Amish reprezintă o colecție de diferite demes sau comunități închise genetic. Deoarece aproape toți Amish descind din aproximativ 500 de fondatori din secolul al XVIII-lea, tulburările genetice care apar din cauza consangvinizării există în districtele mai izolate (un exemplu de efect fondator). Aceste tulburări includ nanismul (sindromul Ellis-van Creveld), sindromul Angelman și diverse tulburări metabolice, precum și o distribuție neobișnuită a tipurilor de sânge. Unele dintre aceste tulburări sunt destul de rare, sau unice, și sunt suficient de grave pentru a crește rata mortalității în rândul copiilor Amish. Majoritatea Amish le acceptă ca fiind „Gottes Wille” (voința lui Dumnezeu); ei resping utilizarea testelor genetice preventive înainte de căsătorie și testarea genetică a copiilor nenăscuți pentru a descoperi tulburări genetice. Cu toate acestea, Amish sunt dispuși să participe la studii privind bolile genetice. Istoricul lor familial extins este util cercetătorilor care investighează boli precum Alzheimer, Parkinson și degenerescența maculară.
În timp ce Amish au un risc crescut pentru unele tulburări genetice, cercetătorii de la The Ohio State University Comprehensive Cancer Center-Arthur G. James Cancer Hospital and Richard J. Solove Research Institute (OSUCCC-James) au descoperit că tendința lor pentru o viață curată poate duce la o sănătate mai bună. Rata generală a cancerului la Amish este de 60% din rata ajustată în funcție de vârstă pentru Ohio și de 56% din rata națională. Cancerele legate de tutun la adulții Amish sunt de 37 la sută, iar cele care nu sunt legate de tutun reprezintă 72 la sută din rata pentru adulții din Ohio. Amish sunt protejați împotriva multor tipuri de cancer atât prin stilul lor de viață – se consumă foarte puțin tutun sau alcool și au un număr limitat de parteneri sexuali – cât și prin genele care le pot reduce susceptibilitatea la cancer. Dr. Judith Westman, director de genetică umană la OSUCCC-James, a condus studiul. Descoperirile au fost raportate într-un număr recent al revistei Cancer Causes & Control. Chiar și ratele de cancer de piele sunt mai mici în cazul Amish, în ciuda faptului că mulți Amish își câștigă existența lucrând în aer liber, unde sunt expuși la lumina soarelui și la razele UV. Ei sunt de obicei acoperiți și îmbrăcați pentru a lucra la soare, purtând pălării cu boruri largi și mâneci lungi care le protejează pielea.
Amish sunt conștienți de avantajele exogamiei. O linie de sânge comună într-o comunitate va fi adesea absentă în alta, iar tulburările genetice pot fi evitate prin alegerea unor soți din comunități neînrudite. De exemplu, familiile fondatoare ale Amish din comitatul Lancaster nu sunt înrudite cu fondatorii comunității Amish din comitatul Perth, Ontario. Din cauza unui fond genetic mai mic, unele grupuri au o incidență crescută a anumitor afecțiuni moștenite.
Vechiul Ordin Amish nu au, de obicei, o asigurare privată de sănătate comercială. Aproximativ două treimi dintre amish din comitatul Lancaster din Pennsylvania participă la Church Aid, un plan informal de autoasigurare pentru a ajuta membrii cu cheltuieli medicale catastrofale. O mână de spitale americane, începând cu mijlocul anilor 1990, au creat programe speciale de asistență pentru a-i ajuta pe Amish. Primul dintre aceste programe a fost instituit la Susquehanna Health System din centrul Pennsylvaniei de către James Huebert. Acest program a atras atenția presei naționale din Statele Unite și s-a extins la mai multe spitale din jur. Tratarea problemelor genetice este misiunea Clinicii pentru copii speciali din Strasburg, Pennsylvania, care a dezvoltat tratamente eficiente pentru probleme cum ar fi boala urinei cu sirop de arțar, o boală până acum fatală. Clinica este îmbrățișată de majoritatea Amish, punând capăt nevoii părinților de a părăsi comunitatea pentru a primi îngrijiri adecvate pentru copiii lor, acțiune care ar putea duce la evitarea lor.
DDC Clinic for Special Needs Children, situată în Middlefield, Ohio, tratează copiii cu nevoi speciale cu tulburări moștenite sau metabolice din mai 2002. Clinica DDC oferă tratament, cercetare și servicii educaționale copiilor Amish și non-Amish și familiilor acestora.
Prevalența astmului la Amish din Indiana a fost scăzută, de 5,2%, în comparație cu 21,3% la școlarii Hutterite din Dakota de Sud; la fel, prevalența sensibilizării alergice a fost de 7,2% față de 33,3%. Stilul de viață al celor două grupuri este similar, cu excepția practicilor agricole, unde hutteriții folosesc agricultura industrializată, în timp ce amish nu. Într-un studiu din 2016, s-au constatat diferențe importante în ceea ce privește celulele imunitare înnăscute ale copiilor și în ceea ce privește natura de inducere a alergiilor a prafului din casele lor, ceea ce a dus la concluzia că mediul Amish a protejat împotriva astmului prin modelarea răspunsului imunitar înnăscut.
Deși nu este interzis sau considerat imoral, majoritatea Amish nu practică nicio formă de control al nașterilor. Ei sunt împotriva avortului și, de asemenea, consideră că „inseminarea artificială, genetica, eugenia și cercetarea cu celule stem” sunt „incompatibile cu valorile și credințele Amish”.
People’s Helpers este o rețea organizată de Amish de îngrijitori de sănătate mintală care ajută familiile care se confruntă cu boli mintale și recomandă consilieri profesioniști. Rata sinuciderilor pentru Amish din comitatul Lancaster a fost de 5,5 la 100.000 în 1980, aproximativ jumătate din cea a populației generale.
.