De Amish vormen een verzameling van verschillende demes of genetisch gesloten gemeenschappen. Aangezien bijna alle Amish afstammen van ongeveer 500 18e-eeuwse stichters, komen genetische afwijkingen die het gevolg zijn van inteelt voor in meer geïsoleerde districten (een voorbeeld van het stichtereffect). Deze aandoeningen omvatten dwerggroei (Ellis-van Creveld syndroom), Angelman syndroom, en diverse stofwisselingsstoornissen, alsmede een ongebruikelijke verdeling van bloedgroepen. Sommige van deze aandoeningen zijn vrij zeldzaam, of uniek, en zijn ernstig genoeg om het sterftecijfer onder Amish kinderen te verhogen. De meerderheid van de Amish aanvaardt deze als “Gottes Wille” (Gods wil); zij verwerpen het gebruik van preventieve genetische testen voorafgaand aan het huwelijk en het genetisch testen van ongeboren kinderen om genetische afwijkingen te ontdekken. De Amish zijn echter wel bereid om mee te werken aan onderzoek naar genetische ziekten. Hun uitgebreide familiegeschiedenis is nuttig voor onderzoekers die onderzoek doen naar ziekten als Alzheimer, Parkinson en maculadegeneratie.
Hoewel de Amish een verhoogd risico lopen op sommige genetische aandoeningen, hebben onderzoekers van The Ohio State University Comprehensive Cancer Center-Arthur G. James Cancer Hospital and Richard J. Solove Research Institute (OSUCCC-James) ontdekt dat hun neiging tot schoon leven kan leiden tot een betere gezondheid. Het totale aantal kankergevallen bij de Amish is 60 procent van het voor de leeftijd gecorrigeerde percentage voor Ohio en 56 procent van het landelijke percentage. Het percentage tabaksgerelateerde kankergevallen onder Amish-volwassenen is 37 procent en het percentage niet-tabaksgerelateerde kankergevallen is 72 procent van het percentage voor volwassenen in Ohio. De Amish zijn beschermd tegen vele soorten kanker, zowel door hun levensstijl – zij gebruiken zeer weinig tabak of alcohol en hebben weinig seksuele partners – als door genen die hun vatbaarheid voor kanker kunnen verminderen. Dr. Judith Westman, directeur menselijke genetica aan de OSUCCC-James, leidde het onderzoek. De bevindingen werden gerapporteerd in een recente uitgave van het tijdschrift Cancer Causes & Control. Zelfs het aantal gevallen van huidkanker is lager bij de Amish, ondanks het feit dat veel Amish buiten werken, waar ze worden blootgesteld aan zonlicht en UV-stralen. Zij zijn gewoonlijk bedekt en gekleed om in de zon te werken door het dragen van breedgerande hoeden en lange mouwen die hun huid beschermen.
De Amish zijn zich bewust van de voordelen van exogamie. Een gemeenschappelijke bloedlijn in de ene gemeenschap zal vaak afwezig zijn in een andere, en genetische afwijkingen kunnen worden vermeden door echtgenoten te kiezen uit niet-verwante gemeenschappen. De stichtende families van de Lancaster County Amish zijn bijvoorbeeld niet verwant aan de stichters van de Perth County, Ontario Amish gemeenschap. Vanwege een kleinere genenpoel hebben sommige groepen een verhoogde incidentie van bepaalde erfelijke aandoeningen.
De Old Order Amish hebben doorgaans geen particuliere commerciële ziektekostenverzekering. Ongeveer tweederde van de Amish in Lancaster County in Pennsylvania nemen deel aan Church Aid, een informeel zelfverzekeringsplan om leden te helpen bij catastrofale medische uitgaven. Een handvol Amerikaanse ziekenhuizen heeft vanaf het midden van de jaren negentig speciale hulpprogramma’s opgezet om de Amish te helpen. Het eerste van deze programma’s werd opgezet in het Susquehanna Health System in centraal Pennsylvania door James Huebert. Dit programma heeft nationale media-aandacht gekregen in de Verenigde Staten, en heeft zich verspreid naar verschillende omringende ziekenhuizen. De behandeling van genetische problemen is de missie van de kliniek voor speciale kinderen in Strasburg, Pennsylvania, die doeltreffende behandelingen heeft ontwikkeld voor problemen zoals de ahornsiroop-urineziekte, een ziekte die vroeger fataal was. De kliniek wordt door de meeste Amish omarmd, waardoor ouders de gemeenschap niet meer hoeven te verlaten om de juiste zorg voor hun kinderen te krijgen, een actie die zou kunnen leiden tot mishandeling.
DDC Clinic for Special Needs Children, gevestigd in Middlefield, Ohio, behandelt sinds mei 2002 kinderen met speciale behoeften met erfelijke of metabolische aandoeningen. De DDC-kliniek biedt behandeling, onderzoek en educatieve diensten aan Amish en niet-Amish kinderen en hun gezinnen.
De prevalentie van astma bij de Amish van Indiana was laag met 5,2% in vergelijking met 21,3% bij Hutterite schoolkinderen in Zuid-Dakota; evenzo was de prevalentie van allergische overgevoeligheid 7,2% tegen 33,3%. De levensstijlen van de twee groepen zijn vergelijkbaar met uitzondering van de landbouwpraktijken, waar Hutterieten gebruik maken van geïndustrialiseerde landbouw terwijl Amish dat niet doen. In een studie uit 2016 werden belangrijke verschillen gevonden in de aangeboren immuuncellen van de kinderen en in de allergie-inducerende aard van het stof in hun huizen, wat tot de conclusie leidde dat de Amish-omgeving tegen astma had beschermd door de aangeboren immuunrespons te vormen.
Hoewel het niet verboden is of als immoreel wordt beschouwd, beoefenen de meeste Amish geen enkele vorm van geboortebeperking. Zij zijn tegen abortus en vinden ook “kunstmatige inseminatie, genetica, eugenetica en stamcelonderzoek” “niet in overeenstemming met de waarden en overtuigingen van de Amish”.
People’s Helpers is een door de Amish georganiseerd netwerk van hulpverleners op het gebied van de geestelijke gezondheidszorg die gezinnen helpen die te maken hebben met geestelijke ziekten en die professionele hulpverleners aanbevelen. Het aantal zelfmoorden onder de Amish van Lancaster County bedroeg 5,5 per 100.000 in 1980, ongeveer de helft van dat van de algemene bevolking.