Reformas papales.
Tras la muerte de Pío IV, los partidarios de las reglas religiosas estrictas, encabezados por el cardenal (más tarde San) Carlos Borromeo, sobrino de Pío IV, no tuvieron dificultad en hacerle papa (7 de enero de 1566). Conservando su modo de vida ascético, Pío comenzó inmediatamente la labor de reforma. Se promulgaron rápidamente decretos y ordenanzas; la corte papal se convirtió en un modelo de sobriedad; se expulsó a las prostitutas de la ciudad o se las confinó en un barrio determinado; se fijaron penas para la profanación del domingo, la blasfemia y el cebo de animales; se exigió a los clérigos titulares de beneficios que pasaran periodos definidos en sus distritos administrativos; se obligó a los miembros de los conventos a vivir en estricta reclusión de acuerdo con sus votos; se ordenó la instrucción en el catecismo, el breve manual que resume los principios del catolicismo. En 1566 apareció un nuevo catecismo, seguido de un breviario mejorado (las oraciones diarias para el clero y las monjas) y un misal mejorado (un libro que contiene las oraciones y respuestas para celebrar la misa). Se restringió el uso de las indulgencias -es decir, la remisión de la pena temporal debida por el pecado- y las dispensas de los votos, y se reformó todo el sistema de penitencia.
Pío era un enemigo declarado del nepotismo. Aunque es cierto que nombró cardenal a un sobrino, no se le permitió tener ninguna influencia, y el resto de la familia se mantuvo a distancia. Mediante la constitución Admonet Nos (29 de marzo de 1567), prohibió la reinversión de los feudos -aquellas propiedades terratenientes en régimen de tenencia feudal que debían revertir a la Santa Sede- y obligó a los cardenales por juramento a cumplirla. En marzo de 1569, Pío ordenó la expulsión de los judíos de los Estados de la Iglesia, aunque por razones comerciales se les permitió permanecer en condiciones humillantes en Roma y Ancona. En febrero de 1571 los Humiliati, una orden monástica corrupta de Milán, fue suprimida a causa de un atentado contra la vida del arzobispo, el cardenal Borromeo.
Las normas que regían la Inquisición se agudizaron; los antiguos cargos, suspendidos durante mucho tiempo, se reactivaron; el rango no ofrecía protección, sino que exponía a su poseedor a un ataque más feroz. Nadie fue perseguido más implacablemente que los intelectuales, entre los que muchas de las doctrinas protestantes habían encontrado aceptación. Los príncipes y los estados retiraron su protección a los herejes y cortejaron el favor de la Santa Sede entregando a los infractores distinguidos. Felipe II de España entregó en 1566 a Bartolomé de Carranza, el teólogo español y antiguo confesor de la reina María de Inglaterra, y Cosme de Médicis entregó en 1567 a Pietro Carnesecchi, el hereje florentino del que se había sospechado incluso durante el papado de Pablo IV (recibiendo dos años después como recompensa el título de gran duque de Toscana). En marzo de 1571 se estableció la Congregación especial del Índice, una lista de libros condenados como peligros para la fe y la moral, distinta de la Inquisición, y cientos de impresores huyeron a Suiza y Alemania. Pío lamentó haber sido a veces demasiado indulgente. Animó a Felipe II de España a utilizar la tiranía más despiadada para preservar a sus súbditos holandeses en la fe católica y envió tropas a Francia para ayudar a Catalina de Médicis a reprimir a los hugonotes; protestó contra la tolerancia mostrada por el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico Rodolfo II.