Pápai reformok.
IV. Pius halála után a szigorú vallási szabályok hívei, élükön IV. Pius unokaöccsével, Borromeo (később Szent) Károly bíborossal, nem esett nehezükre pápává tenni őt (1566. január 7.). Megőrizve aszketikus életmódját, Pius azonnal megkezdte a reformok munkáját. A rendeletek és rendeletek gyorsan születtek; a pápai udvar a józanság mintaképévé vált; a prostituáltakat elűzték a városból vagy egy bizonyos negyedbe zárták; büntetést szabtak ki a vasárnap megszentségtelenítésére, a trágárságra és az állatkínzásra; a jótékonykodó klerikusoknak meghatározott időt kellett közigazgatási körzetükben tölteniük; a zárdák tagjait fogadalmuknak megfelelően szigorú magányban kellett élniük; elrendelték a katekizmus, a katolicizmus elveit felvázoló rövid kézikönyv oktatását. 1566-ban új katekizmus jelent meg, amelyet egy továbbfejlesztett breviárium (a papság és az apácák napi imái ) és egy továbbfejlesztett misekönyv (a mise ünnepléséhez szükséges imákat és válaszokat tartalmazó könyv ) követett. Korlátozták az engedmények – azaz a bűnökért járó világi büntetés elengedése – és a fogadalmak alóli felmentések használatát, és megreformálták a bűnbánat egész rendszerét.
Pius a nepotizmus bevallott ellensége volt. Igaz ugyan, hogy egy unokaöccsét bíborossá tette, de nem engedte, hogy befolyása legyen, és a család többi tagját távol tartotta. Az Admonet Nos konstitúcióval (1567. március 29.) megtiltotta a hűbérbirtokok – azok a feudális jogon birtokolt földbirtokok, amelyeket vissza akartak adni a Szentszéknek – visszaszolgáltatását, és esküvel kötelezte a bíborosokat ennek betartására. 1569 márciusában Pius elrendelte a zsidók kiűzését az egyházi államokból, bár kereskedelmi okokból Rómában és Anconában megalázó körülmények között maradhattak. 1571 februárjában a Humiliati, egy korrupt milánói szerzetesrendet elnyomták a Borromeo bíboros érsek elleni merénylet miatt.
Az inkvizícióra vonatkozó szabályokat megszigorították; régi, régóta felfüggesztett vádakat élesztettek újjá; a rang nem nyújtott védelmet, hanem inkább még hevesebb támadásoknak tette ki birtokosát. Senkit sem üldöztek könyörtelenebbül, mint az értelmiségieket, akik között a protestáns tanok közül sokan találtak elfogadásra. A fejedelmek és az államok visszavonták az eretnekek védelmét, és a Szentszék kegyeiért udvaroltak a kiváló bűnözők átadásával. II. Fülöp spanyol király 1566-ban feladta Bartolomé de Carranza spanyol teológust, Mária angol királynő egykori gyóntatóját, Cosimo de Medici pedig 1567-ben feladta Pietro Carnesecchit, a firenzei eretneket, akit már IV. Pál pápasága idején is gyanúsítottak (jutalmul két évvel később megkapta a toszkánai nagyhercegi címet). 1571 márciusában az inkvizíciótól elkülönülve létrehozták az Index különleges kongregációját, a hitre és erkölcsre veszélyesként elítélt könyvek listáját, és nyomdászok százai menekültek Svájcba és Németországba. Pius sajnálta, hogy néha túlságosan elnéző volt. Bátorította II. spanyol Fülöpöt, hogy a legkíméletlenebb zsarnokságot alkalmazza holland alattvalóinak katolikus hitben tartása érdekében, és csapatokat küldött Franciaországba, hogy segítsenek Catherine de Médicisnek elnyomni a hugenottákat; tiltakozott a II. Rudolf szent római császár által tanúsított tolerancia ellen.