Întemeierea națiunii, 1810-1903
Încă de la primele măsuri de unificare împotriva autorității spaniole, elitele coloniale s-au certat între ele. Atât înainte, cât și după acordarea independenței, elitele au fost în dezacord cu privire la faptul dacă structura națională ar trebui să fie federalistă sau centralistă. Acest dezacord crucial, exacerbat de diferențele regionale extreme din Columbia, a fost primul care a separat elitele politice în grupuri rivale. Opiniile divergente ale acestor grupuri cu privire la relația adecvată dintre biserică și stat au accentuat și mai mult dezacordul. Grupurile separate au urmat lideri care le reprezentau opiniile și s-au identificat cu indivizii la fel de mult ca și cu ideologiile. Până la momentul fondării noii națiuni, aceste două grupuri au devenit clar divizate și au dominat scena politică, excluzându-i pe ceilalți din competiția lor pentru controlul țării. Forța idealurilor lor a purtat națiunea înainte și înapoi între extremele politice – libertate absolută și represiune.
Mișcarea de independență
Liderii din diferitele localități care au format consilii criolene au căutat să unească colonia Noua Granadă. Încă de la începutul încercărilor lor, însă, au apărut conflicte cu privire la forma pe care ar trebui să o ia noul guvern. Consiliile provinciale nu doreau un guvern de tip centralist, autoritarist, preconizat de consiliul din Bogota, preferând un guvern de tip federal, mai în concordanță cu principiile liberale ale Iluminismului și cu exemplul revoluției nord-americane. Aceasta a reprezentat prima scindare ideologică între grupuri de criollos de frunte. Federaliștii s-au raliat în spatele lui Camilo Torres; centraliștii s-au raliat în spatele lui Antonio Nariño. Pentru a evita un război civil între cele două facțiuni, consiliile provinciale au trimis reprezentanți la Bogota în 1811 pentru a redacta o constituție pentru teritoriu. În noiembrie 1811, a fost instalat un congres, iar provinciile au format Provinciile Unite ale Noii Granade. Uniunea federală era formată din provincii autonome unite doar prin interese comune; armata națională era subordonată Bogota.
Începând din 1812, provinciile individuale au început să își declare independența absolută față de Spania. În acel an, Simón Bolívar Palacio, considerat eliberatorul Americii de Sud, a încercat pentru prima dată să obțină independența pentru Noua Granadă. Cu toate acestea, absența unui sprijin unitar din partea diferitelor provincii l-a frustrat. Bolívar a părăsit Noua Granada în 1815 și a plecat în Jamaica. Tensiunea continuă dintre forțele federaliste și centraliste a dus la un conflict care a lăsat Noua Granada slabă și vulnerabilă la încercările Spaniei de a reconquista provinciile.
În momentul plecării lui Bolívar, cauza independenței în Noua Granada era disperată. Ferdinand al VII-lea fusese restaurat pe tronul spaniol, iar forțele lui Napoleon se retrăseseră din Spania. O expediție de pacificare condusă de Pablo Morillo în numele regelui a pornit din actuala Venezuela până la Bogota, iar cei care au depus armele și și-au reafirmat loialitatea față de coroana spaniolă au fost grațiați. Morillo a acordat, de asemenea, libertatea sclavilor care au ajutat la recucerirea coloniilor. Din cauza disensiunilor dintre clasa superioară și mase și a conducerii militare inepte, Cartagena a căzut în mâinile regaliștilor până la sfârșitul anului 1815.
La începutul anului 1816, Morillo a trecut la recucerirea Noii Granade și și-a schimbat tactica de la grațiere la teroare; Bogota a căzut în câteva luni. Morillo i-a reprimat pe antirealiști (inclusiv executând lideri precum Torres) și a instalat Tribunalul de Purificare, responsabil pentru exilați și prizonieri, și Consiliul de Confiscări. Tribunalul Ecleziastic, însărcinat cu relațiile guvernului cu biserica, a impus legea militară preoților care au fost implicați în subversiune. Recucerirea spaniolă a instalat un regim militar care a guvernat prin represiune violentă. Nemulțumirea crescândă a contribuit la o mai mare radicalizare a mișcării de independență, extinzându-se la sectoare ale societății, cum ar fi clasele inferioare și sclavii, care nu susținuseră încercarea anterioară de independență. Astfel a fost pregătit terenul pentru întoarcerea lui Bolívar și pentru triumful final.
La sfârșitul anului 1816, Bolívar s-a întors în Noua Granadă, convins că războiul pentru independență putea fi câștigat doar cu sprijinul maselor. În încercarea anterioară de independență, segmente mari ale populației fuseseră atrase de partea regalistă prin promisiuni precum împărțirea pământului și abolirea sclaviei. Cu toate acestea, când masele au văzut că promisiunile nu au fost îndeplinite, și-au schimbat loialitatea de la Spania la mișcarea pentru independență.
Două întâlniri militare semnificative au dus la succesul mișcării. După ce a obținut o serie de victorii într-o deplasare de pe coasta Venezuelei de astăzi până în estul Columbiei de astăzi prin Río Orinoco, Bolívar i-a încredințat lui Francisco de Paula Santander misiunea de a elibera regiunea Casanare, unde a învins forțele regaliste în aprilie 1819. După înfrângerea decisivă a forțelor regaliste în Bătălia de la Boyacá din august 1819, forțele de independență au intrat fără rezistență în Bogota.
Comercianții și proprietarii de terenuri care au luptat împotriva Spaniei dețineau acum controlul politic, economic și social asupra noii țări care cuprindea actualele Venezuela, Columbia și Panana. Primele reforme economice pe care le-au adoptat și-au consolidat poziția prin liberalizarea comerțului, permițând astfel mărfurilor din Marea Britanie (principalul partener comercial al Noii Granade după Spania) să intre mai liber în zonă. Ca urmare, clasa artizanală și sectorul manufacturier emergent, care anterior deținuseră doar o mică putere economică și politică, și-au pierdut acum statura.
Gran Columbia
Ca urmare a faptului că victoria asupra Spaniei devenea din ce în ce mai evidentă, liderii din actuala Venezuela, Columbia și Panana au convocat un congres în februarie 1819 în Angostura (actualul Ciudad Bolívar, Venezuela) și au convenit să se unească într-o republică care să fie cunoscută sub numele de Gran Colombia. După ce Bolívar a fost ratificat ca președinte în august 1819, l-a lăsat pe Santander, vicepreședintele său, la conducerea Gran Colombia și a călătorit spre sud pentru a elibera Ecuadorul, Peru și Bolivia de astăzi. Când Ecuadorul de astăzi a fost eliberat în 1822, s-a alăturat și el Gran Columbiei. În 1821, Congresul de la Cúcuta a redactat o constituție pentru noua republică. Aranjamentul politic de la Cúcuta era foarte centralizat și prevedea un guvern bazat pe reprezentare populară, cu un Congres bicameral, un președinte și o Curte Supremă formată din cinci magistrați. Constituția a garantat, de asemenea, libertatea copiilor de sclavi; libertatea presei; inviolabilitatea locuințelor, a persoanelor și a corespondenței; codificarea impozitelor; politici protecționiste față de industrie și agricultură; și abolirea sistemului mita de muncă.
Cu toate acestea, rivalitățile politice și geloziile regionale au slăbit progresiv autoritatea noului stat central. Liderii venezueleni, în special, erau resemnați de faptul că erau conduși de Santander, originar din actuala Columbie, în absența președintelui lor și conațional venezuelean, Bolívar. În 1826, generalul José Antonio Páez a condus o revoltă venezueleană împotriva Gran Colombia. Izbucniri și tulburări au avut loc și în alte părți.
La întoarcerea sa din Peru în 1827, Bolívar abia reușea să-și mențină autoritatea personală. În aprilie 1828, o convenție generală a fost convocată la Ocaña pentru a reforma constituția de la Cúcuta, dar convenția s-a destrămat ca urmare a pozițiilor conflictuale adoptate de adepții lui Santander și Bolívar. Cei care îl susțineau pe Santander credeau într-o formă de guvernare liberală, federalistă. Adepții lui Bolívar susțineau un guvern mai autoritar și mai centralizat, iar mulți, în special cei din Bogota, i-au cerut lui Bolívar să își asume autoritatea națională până când acesta va considera că este înțelept să convoace un nou corp legislativ care să înlocuiască Congresul.
În august 1828, Bolívar și-a asumat puteri dictatoriale și a încercat să instaleze o constituție pe care o elaborase pentru Bolivia și Peru. Nepopulară pentru o mare parte din populația Noii Grenade, această constituție prevedea o autoritate centrală sporită și un președinte pe viață care putea, de asemenea, să-și numească propriul succesor. În timpul unei convenții constituționale care a avut loc în ianuarie 1830, Bolívar a demisionat din funcția de președinte, numindu-l pe José Domingo Caicedo ca succesor al său. În același an, forțele de divizare care acționau în cadrul republicii au obținut un triumf major, deoarece porțiunile venezueleană și ecuadoriană ale republicii au făcut secesiune.
Noua Granada
Noua Granada se afla într-o stare deprimată după dizolvarea Gran Colombia. Niciuna dintre cele trei baze economice principale ale țării – agricultura, creșterea animalelor și mineritul – nu era sănătoasă. Comerțul de import era limitat la un grup mic, industria bancară era inadecvată, iar meșteșugarii și micii producători nu puteau furniza decât suficient pentru consumul local. În ciuda dorinței și a nevoii de schimbare, New Granada a păstrat sclavia, impozitul pe vânzări și un monopol de stat asupra producției și comerțului cu tutun și alcool. Problemele cu care se confrunta țara, nemulțumirea grupurilor liberale care considerau constituția ca fiind monarhică și dorința de putere a armatei au culminat cu căderea ordinii constituționale și instaurarea, în 1830, a dictaturii de opt luni a generalului Rafael Urdaneta. Cu toate acestea, după moartea lui Bolívar în decembrie 1830, liderii civili și militari au cerut restaurarea autorității legitime. Urdaneta a fost forțat să cedeze puterea lui Caicedo ca președinte legitim.
În octombrie 1831, Caicedo a convocat o comisie pentru a redacta o nouă constituție pentru Noua Granadă. Finalizată în 1832, noua constituție a restrâns puterea președinției și a extins autonomia subdiviziunilor administrative regionale cunoscute sub numele de departamente (departamentos). Santander a preluat președinția în 1832 și a fost succedat în 1837 de vicepreședintele său, José Ignacio de Márquez. Personalismul și regionalismul au rămas elemente cheie în politica națională într-o țară cu orașe mici, un stat slab și o populație semifeudală care era legată de marii proprietari de pământuri în relații patron-client.
În timpul administrației Márquez, diviziunile politice din țară au atins un punct de ruptură. În 1840, ambițiile politice ale unor guvernatori de departamente, slăbiciunea constituțională a președintelui și suprimarea unor mănăstiri romano-catolice din Pasto s-au combinat pentru a declanșa un război civil care s-a încheiat cu victoria forțelor guvernamentale conduse de generalul Pedro Alcántara Herrán. Acest triumf l-a adus pe Herrán la președinție odată cu următoarele alegeri din 1841. În 1843, administrația sa a instituit o nouă constituție, care stipula o mai mare centralizare a puterii.
În 1845, Tomás Ciprianode Mosquera i-a succedat lui Herrán. Personalismul ca element important în politică s-a diminuat în timpul administrației sale. În timpul guvernului Mosquera a avut loc, de asemenea, ascensiunea economică și politică a comercianților, artizanilor și a micilor proprietari. Mosquera a liberalizat comerțul și a așezat Noua Granada pe calea exportului de bunuri primare.
Elegerea generalului José Hilario López ca președinte în 1849 a marcat un punct de cotitură pentru Columbia atât din punct de vedere economic, cât și politic. Capitalismul a început să înlocuiască vechea structură colonială, iar diferențele ideologice dintre partidele politice stabilite au eclipsat accentul pus anterior pe personalism. În 1850, administrația López a instituit un așa-numit program de reformă agrară și a abolit sclavia. Pentru a le permite proprietarilor de terenuri să aibă acces la mai multe terenuri, programul de reformă agrară a ridicat restricțiile privind vânzarea terenurilor de resguardo; ca urmare, indienii au fost strămutați din mediul rural și s-au mutat în orașe, unde ofereau forță de muncă în exces. În 1851, guvernul a pus capăt monopolului de stat asupra cultivării și comerțului cu tutun și a declarat oficial separarea bisericii de stat. În plus, López a luat sistemul educațional din mâinile bisericii și a supus preoții parohiali la alegeri populare.
Consolidarea diviziunilor politice
Scindența ideologică care diviza elita politică a început în 1810 și s-a consolidat până în 1850, după înființarea oficială a Partidului Liberal (Partido Liberal–PL) și a Partidului Conservator (Partido Conservador–PC), cele două partide care au continuat să domine politica columbiană în anii 1980. Liberalii erau anticoloniali și doreau să transforme Noua Granada într-o națiune modernă. Cei care s-au alăturat PL proveneau în principal din clasele mai recent create și în ascensiune și includeau comercianți care susțineau comerțul liber, producători și artizani nerăbdători să crească cererea pentru produsele lor, unii mici proprietari de terenuri și agricultori care susțineau o liberalizare a monopolurilor de stat asupra culturilor, cum ar fi tutunul, și sclavi care își căutau libertatea. Liberalii urmăreau, de asemenea, diminuarea puterii executive; separarea bisericii de stat; libertatea presei, a educației, a religiei și a afacerilor; și eliminarea pedepsei cu moartea.
Conservatorii doreau să păstreze moștenirea colonială spaniolă a catolicismului roman și a autoritarismului. Ei erau în favoarea prelungirii structurilor și instituțiilor coloniale, a menținerii alianței dintre biserică și stat, a continuării sclaviei și a apărării formei autoritare de guvernare care să elimine ceea ce ei considerau a fi excese de libertate. PC a grupat proprietarii de sclavi, ierarhia romano-catolică și marii proprietari de terenuri. Țăranii erau împărțiți între cele două partide, loialitatea lor urmându-le pe cele ale angajatorilor sau patronilor lor – de multe ori PC.
În contrast cu unitatea demonstrată de PC, PL a dezvoltat facțiuni încă de la început. Deși aveau cele mai multe interese comune, negustorii s-au diferențiat de meșteșugari și producători în chestiunea comerțului. Negustorii favorizau comerțul liber al importurilor și erau numiți golgotas, în timp ce meșteșugarii și producătorii cereau protecționism pentru a susține industria internă și erau cunoscuți sub numele de draconianos.
Federalii
Deși divizat, PL a obținut în curând victorii electorale. În alegerile din 1853, generalul José María Obando, care a condus forțele revoluționare în războiul civil din 1840 și care a fost susținut de draconieni și de armată, a fost ales și învestit în funcția de președinte. Congresul a rămas în mâinile golgotas. În luna mai a aceluiași an, Congresul a adoptat Constituția din 1853, care fusese redactată sub conducerea lui López. Un document liberal, acesta conținea prevederi importante care defineau separarea bisericii de stat și a statului și libertatea de cult, precum și stabilirea sufragiului masculin. Noua constituție prevedea, de asemenea, alegerea directă a președintelui, a membrilor Congresului, a magistraților și a guvernatorilor și acorda o autonomie extinsă departamentelor.
În ciuda victoriei pe care constituția o reprezenta pentru liberali, tensiunile au crescut între forțele golgota și draconiano. Când draconienii au considerat că Obando făcea compromisuri cu golgota, generalul José María Melo a condus o lovitură de stat în aprilie 1854, s-a declarat dictator și a dizolvat Congresul. Domnia lui Melo, singura dictatură militară din secolul al XIX-lea, a durat doar opt luni, deoarece s-a dovedit incapabil să consolideze interesele draconienilor; a fost destituit de o alianță a golgotas și conservatorilor.
În 1857, candidatul PC Mariano Ospina Rodríguez a fost ales președinte. În anul următor, administrația sa a adoptat o nouă constituție, care a redenumit țara Confederația Grenadine, a înlocuit vicepreședintele cu trei desemnați aleși de Congres și a stabilit mandatul prezidențial la patru ani. Odată cu dispariția facțiunii draconiano ca forță politică, golgotas au preluat conducerea PL în opoziție cu conservatorul Ospina. Generalul Mosquera, fost președinte și guvernator al departamentului Cauca, a apărut ca cea mai importantă figură liberală. Un puternic susținător al federalismului, Mosquera a amenințat cu secesiunea Cauca-ului în fața centralizării întreprinse de conservatori. Mosquera, golgotas și susținătorii lor au declarat un război civil în 1860, ceea ce a dus la o obstrucționare aproape completă a guvernului.
Pentru că dezordinea civilă a împiedicat desfășurarea alegerilor așa cum era programat în 1861, Bartolomé Calvo, un conservator aflat în cursa pentru președinție, a preluat funcția. În iulie 1861, Mosquera a capturat Bogota, l-a destituit pe Calvo și a luat titlul de președinte provizoriu al Statelor Unite ale Noii Grenade și comandant suprem de război. Un congres al plenipotențiarilor aleși de liderii civili și militari din fiecare departament s-a reunit în capitală în septembrie 1861 ca răspuns la o convocare a guvernului provizoriu. Între timp, războiul a continuat până când Mosquera i-a învins pe conservatori și a supus în cele din urmă opoziția în Antioquia în octombrie 1862.
La scurt timp după ce a preluat puterea, Mosquera a pus biserica sub control secular și a expropriat pământurile bisericești. Cu toate acestea, proprietățile nu au fost redistribuite celor fără pământ, ci au fost vândute comercianților și proprietarilor de terenuri, într-un efort de a îmbunătăți situația fiscală națională, care fusese ruinată de război. Ca urmare, cantitatea de terenuri deținute în cadrul latifundiilor a crescut.
În februarie 1863, o convenție guvernamentală exclusiv liberală s-a reunit la Rionegro și a promulgat Constituția din 1863, care avea să dureze până în 1886. Constituția din Rionegro a redenumit națiunea Statele Unite ale Columbiei. Toate puterile care nu au fost acordate guvernului central au fost rezervate statelor, inclusiv dreptul de a se angaja în comerțul cu arme și muniții. Constituția conținea libertăți individuale pe deplin definite și garanții cât se poate de absolute, lăsând autorității federale puțin spațiu de manevră pentru a reglementa societatea. Constituția a garantat, de asemenea, dreptul columbienilor de a profesa orice religie.
Constituția Rionegro a adus puțină pace în țară. După promulgarea sa și înainte de următoarea modificare constituțională, liberalii și conservatorii s-au angajat în aproximativ patruzeci de conflicte locale și câteva lupte militare majore. Disputa a persistat, în plus, între liberalii moderați din ramura executivă și liberalii radicali din legislativ; aceștia din urmă au mers atât de departe încât au promulgat o măsură care interzicea autorității centrale să reprime o revoltă împotriva guvernului oricărui stat sau să intervină în vreun fel în afacerile statului. În 1867, liberalii radicali au executat, de asemenea, o lovitură de stat împotriva lui Mosquera, ceea ce a dus la încarcerarea acestuia, la judecarea sa în fața Senatului și la exilarea din țară.
Cu căderea lui Mosquera și înrădăcinarea liberalilor radicali la putere, conservatorilor le-a fost din ce în ce mai greu să accepte constituția Rionegro. În cele din urmă, conservatorii din Tolima și Antioquia au luat armele, inițiind un alt conflict civil în 1876. Guvernul național liberal a înăbușit rebeliunea, dar numai cu greu.
Golgotas a controlat președinția până în 1884 și a apărat prevederile constituției Rionegro privind federalismul, libertățile absolute, separarea bisericii de stat și a statului și neintervenția statului în economie. Politicile lor economice au pus accentul pe construirea de linii de comunicații, în special căi ferate și drumuri îmbunătățite. Aceste proiecte nu au unificat țara și nu au sporit comerțul intern, ci au legat interiorul de centrele de export, conectând orașele importante cu porturile fluviale și maritime. Permițând un acces mai ușor la importuri, proiectele au favorizat astfel clasa negustorilor în detrimentul industriașilor naționali.
În cadrul politicii golgota de comerț complet liber, exporturile au devenit un element major al economiei țării. Trei exporturi agricole principale – tutun, chinină și cafea – s-au dezvoltat, în special după 1850, când piețele internaționale au fost mai favorabile și mai accesibile. Cu toate acestea, toate cele trei culturi au suferit de perioade ciclice de cerere ridicată și scăzută. Până în anii 1880, era clar că tutunul și chinina nu vor fi exporturi sigure pe termen lung din cauza concurenței internaționale acerbe. Cafeaua s-a confruntat, de asemenea, cu concurență, dar, cu toate acestea, a reușit să domine economia după anii 1870. Comercianții de cafea și-au folosit profiturile obținute ca intermediari pentru a investi în industriile naționale, producând bunuri precum textile pentru consumul intern, în special în zona Medellin. Apariția cafelei ca o importantă cultură de export și investirea profiturilor obținute din comerțul cu cafea în industria internă au fost pași importanți în dezvoltarea economică a țării.
Naționaliștii
A devenit evident pentru mulți liberali și conservatori că lipsa autorității guvernamentale stipulată în constituția Rionegro permitea ca țara să aibă un curs haotic și că situația trebuia corectată. Mișcarea de Regenerare urmărea o schimbare fundamentală în direcția Columbiei. Un lider cheie al mișcării a fost Rafael Núñez, care a fost ales președinte în 1879 și a deținut această funcție până în 1882. Liberalii și conservatorii care erau dezamăgiți de guvernele golgota s-au unit pentru a forma Partidul Național, o coaliție care, în februarie 1884, l-a adus pe Núñez la președinție pentru un al doilea mandat. Naționaliștii l-au autorizat pe Núñez să ia măsuri necesare de urgență pentru a îmbunătăți condițiile economice. În calitate de lider al mișcării de regenerare, a încercat să reformeze constituția cu acordul tuturor grupurilor. Cu toate acestea, golgotașii se temeau că modificarea constituțională îi va favoriza pe conservatori și pe liberalii disidenți în detrimentul lor. În 1884, golgotas din Santander au declanșat o rebeliune armată, care s-a răspândit în întreaga țară. Forțele naționaliste au înăbușit revoluția până în august 1885, moment în care Núñez a declarat, de asemenea, că constituția Rionegro a expirat.
Cel mai important rezultat al conflictului a fost adoptarea Constituției din 1886 de către un consiliu național format din doi delegați din fiecare stat. Liderii naționaliști credeau că ultraliberalismul, așa cum era practicat sub constituția Rionegro, nu era adecvat nevoilor țării și că era nevoie de un echilibru între libertățile individuale și ordinea națională. Pe baza acestei filosofii, Constituția din 1886 a inversat tendința federalistă și a adus țara sub un puternic control centralist. Constituția a redenumit țara Republica Columbia și, cu modificări, a rămas în vigoare până la sfârșitul anilor 1980. Constituția prevede un sistem de guvernare mai degrabă național decât confederat, în care președintele are mai multă putere decât guvernatorii, care conduc departamente sau două tipuri de teritorii naționale cunoscute sub numele de intendențe (intendencias) și comisariate (comisarias).
În 1887 Núñez a consolidat poziția bisericii în țară prin semnarea Concordatului din 1887 cu Sfântul Scaun. Prin acest concordat, biserica și-a recăpătat autonomia și relația preferențială pe care o avea anterior cu republica. Acordul stipula predarea obligatorie a catolicismului roman ca parte a educației copiilor și recunoștea căsătoriile romano-catolice ca fiind singurele căsătorii valabile în țară. De asemenea, recunoștea datoria Columbiei față de Sfântul Scaun, provocată de confiscarea necompensată a bunurilor bisericești sub Mosquera în anii 1860.
Dezordinea politică nu a încetat odată cu adoptarea Constituției din 1886. Naționaliștii, care deveniseră o ramură extremistă a PC după alegerea lui Núñez, au fost combătuți de Conservatorii Istorici, facțiunea moderată a PC care nu era de acord cu amploarea antiliberalismului luat de noul guvern. Opoziția bipartizană formată din liberali și conservatori istorici a încercat să reformeze politicile economice și politice naționaliste prin mijloace pașnice. Cu toate acestea, naționaliștii au refuzat drepturile civile și reprezentarea politică a liberalilor, deoarece diferențele de opinie privind politica comercială și rolul statului în societate au creat o prăpastie între naționaliști și adversarii lor. PL s-a divizat în facțiuni de Pace și de Război, prima căutând o reformă pașnică a politicilor economice, iar cea de-a doua susținând revoluția ca singura cale de a obține drepturi politice. Facțiunea Păcii a controlat partidul în capitală, în timp ce facțiunea Războiului a dominat partidul în departamente – un răspuns la excluderea politică violentă care era caracteristică zonelor rurale și orașelor mici. Facțiunea Războiului a organizat revolte nereușite în 1893 și 1895.
În 1898, candidatul naționalist Manuel Antonio Sanclemente a fost ales președinte. Cu o sănătate precară, Sanclemente a lăsat o mare parte din guvernare vicepreședintelui său, José Manuel Marroquín. Președinția Sanclemente/Marroquín s-a confruntat cu probleme din ce în ce mai mari pe măsură ce prețul mondial al cafelei a scăzut, ceea ce, din cauza reducerii veniturilor vamale, a lăsat guvernul în faliment. Politica fiscală de emitere de bani de hârtie nerambursabili, care înlocuise etalonul aur în timpul lui Núñez, s-a adăugat la lipsa tot mai mare de încredere în guvern.
În iulie 1899, în Santander, liberalii au încercat din nou o revoluție, cunoscută sub numele de Războiul celor o mie de zile. Conservatorii istorici și-au aruncat în cele din urmă loialitatea față de naționaliști, în timp ce facțiunile de pace și de război ale PL au rămas divizate, slăbind astfel rebeliunea. În ciuda unei victorii inițiale în decembrie 1899, forțele liberale au fost depășite numeric la Palonegro cinci luni mai târziu. Înfrângerea a lăsat armata liberală decimată și demoralizată și cu puține șanse de reușită. Armata liberală și-a schimbat strategia, trecând de la tacticile convenționale la războiul de gherilă, transformând astfel războiul într-o luptă disperată care a durat încă doi ani.
În iulie 1900, conservatorii istorici, în căutarea unei soluții politice la război, l-au susținut pe Marroquín într-o lovitură de stat împotriva lui Sanclemente. Contrar a ceea ce se așteptau susținătorii săi, Marroquín a adoptat o linie dură împotriva rebelilor și a refuzat să negocieze o înțelegere. În noiembrie 1902, armata liberală învinsă a negociat un acord de pace cu guvernul. Războiul a luat peste 100.000 de vieți și a lăsat țara devastată.
Războiul de o mie de zile a lăsat țara prea slabă pentru a împiedica secesiunea Panama din republică în 1903. Evenimentele care au dus la secesiunea Panama au fost atât internaționale, cât și interne. La începutul secolului, Statele Unite au recunoscut nevoia strategică de a avea acces la o rută navală care să facă legătura între Marea Caraibelor și Oceanul Pacific, cum ar fi un canal în istm. Tratatul HayHerrán din ianuarie 1903, care ar fi trebuit să stea la baza autorizării proiectului de canal al Statelor Unite, a fost respins de Congresul columbian. Deoarece ruta panameză propusă a fost preferată față de alternativa nicaraguană, Statele Unite au încurajat mișcarea separatistă panameză, au asistat militar Panama în mișcarea sa pentru independență și au recunoscut imediat Republica independentă Panama.
Contenciosul istoriei Columbiei