en Cosimo de Medici gaf in 1567 Pietro Carnesecchi op, de Florentijnse ketter die al tijdens het pausdom van Paulus IV verdacht werd (en die twee jaar later als beloning de titel van groothertog van Toscane kreeg). In maart 1571 werd de speciale Congregatie van de Index, een lijst van boeken die veroordeeld waren als gevaren voor het geloof en de zeden, onafhankelijk van de Inquisitie ingesteld, en honderden drukkers vluchtten naar Zwitserland en Duitsland. Pius betreurde het dat hij soms te toegeeflijk was geweest. Hij moedigde Filips II van Spanje aan de meest meedogenloze tirannie te gebruiken om zijn Nederlandse onderdanen in het katholieke geloof te houden en stuurde troepen naar Frankrijk om Catharina de Médicis te helpen de hugenoten te onderdrukken; hij protesteerde tegen de tolerantie van de Heilige Roomse keizer Rudolf II.