Behandlingens primära fokus är att hjälpa klienten att förstå och omdefiniera sin traumatiska händelse på ett sätt som minskar dess pågående negativa effekter på deras nuvarande liv. Att minska undvikandet av traumat är avgörande för detta, eftersom det är nödvändigt för klienten att undersöka och utvärdera sina metaföreställningar och övertygelser som genererats av traumat.
Den första fasen består av utbildning om PTSD, tankar och känslor. Terapeuten försöker utveckla en relation till och få klienten att samarbeta genom att skapa en gemensam förståelse för klientens problem och beskriva den kognitiva teorin om PTSD:s utveckling och upprätthållande. Terapeuten ber klienten att skriva en konsekvensbeskrivning för att fastställa en aktuell baslinje för klientens förståelse av varför händelsen inträffade och vilken inverkan den har haft på klientens föreställningar om sig själv, andra och världen. Denna fas fokuserar på att identifiera automatiska tankar och öka medvetenheten om förhållandet mellan en persons tankar och känslor. Ett särskilt fokus ligger på att lära klienten att identifiera missanpassade övertygelser (”fastlåsta punkter”) som hindrar återhämtning från traumatiska upplevelser.
Nästa fas innebär formell bearbetning av traumat. Terapeuten ber klienten att skriva en detaljerad redogörelse för sin värsta traumatiska upplevelse, som klienten sedan läser upp för terapeuten under sessionen. Detta är avsett att bryta mönstret av undvikande och göra det möjligt för känslomässig bearbetning att äga rum, med det slutliga målet att klienten ska klargöra och ändra sina kognitiva förvrängningar. Kliniker använder ofta sokratiska frågor för att försiktigt uppmana klienten, utifrån idén att det är klientens egen ankomst till nya kognitioner om sitt trauma, i motsats till ett obetingat accepterande av klinikerns tolkningar, som är avgörande för återhämtning. Alternativt kan CPT utföras utan användning av skriftliga redogörelser (i en variant som kallas CPT-Cognitive, eller CPT-C), vilket vissa kliniker har funnit vara lika effektivt och kanske effektivare. Denna alternativa metod bygger nästan helt och hållet på sokratisk dialog mellan terapeut och klient.
Den sista fasen av behandlingen fokuserar på att hjälpa klienten att förstärka de färdigheter som de lärt sig i den föregående fasen, med avsikten att de ska kunna använda dessa färdigheter för att ytterligare identifiera, utvärdera och modifiera sina uppfattningar om sina traumatiska händelser. Avsikten är att klienterna ska kunna lämna behandlingen med självförtroende och förmåga att använda adaptiva copingstrategier i sitt liv efter behandlingen. Denna fas fokuserar på fem konceptuella områden som traumatiska upplevelser oftast orsakar skador på: säkerhet, tillit, makt/kontroll, uppskattning och intimitet. Klienterna övar sig i att inse hur deras traumatiska upplevelser resulterade i övergeneraliserade uppfattningar, samt hur dessa uppfattningar påverkar nuvarande funktion och livskvalitet.