Paavilliset uudistukset.
Pius IV:n kuoleman jälkeen tiukkojen uskonnollisten sääntöjen kannattajilla, joita johti kardinaali (myöhemmin pyhä) Kaarle Borromeo, Pius IV:n veljenpoika, ei ollut vaikeuksia tehdä Piuksesta IV:stä paavia (7. tammikuuta 1566). Säilyttäen askeettisen elämäntapansa Pius aloitti välittömästi uudistustyön. Asetuksia ja määräyksiä annettiin nopeasti; paavin hovista tuli raittiuden malliesimerkki; prostituoidut karkotettiin kaupungista tai eristettiin tiettyyn kaupunginosaan; sunnuntain häpäisemisestä, jumalanpilkasta ja eläinten haukkumisesta määrättiin rangaistukset; hyväntekijöinä toimivien pappien edellytettiin viettävän määrätyn ajan hallinnollisilla alueillaan; luostareiden jäsenten oli elettävä tiukassa eristäytyneisyydessä lupaustensa mukaisesti; katekismuksen opettaminen määrättiin, eli lyhyen käsikirjan antaminen, jossa hahmotellaan katolilaisuuden periaatteet. Uusi katekismus ilmestyi vuonna 1566, ja sitä seurasi parannettu breviiri (papiston ja nunnien päivittäiset rukoukset) ja parannettu messukirja (kirja, joka sisältää rukoukset ja vastaukset messun viettoa varten). Anteeksiantojen – eli synnistä johtuvien ajallisten rangaistusten anteeksiantamisen – ja lupauksista vapauttamisen käyttöä rajoitettiin, ja koko katumusjärjestelmä uudistettiin.
Pius oli vannoutunut nepotismin vihollinen. Vaikka on totta, että hän teki yhdestä veljenpojasta kardinaalin, hänellä ei saanut olla vaikutusvaltaa, ja muu suku pidettiin etäällä. Konstituutiolla Admonet Nos (29. maaliskuuta 1567) hän kielsi läänitysten – feodaalisina omistettujen maaomaisuuksien, jotka oli tarkoitus palauttaa Pyhälle istuimelle – uudelleensijoittamisen ja sitoi kardinaalit valalla noudattamaan sitä. Maaliskuussa 1569 Pius määräsi juutalaiset karkotettaviksi kirkon valtioista, vaikka kaupallisista syistä heidän sallittiin jäädä nöyryyttävissä oloissa Roomaan ja Anconaan. Helmikuussa 1571 Milanon korruptoitunut luostarijärjestö Humiliati tukahdutettiin arkkipiispa, kardinaali Borromeo, murhayrityksen vuoksi.
Inkvisiota koskevia sääntöjä terävöitettiin; vanhoja, jo pitkään keskeytettyjä syytteitä herätettiin henkiin; arvo ei tarjonnut suojaa vaan pikemminkin altisti haltijansa entistä kovemmille hyökkäyksille. Ketään ei jahdattu säälimättömämmin kuin älymystöä, jonka keskuudessa monet protestanttiset opit olivat löytäneet hyväksyntänsä. Ruhtinaat ja valtiot luopuivat harhaoppisten suojelusta ja kosiskelivat Pyhän istuimen suosiota luovuttamalla huomattavia rikoksentekijöitä. Espanjan Filip II luovutti vuonna 1566 Bartolomé de Carranzan, espanjalaisen teologin ja Englannin kuningatar Marian entisen rippi-isän, ja Cosimo de Medici luovutti vuonna 1567 Pietro Carnesecchin, firenzeläisen harhaoppisen, jota oli epäilty jo Paavali IV:n paavin aikana (ja sai kaksi vuotta myöhemmin palkkioksi Toscanan suurherttuan arvonimen). Maaliskuussa 1571 perustettiin inkvisitiosta erillinen Indeksikongregaatio, luettelo uskolle ja moraalille vaarallisiksi tuomituista kirjoista, ja sadat kirjapainajat pakenivat Sveitsiin ja Saksaan. Pius pahoitteli, että hän oli joskus ollut liian lempeä. Hän rohkaisi Espanjan Filip II:ta käyttämään kaikkein häikäilemättömintä tyranniaa säilyttääkseen hollantilaiset alamaisensa katolisessa uskossa ja lähetti joukkoja Ranskaan auttamaan Katariina de Médiciä hugenottien tukahduttamisessa; hän protestoi Pyhän Rooman keisarin Rudolf II:n osoittamaa suvaitsevaisuutta vastaan.