Réformes pontificales.
Après la mort de Pie IV, les adeptes de règles religieuses strictes, menés par le cardinal (futur saint) Charles Borromée, neveu de Pie IV, n’eurent aucune difficulté à le faire pape (7 janvier 1566). Conservant son mode de vie ascétique, Pie commença immédiatement le travail de réforme. Des décrets et des ordonnances furent rapidement publiés ; la cour papale devint un modèle de sobriété ; les prostituées furent chassées de la ville ou confinées dans un certain quartier ; des peines furent fixées pour la profanation du dimanche, le blasphème et l’appât des animaux ; les clercs titulaires de bénéfices furent tenus de passer des périodes déterminées dans leurs districts administratifs ; les membres des couvents furent contraints de vivre dans une stricte réclusion conformément à leurs vœux ; l’enseignement du catéchisme, le court manuel exposant les principes du catholicisme, fut ordonné. Un nouveau catéchisme est publié en 1566, suivi d’un bréviaire amélioré (les prières quotidiennes pour le clergé et les religieuses) et d’un missel amélioré (un livre contenant les prières et les réponses pour célébrer la messe). Le recours aux indulgences – c’est-à-dire la remise de la peine temporelle due au péché – et aux dispenses de vœux fut restreint, et tout le système de pénitence fut réformé.
Pie était un ennemi déclaré du népotisme. Bien qu’il soit vrai qu’il ait fait un neveu cardinal, il ne lui fut permis d’avoir aucune influence, et le reste de la famille fut tenu à l’écart. Par la constitution Admonet Nos (29 mars 1567), il interdit la réinvestissement des fiefs – ces propriétés foncières détenues en vertu de la tenure féodale qui étaient destinées à revenir au Saint-Siège – et obligea les cardinaux à l’observer par serment. En mars 1569, Pie ordonne l’expulsion des Juifs des États de l’Église, bien que, pour des raisons commerciales, ils soient autorisés à rester à Rome et à Ancône dans des conditions humiliantes. En février 1571, les Humiliati, un ordre monastique corrompu de Milan, sont supprimés en raison d’une tentative d’attentat contre la vie de l’archevêque, le cardinal Borromeo.
Les règles régissant l’Inquisition furent affûtées ; d’anciennes accusations, longtemps suspendues, furent ravivées ; le rang n’offrait aucune protection mais exposait plutôt son possesseur à des attaques plus féroces. Nul n’était poursuivi avec plus d’acharnement que les intellectuels, parmi lesquels de nombreuses doctrines protestantes avaient été acceptées. Les princes et les États retirent leur protection aux hérétiques et courtisent la faveur du Saint-Siège en livrant les délinquants distingués. Philippe II d’Espagne rendit en 1566 Bartolomé de Carranza, le théologien espagnol et ancien confesseur de la reine Marie d’Angleterre, et Cosimo de Medici rendit en 1567 Pietro Carnesecchi, l’hérétique florentin qui avait été suspecté même pendant la papauté de Paul IV (il reçut deux ans plus tard en récompense le titre de grand duc de Toscane). En mars 1571, la Congrégation spéciale de l’Index, une liste de livres condamnés en tant que dangers pour la foi et les mœurs, fut établie séparément de l’Inquisition, et des centaines d’imprimeurs s’enfuirent en Suisse et en Allemagne. Le regret de Pie est d’avoir parfois été trop indulgent. Il encouragea Philippe II d’Espagne à user de la tyrannie la plus impitoyable pour préserver ses sujets hollandais dans la foi catholique et envoya des troupes en France pour aider Catherine de Médicis à réprimer les huguenots ; il protesta contre la tolérance dont faisait preuve l’empereur du Saint-Empire romain germanique Rodolphe II.