Reformy papieskie.
Po śmierci Piusa IV zwolennicy surowych reguł religijnych, na czele z kardynałem (późniejszym św.) Karolem Borromeuszem, bratankiem Piusa IV, nie mieli trudności z ustanowieniem go papieżem (7 stycznia 1566 r.). Zachowując swój ascetyczny tryb życia, Pius natychmiast przystąpił do dzieła reformy. Szybko wydawano dekrety i rozporządzenia; dwór papieski stał się wzorem trzeźwości; prostytutki wypędzano z miasta lub zamykano w określonej dzielnicy; ustalono kary za bezczeszczenie niedzieli, profanację i wabienie zwierząt; duchowni posiadający beneficja musieli spędzać określony czas w swoich okręgach administracyjnych; członkowie klasztorów byli zmuszani do życia w ścisłym odosobnieniu zgodnie ze swoimi ślubami; zarządzono nauczanie katechizmu, krótkiego podręcznika przedstawiającego zasady katolicyzmu. W 1566 r. ukazał się nowy katechizm, a następnie poprawiony brewiarz (codzienne modlitwy dla duchownych i zakonnic) i poprawiony mszał (książka zawierająca modlitwy i odpowiedzi do odprawiania mszy). Ograniczono korzystanie z odpustów – tj. umarzania kar doczesnych należnych za grzech – i dyspens od ślubów, a cały system pokuty został zreformowany.
Pius był zdecydowanym wrogiem nepotyzmu. Chociaż prawdą jest, że uczynił jednego bratanka kardynałem, nie pozwolono mu mieć żadnych wpływów, a reszta rodziny była trzymana na dystans. Konstytucją Admonet Nos (29 marca 1567 r.) zakazał reinwestycji lenn – tych posiadłości ziemskich będących w rękach feudałów, które miały powrócić do Stolicy Apostolskiej – i zobowiązał kardynałów przysięgą do jej przestrzegania. W marcu 1569 r. Pius nakazał wydalenie Żydów z państw kościelnych, choć ze względów handlowych pozwolono im pozostać w upokarzających warunkach w Rzymie i Ankonie. W lutym 1571 r. Humiliati, skorumpowany zakon z Mediolanu, został zlikwidowany z powodu zamachu na życie arcybiskupa, kardynała Borromeo.
Zasady rządzące Inkwizycją zostały zaostrzone; stare zarzuty, od dawna zawieszone, odżyły; ranga nie dawała ochrony, ale raczej narażała jej posiadacza na ostrzejsze ataki. Nikt nie był ścigany bardziej nieustępliwie niż intelektualiści, wśród których wiele doktryn protestanckich znalazło akceptację. Książęta i państwa wycofywali się z ochrony heretyków i zabiegali o przychylność Stolicy Apostolskiej, wydając zasłużonych przestępców. Filip II Hiszpański w 1566 roku wydał Bartolomé de Carranza, hiszpańskiego teologa i byłego spowiednika królowej Anglii Marii, a Kosma Medyceusz w 1567 roku wydał Pietro Carnesecchi, heretyka florenckiego, który był podejrzewany jeszcze za pontyfikatu Pawła IV (otrzymując dwa lata później w nagrodę tytuł wielkiego księcia Toskanii). W marcu 1571 roku powstała odrębna od inkwizycji specjalna Kongregacja Indeksu, czyli listy książek potępionych jako niebezpieczne dla wiary i moralności, a setki drukarzy uciekło do Szwajcarii i Niemiec. Pius żałował, że czasami był zbyt pobłażliwy. Zachęcał Filipa II Hiszpańskiego do stosowania najbardziej bezwzględnej tyranii, aby utrzymać swoich holenderskich poddanych w wierze katolickiej i wysłał wojska do Francji, aby pomóc Katarzynie de Médicis w represjonowaniu hugenotów; protestował przeciwko tolerancji okazywanej przez Świętego Cesarza Rzymskiego Rudolfa II.
.