Amish representam uma coleção de diferentes demes ou comunidades geneticamente fechadas. Como quase todos os Amish descendem de cerca de 500 fundadores do século XVIII, os distúrbios genéticos que surgem devido à consanguinidade existem em distritos mais isolados (um exemplo do efeito fundador). Estas desordens incluem o nanismo (síndrome de Ellis-van Creveld), síndrome de Angelman, e várias desordens metabólicas, bem como uma distribuição incomum dos tipos de sangue. Algumas destas doenças são bastante raras, ou únicas, e são suficientemente graves para aumentar a taxa de mortalidade entre as crianças Amish. A maioria dos Amish aceita estas doenças como “Gottes Wille” (vontade de Deus); eles rejeitam o uso de testes genéticos preventivos antes do casamento e testes genéticos de crianças por nascer para descobrir doenças genéticas. No entanto, os Amish estão dispostos a participar em estudos de doenças genéticas. Suas extensas histórias familiares são úteis para pesquisadores que investigam doenças como Alzheimer, Parkinson e degeneração macular.
Embora os Amish estejam correndo um risco maior para algumas doenças genéticas, pesquisadores do The Ohio State University Comprehensive Cancer Center-Arthur G. James Cancer Hospital e Richard J. Solove Research Institute (OSUCCC-James) descobriram que sua tendência para uma vida limpa pode levar a uma saúde melhor. As taxas globais de câncer nos Amish são 60% da taxa ajustada à idade para Ohio e 56% da taxa nacional. Os cânceres relacionados ao tabaco em adultos Amish são 37% e os cânceres não relacionados ao tabaco são 72% da taxa para adultos de Ohio. Os Amish são protegidos contra muitos tipos de câncer tanto através de seu estilo de vida – há muito pouco uso de tabaco ou álcool e parceiros sexuais limitados – quanto através de genes que podem reduzir sua suscetibilidade ao câncer. A Dra. Judith Westman, diretora de genética humana da OSUCCC-James, conduziu o estudo. Os resultados foram relatados em um número recente da revista Cancer Causes & Control. Mesmo as taxas de câncer de pele são mais baixas para os Amish, apesar de muitos Amish ganharem a vida trabalhando ao ar livre onde estão expostos à luz solar e aos raios UV. Eles são tipicamente cobertos e vestidos para trabalhar ao sol usando chapéus de aba larga e mangas compridas que protegem a sua pele.
Os Amish estão conscientes das vantagens da exogamia. Uma linha de sangue comum em uma comunidade muitas vezes estará ausente em outra, e distúrbios genéticos podem ser evitados escolhendo cônjuges de comunidades não relacionadas. Por exemplo, as famílias fundadoras dos Amish do Condado de Lancaster não estão relacionadas com os fundadores da comunidade Amish do Condado de Perth, Ontário. Por causa de um pool genético menor, alguns grupos têm maior incidência de certas condições hereditárias.
Os Amish da Antiga Ordem não costumam ter seguro de saúde comercial privado. Cerca de dois terços dos Amish do Condado de Lancaster, na Pensilvânia, participam do Church Aid, um plano informal de auto-seguro para ajudar os membros com despesas médicas catastróficas. Um punhado de hospitais americanos, a partir de meados da década de 1990, criou programas especiais de assistência aos Amish. O primeiro desses programas foi instituído no Sistema de Saúde Susquehanna, na Pensilvânia central, por James Huebert. Este programa ganhou a atenção da mídia nacional nos Estados Unidos, e se espalhou por vários hospitais vizinhos. O tratamento de problemas genéticos é a missão da Clínica para Crianças Especiais em Estrasburgo, Pensilvânia, que desenvolveu tratamentos eficazes para problemas como a doença de urina de xarope de ácer, uma doença anteriormente fatal. A clínica é abraçada pela maioria dos Amish, acabando com a necessidade dos pais deixarem a comunidade para receberem cuidados adequados para os seus filhos, uma ação que pode resultar na evasão.
DDC Clinic for Special Needs Children, localizada em Middlefield, Ohio, tem tratado crianças com necessidades especiais com distúrbios hereditários ou metabólicos desde maio de 2002. A Clínica DDC fornece tratamento, pesquisa e serviços educacionais para crianças Amish e não-Amish e suas famílias.
A prevalência de asma nos Amish de Indiana foi baixa em 5,2% contra 21,3% nos alunos Hutterite do Dakota do Sul; da mesma forma, a prevalência de sensibilização alérgica foi de 7,2% contra 33,3%. Os estilos de vida dos dois grupos são semelhantes, exceto para as práticas agrícolas, onde os Hutteritas usam a agricultura industrializada, enquanto os Amish não usam. Num estudo de 2016, foram encontradas diferenças importantes nas células imunitárias inatas das crianças e na natureza indutora de alergia do pó nas suas casas, levando à conclusão de que o ambiente Amish tinha protegido contra a asma ao moldar a resposta imunitária inata.
Embora não seja proibido ou considerado imoral, a maioria dos Amish não pratica qualquer forma de controlo da natalidade. Eles são contra o aborto e também consideram “a inseminação artificial, genética, eugenia e pesquisa de células-tronco” como sendo “inconsistente com os valores e crenças Amish”.
Amparadores Amish é uma rede de cuidadores de saúde mental organizada pelos Amish que ajudam as famílias que lidam com doenças mentais e recomendam conselheiros profissionais. As taxas de suicídio para os Amish of Lancaster County eram de 5,5 por 100.000 em 1980, cerca da metade da população em geral.