Accentul principal al tratamentului este de a ajuta clientul să înțeleagă și să reconceptualizeze evenimentul traumatic într-un mod care să reducă efectele negative continue ale acestuia asupra vieții sale actuale. Diminuarea evitării traumei este crucială în acest sens, deoarece este necesar ca clientul să își examineze și să își evalueze meta-emoțiile și credințele generate de traumă.
Prima fază constă în educație cu privire la PTSD, gânduri și emoții. Terapeutul caută să dezvolte o relație cu clientul și să obțină cooperarea acestuia prin stabilirea unei înțelegeri comune a problemelor clientului și conturarea teoriei cognitive a dezvoltării și menținerii PTSD. Terapeutul îi cere clientului să scrie o declarație de impact pentru a stabili o linie de bază actuală a înțelegerii clientului cu privire la motivul pentru care a avut loc evenimentul și la impactul pe care acesta l-a avut asupra convingerilor sale despre sine, despre ceilalți și despre lume. Această fază se concentrează pe identificarea gândurilor automate și pe creșterea gradului de conștientizare a relației dintre gândurile și sentimentele unei persoane. Un accent specific este pus pe învățarea clientului să identifice credințele dezadaptative („puncte blocate”) care interferează cu recuperarea din experiențele traumatice.
Prima fază implică procesarea formală a traumei. Terapeutul îi cere clientului să scrie o relatare detaliată a celei mai grave experiențe traumatice, pe care clientul i-o citește apoi terapeutului în ședință. Acest lucru este menit să rupă tiparul de evitare și să permită desfășurarea procesării emoționale, scopul final fiind ca clientul să își clarifice și să își modifice distorsiunile cognitive. Clinicienii folosesc adesea interogatoriul socratic pentru a-l îndemna cu blândețe pe client, bazându-se pe ideea că ajungerea proprie a clientului la noi cogniții despre trauma sa, spre deosebire de acceptarea neîndoielnică a interpretărilor clinicianului, care este esențială pentru recuperare. Alternativ, CPT poate fi condusă fără utilizarea relatărilor scrise (într-o variantă cunoscută sub numele de CPT-Cognitivă, sau CPT-C), pe care unii clinicieni au constatat că este la fel de eficientă și poate chiar mai eficientă. Această metodă alternativă se bazează aproape în întregime pe dialogul socratic dintre terapeut și client.
Faza finală a tratamentului se concentrează pe ajutarea clientului să consolideze abilitățile pe care le-a învățat în faza anterioară, cu intenția ca acesta să poată folosi aceste abilități pentru a identifica, evalua și modifica în continuare convingerile sale cu privire la evenimentele traumatice. Intenția este de a le permite clienților să iasă din tratament cu încrederea și capacitatea de a utiliza strategii de adaptare în viața lor de după tratament. Această fază se concentrează pe cinci domenii conceptuale pe care experiențele traumatice le afectează cel mai frecvent: siguranță, încredere, putere/control, stimă și intimitate. Clienții exersează recunoașterea modului în care experiențele lor traumatice au dus la convingeri supra-generalizate, precum și a impactului acestor convingeri asupra funcționării actuale și a calității vieții.