De primaire focus van de behandeling is de cliënt te helpen hun traumatische gebeurtenis te begrijpen en te her-conceptualiseren op een manier die de voortdurende negatieve effecten ervan op hun huidige leven vermindert. Het verminderen van vermijding van het trauma is daarbij cruciaal, omdat het nodig is dat de cliënt zijn door het trauma opgewekte meta-emoties en overtuigingen onderzoekt en evalueert.
De eerste fase bestaat uit educatie met betrekking tot PTSS, gedachten, en emoties. De therapeut probeert een band op te bouwen met de cliënt en diens medewerking te verkrijgen door een gemeenschappelijk begrip van zijn problemen te ontwikkelen en de cognitieve theorie over de ontwikkeling en instandhouding van PTSS uiteen te zetten. De therapeut vraagt de cliënt een impactverklaring te schrijven om een huidige basislijn vast te stellen van het inzicht van de cliënt in waarom de gebeurtenis heeft plaatsgevonden en de impact die het heeft gehad op zijn overtuigingen over zichzelf, anderen en de wereld. Deze fase richt zich op het identificeren van automatische gedachten en het vergroten van het bewustzijn van de relatie tussen iemands gedachten en gevoelens. Een specifieke focus ligt op het leren van de cliënt om maladaptieve overtuigingen (“stuck points”) te identificeren die het herstel van traumatische ervaringen belemmeren.
De volgende fase omvat formele verwerking van het trauma. De therapeut vraagt de cliënt een gedetailleerd verslag te schrijven van zijn ergste traumatische ervaring, dat de cliënt dan in de sessie aan de therapeut voorleest. Dit is bedoeld om het patroon van vermijding te doorbreken en emotionele verwerking mogelijk te maken, met als uiteindelijk doel dat de cliënt zijn cognitieve vervormingen verheldert en aanpast. Clinici gebruiken vaak Socratische vraagstelling om de cliënt zachtjes te ondervragen, gebaseerd op het idee dat de cliënt zelf tot nieuwe cognities over zijn trauma komt, in tegenstelling tot kritiekloze acceptatie van de interpretaties van de clinicus, wat cruciaal is voor herstel. CPT kan ook worden uitgevoerd zonder gebruik te maken van geschreven verslagen (in een variant die bekend staat als CPT-Cognitief, of CPT-C), die sommige clinici even effectief en misschien efficiënter hebben gevonden. Deze alternatieve methode berust vrijwel geheel op de Socratische dialoog tussen de therapeut en de cliënt.
De laatste fase van de behandeling richt zich op het helpen van de cliënt bij het versterken van de vaardigheden die hij in de vorige fase heeft geleerd, met de bedoeling dat hij die vaardigheden kan gebruiken om zijn overtuigingen betreffende zijn traumatische gebeurtenissen verder te identificeren, te evalueren en te wijzigen. De bedoeling is dat de cliënt de behandeling verlaat met het vertrouwen en het vermogen om adaptieve copingstrategieën te gebruiken in hun leven na de behandeling. Deze fase richt zich op vijf conceptuele gebieden waar traumatische ervaringen het vaakst schade aanrichten: veiligheid, vertrouwen, macht/controle, waardering en intimiteit. Cliënten oefenen in het herkennen van hoe hun traumatische ervaringen hebben geleid tot overgegeneraliseerde overtuigingen, evenals de impact van deze overtuigingen op het huidige functioneren en de kwaliteit van leven.