Reformele papale.
După moartea lui Pius al IV-lea, adepții unor reguli religioase stricte, conduși de cardinalul (mai târziu Sfântul) Charles Borromeo, nepotul lui Pius al IV-lea, nu au avut nicio dificultate în a-l face papă (7 ianuarie 1566). Păstrându-și modul ascetic de viață, Pius a început imediat opera de reformă. Au fost emise rapid decrete și ordonanțe; curtea papală a devenit un model de sobrietate; prostituatele au fost alungate din oraș sau închise într-un anumit cartier; au fost stabilite pedepse pentru profanarea duminicii, blasfemie și ispitire de animale; clericilor care dețineau beneficii li s-a cerut să petreacă perioade determinate în districtele lor administrative; membrii mănăstirilor au fost obligați să trăiască într-o izolare strictă, conform voturilor lor; a fost ordonată instruirea în catehism, manualul scurt care prezenta principiile catolicismului. Un nou catehism a apărut în 1566, urmat de un breviar îmbunătățit (rugăciunile zilnice pentru clerici și călugărițe ) și de un missal îmbunătățit (o carte care conține rugăciunile și răspunsurile pentru celebrarea slujbei ). Folosirea indulgențelor – adică remiterea pedepselor temporale datorate pentru păcat – și a dispenselor de vot a fost restricționată, iar întregul sistem de penitență a fost reformat.
Pius a fost un dușman declarat al nepotismului. Deși este adevărat că a făcut cardinal un nepot, acestuia nu i s-a permis să aibă nicio influență, iar restul familiei a fost ținut la distanță. Prin constituția Admonet Nos (29 martie 1567), el a interzis reinvestirea fiefurilor – acele proprietăți funciare deținute în regim feudal care urmau să revină Sfântului Scaun – și i-a obligat pe cardinali prin jurământ să respecte acest lucru. În martie 1569, Pius a ordonat expulzarea evreilor din statele Bisericii, deși, din motive comerciale, acestora li s-a permis să rămână în condiții umilitoare la Roma și Ancona. În februarie 1571, Humiliati, un ordin monastic corupt din Milano, a fost suprimat din cauza unui atentat la viața arhiepiscopului, cardinalul Borromeo.
Normele care guvernează Inchiziția au fost ascuțite; vechile acuzații, suspendate de mult timp, au fost reactivate; rangul nu mai oferea protecție, ci mai degrabă îl expunea pe posesorul său la atacuri mai acerbe. Nimeni nu a fost urmărit mai necruțător decât intelectualii, în rândul cărora multe dintre doctrinele protestante își găsiseră acceptul. Prinții și statele și-au retras protecția față de eretici și au curtat favoarea Sfântului Scaun prin predarea infractorilor distinși. Filip al II-lea al Spaniei l-a predat în 1566 pe Bartolomé de Carranza, teologul spaniol și fost confesor al reginei Maria a Angliei, iar Cosimo de Medici a renunțat în 1567 la Pietro Carnesecchi, ereticul florentin care fusese suspectat chiar și în timpul papalității lui Paul al IV-lea (primind ca recompensă, doi ani mai târziu, titlul de mare duce de Toscana). În martie 1571 a fost înființată Congregația specială a Indexului, o listă de cărți condamnate ca fiind pericole pentru credință și morală, distinctă de Inchiziție, iar sute de tipografi și-au luat zborul spre Elveția și Germania. Regretul lui Pius a fost că uneori a fost prea îngăduitor. L-a încurajat pe Filip al II-lea al Spaniei să folosească cea mai nemiloasă tiranie pentru a-și păstra supușii olandezi în credința catolică și a trimis trupe în Franța pentru a o ajuta pe Ecaterina de Médicis să-i reprime pe hughenoți; a protestat împotriva toleranței de care dădea dovadă împăratul Sfântului Imperiu Roman Rudolf al II-lea.
.